+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

창원지방법원 2019.12.12 선고 2018구합53694 판결

시설관리운영권과 별개인 새로운 감가상가자산을 취득하였는지 [국패] 이 사건 공사비는 원고가 이 사건 시설관리운영권을 취득한 후 그 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 또는 그 원상회복이나 능률 유지를 위하여 지출한 수선비 또는 자본적 지출로 보는 것이 타당하다

사 건	창원지방법원2018구합53694 법인세부과처분취소
원 고	00고속도로 주식회사
피 고	00세무서장
변 론 종 결	2019. 9. 26.
판 결 선 고	2019. 12. 12.

【주문】 1. 피고가 2018. 2. 1. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 1,181,056,450원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다 【이유】 1. 처분 경위 가. 원고는 00-00간 고속도로의 건설, 관리 및 운영 등을 목적으로 설립된 법인이다. 나. 원고는 2000. 12. 14. 대한민국과 ‘00-00간 고속도로 민간투자시설 사업에 관한 실시협약’을 체결하였다(이하 ’이 사건 협약‘). 협약의 주요 내용은 원고가 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’)에 따른 사업시행자로서 AA시 X구 YY동부터 BB시 DD면 FF리에 이르는 00-00간 고속도로(이하 ‘이 사건 고속도로’) 구간을 건설하여 대한민국에 기부채납하는 대신, 이 사건 고속도로에 관하여 존속기한을 2006. 2. 12.부터 2036. 2. 1.까지로 하는 사회간접자본시설 관리운영권(이하‘이 사건 시설관리운영권’)을 설정받아 고속도로를 통행하는 차량들로부터 통행료를 징수할 권한을 부여받는 것이었다. 이 사건 협약은 2006. 11. 1. 총사업비와 통행료 등 일부 내용을 변경하는 것으로, 2008. 5. 16. 보장기준통행료수입 및 통행료 등 일부 내용을 변경하는 것으로 각 개정되었다. 다. 원고는 이 사건 협약에 따라 이 사건 고속도로 건설공사를 완료한 후 2006. 2. 10. 민간투자법 제26조에 따라 사회기반시설관리운영권을 등록하였다. 라. 원고는 2012 내지 2016 사업연도에 이 사건 고속도로에 관하여 절토사면 보수공사, 졸음쉼터 설치공사, 아스팔트 포장보수 공사 등을 하고, 이를 수익적 지출인 수선비로 보아 해당 사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다. 마. 부산지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후, 원고가 2012 내지 2016 사업연도에 지출하고 손금산입한 수선비 중 아래 표 기재와 같은 부분의 공사금액 합계 5,777,360,909원(이하 ‘이 사건 공사비’)은 ‘자본적 지출’에 해당하므로, 그 중 법인세법에 따른 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입해서는 안된다는 조사 결과를 피고에게 통보하였다. 바. 피고는 위 조사결과에 따라 이 사건 공사비를 자본적 지출로 보고, 별지 1 사업연도별 손금추인ㆍ부인액 표 기재와 같이 각 공사별 상각범위액을 산정하고 이를 초과하는 부분을 손금불산입하여 감가상각비 시부인액을 재계산한 다음, 2018. 2. 1. 원고에게 2016 사업연도 법인세 1,181,056,450원(가산세 190,320,397원 포함)1)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’). 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였다.조세심판원은 2018. 11. 19. 이 사건 처분에 대하여 ‘이 사건 공사비가 사용수익기부자산의 내용연수를 연장하거나 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’는 재조사결정을 하였다. 부산지방국세청장은 2019. 1. 10. 원고에게 이 사건 처분이 정당하다는 재조사결과를 통지하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1〜5, 24, 25, 을 1, 변론 전체의 취지 2. 당사자 주장 가. 피고 주장 1) 특정 임차 자산을 개량하여 이에 대한 자본적 지출을 하였다면 그 자본적 지출은 임차자산개량권(피고 주장에 따르면 ‘임차 기타 사용ㆍ수익권을 취득한 자산에 대한 증설, 구조적 개선 등을 통해 현저한 가치증가 또는 성능개선 등을 가져오는 자본적 지출액’)이라는 별도의 자산으로 계상하여야 하고, 그 자본적 지출의 결과 물리적 형체 또는 실체가 존재하게 되므로 이는 유형자산으로 분류하여야 한다. 그렇다면 원고는 이 사건 공사비를 지출함에 따라 각 공사별로 임차자산개량권으로 분류되는 새로운 개별 유형자산을 취득한 것이므로, 이를 각각 유형자산으로 계상하여 감가상각하여야 한다. 2) 임차자산개량권을 무형자산으로 분류하더라도, 특정 무형자산의 사용ㆍ수익권1) 2012 사업연도부터 2015 사업연도까지는 위와 같은 재계산에도 불구하고 이월결손금을 차감하면 원고가 납부할 법인세액이 없었다. 범위를 물리적ㆍ기능적으로 구분할 수 있다면 그 범위를 단위로 하여 각각 별개의 무형자산이 성립한다. 원고는 이 사건 공사비를 지출함에 따라 각 공사별로 장소ㆍ기능ㆍ취득시기가 다른 별개의 사용ㆍ수익권을 취득하였으므로, 이를 각각 무형자산으로 계상하여 감가상각하여야 한다. 3) 이 사건 공사비는 원고의 무형자산(사용수익기부자산가액)인 이 사건 시설관리 운영권에 대한 자본적 지출에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 시행령(2017. 3. 29. 대통령령 제28074호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제3항 제2호는 이 사건 공사비에 적용되지 않는다. 나. 원고 주장 1) 이 사건 공사비 지출로 이 사건 시설관리운영권의 내용연수 또는 현실적 가치가 증대되는 것이 아니므로, 이 사건 공사비 지출은 자본적 지출이 아닌 수익적 지출로 보아야 한다. 2) 이 사건 공사비가 자본적 지출의 성격을 가진다고 하더라도, 그 지출 대상 감가상각자산인 이 사건 시설관리운영권 자산가액의 5%를 초과하지 않으므로, 구 법인세법 시행령 제31조 제3항 제2호에 따라 자본적 지출로 보지 않는 경우에 해당한다. 3) 이 사건 공사비는 민간투자법 및 이 사건 협약에 따라 원고에게 부과된 유지ㆍ관리의무를 이행하기 위해 지출한 비용으로, 기존 감가상각자산인 이 사건 시설관리운영권 취득 후 위 감가상각자산에 대하여 지출한 것이다. 원고가 이 사건 공사비 지출로 새로운 감가상각자산을 취득한 것이 아니다. 3. 관계 법령 별지 2 기재와 같다. 4. 판단 가. 이 사건의 쟁점 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 공사비가 자본적 지출에 해당한다는 이유로 이 사건 처분을 하였고, 조세심판원은 이 사건 공사비가 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다는 재조사결정을 하였다. 그런데 피고는 이 사건 소송에 이르러 이 사건 공사비가 기존 감가상각자산인 이 사건 시설관리운영권에 대한 자본적 지출에 해당하지 않는다는 점을 분명히 하면서(2019. 8. 30.자 및 2019. 9. 24.자 준비서면. 다만 2019. 9. 24.자 준비서면에는 이 사건 공사비가 ‘별개 무형자산’에 대한 자본적 지출이라는 기재가 있으나, 이 사건 시설관리운영권 외에 자본적 지출의 대상이 되는 ‘별개 무형자산’이 무엇인지에 관해서는 원고가 별 다른 주장ㆍ증명을 하지 않았다), 이 사건 공사비 지출로 원고가 각 공사별로 새로운 감가상각자산을 취득하였기 때문에 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다. 이에 따라 이 사건 처분사유는 ‘이 사건 공사비는 원고가 감가상각자산을 취득하는데 지출한 금액에 해당한다’는 것으로 변경되었다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 공사비로 원고가 이 사건 시설관리운영권과 별개인 새로운 감가상각자산을 취득하였는지 여부이다. 나. 원고가 이 사건 공사비를 지출하여 기존 무형자산과 별개인 새로운 감가상각자산을 취득하였는지 1) 고정자산에 대한 감가상각비의 손금 산입 관련 구 법인세법령 규정 구 법인세법에 의하면, 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 상각범위액 범위 안에서 당해 사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다(제23조 제1항, 제3항). 구 법인세법 시행령 제24조는 제1호 각 목에 정한 유형고정자산과 제2호 각 목에 정한 무형고정자산을 구 법인세법 제23조 제3항에 정한 고정자산으로 들고 있다. 구 법인세법 시행령 제31조 제1항은 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산하도록 규정하고 있다. 2) 법인세 부과에 있어 일반기업회계기준 적용 국세기본법 제20조는 “세무공무원이 국세의 과세표준을 조사・결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있고, 법인세법 제43조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산・부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.”라고 규정하고 있다. 국세기본법과 법인세법의 위 규정들은 기업회계의 내용이 기업이 행한 행위나 거래의 실체적 진실에 부합하고, 기업회계를 대다수 사회구성원이 동의하는 방식에 따라 표기하고 있다는 진실성과 정규성(正規性)의 전제하에 기업회계를 과세소득 산정의 기초로 신뢰하는 ‘기업회계 존중의 원칙’을 확인한 것이다. 따라서 법인이 진실성과 정규성을 벗어나 기업회계기준상 감가상각자산을 취득하였음에도 이를 고정자산으로 계상하지 아니하고 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액을 전액 당해 회계연도의 손금으로 계상하였다면, 과세관청은 구 법인세법 시행령 제31조 제1항에 따라 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산할 수 있다(서울고등법원 2017. 5. 31. 선고2016누39766 판결 참조). 3) 관련 일반기업회계기준 법인세법령은 유형자산 및 무형자산, 감가상각자산에 대한 정의 및 법인이 감가상각자산을 취득한 것으로 보는 경우에 관한 규정을 두고 있지 않으므로, 이에 관하여는 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준인 ‘일반기업회계기준’(원고가 2011년경부터 재무제표 작성 등 회계처리에 적용하고 있는 기준이기도 하다)을 적용하 여 판단할 수 있다. 일반기업회계기준은 ‘유형자산’을 재화의 생산, 용역의 제공, 타인에 대한 임대 또는 자체적으로 사용할 목적으로 보유하는 물리적 형체가 있는 자산으로서, 1년을 초과하여 사용할 것이 예상되는 자산으로(10.4), ‘무형자산’을 재화의 생산이나 용역의 제공, 타인에 대한 임대, 관리에 사용할 목적으로 기업이 보유하고 있으며, 물리적 실체는 없지만 식별할 수 있고, 기업이 통제하고 있으며, 미래경제적 효익이 있는 비화폐성 자산으로 정의한다(제11장 중 용어의 정의). 무형자산의 정의에서는 영업권과 구별하기 위하여 무형자산이 식별가능할 것을 요구한다. 무형자산이 분리가능하거나(즉 기업의 의도와는 무관하게 기업에서 분리하거나 분할할 수 있고, 개별적으로 또는 관련된 계약, 식별가능한 자산이나 부채와 함께 매각, 이전, 라이선스, 임대, 교환할 수 있는 경우. 단 무형자산이 분리가능하지 않더라도 다른 방법으로 무형자산을 식별할 수 있는 경우가 있다.), 계약상 권리 또는 기타 법적 권리로부터 발생하는 경우 해당 무형자산은 식별 가능하다(11.3). 다만, ① 자산에서 발생하는 미래경제적 효익이 기업에 유입될 가능성이 매우 높고, ② 자산의 원가를 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에만 유형 또는 무형자산을 인식한다(11.7)2). 한편 무형자산 취득 또는 완성 후 지출로서 ① 관련 지출이 무형자산과 직접 관련된 것으로서 해당 자산의 미래경제적 효익을 실질적으로 증가시킬 가능성이 매우 높고, ② 관련된 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에는 자본적 지출로 처리하고, 그렇지 않은 경우에는 발생한 기간의 비용으로 인식한다(11.25). 4) 원고가 이 사건 공사비를 지출하여 새로운 개별 감가상각자산을 취득하였는지 이상에서 살펴본 관련 법령 규정과 일반기업회계기준에 갑 2〜4, 6〜23, 29〜37, 을 2〜8, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 공사비는 원고가 이 사건 시설관리운영권을 취득한 후 그 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 또는 그 원상회복이나 능률 유지를 위하여 지출한 수선비,즉 감가상각자산인 이 사건 시설관리운영권(무형고정자산 중 사용수익기부자산가액)과 직접 관련된 수익적 지출 또는 자본적 지출로 보는 것이 타당하다. 원고가 이 사건 공사비를 지출한 후 각각의 결과물을 이 사건 시설관리운영권과 별개인 새로운 감가상각자산(피고 주장에 따르면 유형자산 또는 무형자산인 임차자산개량권)으로 계상하지 않았다고 하여, 그와 같은 조치가 원고가 채택한 일반기업회계기준이나 관련 법령을 위반하였다고 볼 수 없다. 2) 인식이란, 거래나 사건의 경제적 효과를 자산, 부채, 수익, 비용 등으로 재무제표에 표시하는 것을 말한다. 구 법인세법 등 관련 법령상 무형고정자산 또는 임차자산에 대하여 수선비 등을 지출한 경우 이를 별개의 감가상각자산 취득 비용으로 처리할 것을 강제 또는 의제하는 규정이나, 위와 같은 수선비 등을 수익적 또는 자본적 지출로 처리할 것인지 아니면 새로운 자산 취득 비용으로 처리할 것인지의 구별 기준에 관한 규정을 찾아볼 수 없다. 일반기업회계기준에 따르더라도 무형자산 취득 또는 완성 후 지출로서 ① 관련 지출이 무형자산과 직접 관련된 것으로서 해당 자산의 미래경제적 효익을 실질적으로 증가시킬 가능성이 매우 높고, ② 관련된 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에는 자본적 지출로 처리하고, 그렇지 않은 경우에는 발생한 기간의 비용으로 인식한다(11.25). 일반기업회계기준에서도 무형자산 취득 또는 완성 후 지출을 수익적 또는 자본적 지출로 처리할 것인지 아니면 새로운 자산 취득 비용으로 처리할 것인지의 구별 기준에 관한 규정을 찾아볼 수 없다. 원고가 채택한 회계기준 역시 ‘임차자산개량권은 이 사건 시설관리운영권취득 후 지출로서 무형자산과 직접 관련되어 있고 미래경제적 효익을 증가시킬 가능성이 매우 높으며, 관련된 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에 인식하여 취득 후 잔여 관리운영기간 동안 균등상각합니다.’라고 규정하면서도, ‘무형자산의 취득 또는 완성 후의 지출로서 무형자산과 직접 관련되어 있고 미래경제적 효익을 증가시킬 가능성이 매우 높으며, 관련된 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에만 자본적 지출로 처리하고, 그렇지 않은 경우에는 발생한 기간의 비용으로 인식하고 있습니다.’라고 규정하고 있다. 그리고 이 사건 시설관리운영권 취득 후 그와 직접 관련된 위와 같은 지출을 어떤 기준에 따라 자본적 지출 또는 별개 자산인 임차자산개량권 취득 비용으로처리할 것인지에 관한 규정은 두고 있지 않은 것으로 보인다. 이러한 원고의 회계기준에 따르면, 원고는 그 선택에 따라 이 사건 시설관리운영권 취득(원고는 이 사건 고속도로 건설공사를 완료한 후 2006. 2. 10. 민간투자법 제26조에 따라 사회기반시설관리운영권을 등록함으로써, 이 사건 공사비 지출 전에 무형고정자산인 이 사건 시설관리운영권을 취득하였다) 후의 위와 같은 지출을 자본적 지출 또는 임차자산개량권 취득비용 어느 쪽으로든 처리할 수 있다고 봄이 타당하다. 이에 더하여 원고가 그 명의로 소유권보존등기를 하였다가 국가에 증여한 자재창고 2동의 경우 외에는 임차자산개량권을 별도 자산 항목으로 계상한 적이 없는 점, 이 사건 공사비 지출로 원고가 특정 자산에 관한 소유권을 취득한 사실에 관한 별다른 주장ㆍ증명이 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 공사비 지출을 임차자산개량권 등 새로운 감가상각자산 취득 비용으로 처리하지 않은 것이 원고 회계기준을 위반한 것으로 보기도 어렵다. 한편 피고는 이 사건 공사비는 이 사건 시설관리운영권과 직접 관련된 지출이 아니라고도 주장하는데, 그에 따르면 원고 회계기준상 이 사건 공사비 지출은 임차자산개량권 취득 비용으로 볼 수도 없다. 이 사건 공사비는 ㉮ 기존 절토사면에 철망(Wire mesh)을 설치하고 콘크리트를 타설하거나 낙석방지망을 설치하는 등으로 보수ㆍ보강하는 공사, ㉯ 태풍으로 피해를 입은 조경수목 복구, ㉰ 졸음쉼터와 비상회차로 설치, ㉱ 야생동물 유도 울타리, 배수로 차단막, 가드레일 설치 및 개량, ㉲ 배수시설 정비(흙으로 된 기존 구거에 콘크리트 배수관 설치 등), ㉳ 기존 가변정보표지판(VMS)이나 요금소 도주방지시스템영상촬영장치 교체ㆍ개량, ㉴ 자가통신망 구축을 위한 광케이블 설치, ㉵ 본사 교환기 및 케이블 교체, ㉶ 갓길차로 제어시스템 설치 등에 사용되었다. 이와 같은 공사 내용에 더하여, 원고는 이 사건 협약 제34조, 제36조 등에 따라 부담하는 이 사건 고속도로에 관한 유지ㆍ관리 및 시설물의 품질확보 의무나 교통관리체계 운영 의무 등을 이행하기 위하여 위와 같이 비용을 지출한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 공사비 지출은 이 사건 시설관리운영권과 직접 관련된 지출로서 그 원상회복이나 능률 유지를 위한 지출 또는 이 사건 시설관리운영권의 가치를 현실적으로 증가시켜 그 미래경제적 효익(유지ㆍ관리비 절감, 고속도로 이용자 증가에 따른 통행료 수익 증가 등) 창출에 장기적으로 기여하는 지출로 보는 것이 타당하다. 원고는 민간투자법 제4조 제1호에 정한 방식[사회기반시설 준공과 동시에 해당 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정 기간 시설관리운영권을 인정하는 방식(같은 조 제2호에 해당하는 경우는 제외한다)]으로 이 사건 고속도로에 관한 사회기반시설사업을 시행하였다. 민간투자법 제26조 제1항은 ‘주무관청은 제4조 제1호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 준공확인을 받은 경우에는 제25조 제1항에 따라 무상으로 사용ㆍ수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지ㆍ관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다’는 취지로 규정한다. 민간투자법 제2조 제2호는 사회기반시설사업을 사회기반시설의 신설ㆍ증설ㆍ개량 또는 운영에 관한 사업으로 정의한다. 같은 조 제1호 가목은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 해당 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활 편익을 증진시키는 시설로서 도로법 제2조 제1호, 제2호에 따른 도로 및 도로의 부속물을 사회기반시설의 하나로 규정하고, 도로법 제2조 및 그 위임을 받은 도로법 시행령 제2조, 제3조는 휴게시설 등 도로이용 지원시설, 과속방지시설 등 도로안전시설, 통행료 징수시설이나 도로관제시설 등 도로관리시설, 도로표지 등 교통관리시설, 낙석방지시설 등을 위한 도로부대시설, 옹벽ㆍ배수로ㆍ길도랑, 졸음쉼터, 방호울타리, 충격흡수시설, 차량단속시설, 긴급 연락 및 도로 유지ㆍ관리를 위한 통신시설, 도로에 토사가 유출되는 것을 방지하기 위한 시설 등을 도로 및 도로 부속물로 규정하고 있다. 한편 이 사건 협약은 ‘부속시설’을 이 사건 고속도로 운영에 필요한 휴게소,주유소, 영업소 및 도로관리소 등 건축시설과 조경, 전기, 터널설비 및 광통신관로 등본 도로 운영 및 기능 발휘에 관련되는 보조기능시설로 정의하면서(제2조 제35호), 정부는 이 사건 고속도로 및 그 유지ㆍ보수ㆍ관리ㆍ운영을 위한 시설과 부속시설에 관하여 원고에게 관리운영권을 설정하고(제3조), 도로 및 그 부속시설 소유권은 관리운영권설정과 동시에 정부에 귀속된다고 정하고 있다(제5조). 또 사업시행자는 무상사용기간만료일에 도로에 대한 관리운영을 건설교통부장관에게 인계하고, 점검 결과 사업시설의 정상적인 기능유지를 위하여 수리 또는 보수가 필요하다고 인정되는 경우에는 무상사용기간 만료 전까지 사업시행자의 비용으로 그 수리 또는 보수를 하여야 한다(제58조 제2항). 이러한 관련 법령과 이 사건 협약 규정 및 민법상 부합 법리 등에 따르면 원고가 이 사건 공사비 지출로 설치한 이 사건 고속도로의 부속물과 이 사건 고속도로 유지ㆍ보수ㆍ관리ㆍ운영을 위한 시설 및 부속시설 소유권은 모두 대한민국에 귀속되고, 특별한 사정이 없는 한 원고는 단지 일정 기간 해당 시설을 유지ㆍ관리하고 고속도로 통행료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권만을 취득한다. 이처럼 이 사건 공사비 지출로 원고가 취득한 것은 도로 부속물 등 그 자체가 아니라 그에 관한 관리운영권에 불과하다. 그런데 이는 물리적인 형체를 가진 자산으로 보기 어려운 점, 기존의 고속도로 및 그 부속물에 관해서도 원고는 무형자산(사용수익기부자산가액)만을 취득한 것으로 회계처리한 점 등을 종합하여 볼 때, 설령 이 사건 공사비 지출로 원고가 새로운 자산을 취득하였다고 하더라도 이를 ‘유형자산’으로 보기는 어렵다. 한편 원고가 이 사건 공사비 지출로 새로운 ‘무형자산’을 취득하였다고 보기도 어렵다. 즉 앞서 본 일반기업회계기준은 무형자산에 관하여 정의하면서 ‘물리적 실체는 없지만 식별할 수 있’을 것을 그 개념요소로 하고 있고, 원칙적으로 무형자산이 분리가능하거나(기업 의도와는 무관하게 기업에서 분리하거나 분할할 수 있고, 개별적으로 또는 관련된 계약, 식별가능한 자산이나 부채와 함께 매각, 이전, 라이선스, 임대교환할 수 있는 경우), 계약상 권리 또는 기타 법적 권리로부터 발생하는 경우 식별 가능성을 인정하고 있다. 그런데 이 사건 공사비 지출로 원고가 취득하는 것은 앞서 본 민간투자법 및 이 사건 협약 규정에 따른 사회기반시설관리운영권으로, 이를 이 사건 시설관리운영권과 별개의 계약상 또는 법적 권리로부터 발생하는 무형자산으로 보기 어렵고, 위에서 본 분리 가능성을 갖춘 것으로 보기도 어렵다(기본적으로 특정 표지판, 특정 사면, 연속된 배수로나 울타리 중 특정 부분에 관한 관리운영권이라는 개념 자체를 상정할 수 있는지도 의문이다). 설령 이 사건 공사비 지출로 원고가 취득한 사회기반시설관리운영권을 이 사건 시설관리운영권과 별개 무형자산으로 인식할 수 있다고 하더라도, 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 그와 같은 가능성에도 불구하고 새로 취득한 관리운영권을 별개자산으로 계상하지 않은 원고 조치가 잘못된 것이라고 보기는 어렵다. ㉮ 위 〜항에서 본 바와 같이 구 법인세법 등 관련 법령 및 일반기업회계기준에는 무형고정자산 취득 후 지출을 수익적 또는 자본적 지출로 처리할 것인지 아니면 새로운 자산 취득 비용으로 처리할 것인지의 구별 기준에 관한 규정이 없고, 원고의 회계기준에도 이에 관한 구별 기준이 없어, 원고는 그 선택에 따라 이 사건 시설관리운영권 취득 후의 지출을 자본적 지출 또는 임차자산개량권 취득 비용으로 처리할 수 있다. ㉯ 새로운 시설에 관한 사회기반시설관리운영권은 이 사건 시설관리운영권과 별개 권리가 아니라 그와 결합하여 하나의 권리가 된다고 봄이 타당하므로, 관련된 무형자산(사용수익기부자산가액이 될 것이다) 역시 하나의 단일한 무형자산으로 인식하는 것이 자연스럽다. ㉰ 원고가 사회기반시설(이 사건 고속도로)사업 준공확인 전 설치한 낙석방지망, 조경수목, 졸음쉼터, 울타리, 배수시설, 표지판, 통신설비 등 설치비용을 모두 단일한 무형자산(이 사건 시설관리운영권)으로 계상하여 감가상각하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 준공확인 후 추가로 설치한 위와 같은 시설이나 설비에 관한 관리운영권을 이 사건 시설관리운영권과 단일한 하나의 무형자산으로 인식한다고 하여 감가상각이나 회계정보의 유용성 등과 관련하여 무슨 문제가 있을 것으로 보이지도 않는다. 쟁점과 관련된 피고 주장 자체가 중요한 부분에서 일관되지 못할 뿐만 아니라 모순되기도 하는데, 이 역시 이 사건 공사비 지출과 관련하여 피고 주장과 같은 회계기준이나 관행이 존재하지 않는 데서 기인한 것으로 보인다. 원고의 회계기준에 따르면 ‘기존 감가상각자산과 직접 관련되고 그 미래경제적 효익을 증가시킬 가능성이 매우 높은 측정 가능한 지출’을 새로운 자산(임차자산개량권) 취득비용으로 처리하건 기존 자산(이 사건 시설관리운영권)에 대한 자본적 지출로 처리하건 잔여 관리운영기간 동안 균등상각하게 되므로 회계적으로는 아무런 차이가 없다. 양자는 법인세법 시행령 제31조 제3항 제2호 적용 여부에서 차이가 날 뿐이다. 그런데 앞서 본 것처럼 원고의 회계기준이 일반기업회계기준이나 관련 법령 에 반한다고 보기 어려운 이상, 위 시행령 규정을 적용할 필요나 과세 필요성이 있다는 이유만으로 기업의 회계기준을 부정하고 이 사건 공사비를 별개 자산(피고 주장에따를 경우 그 개념조차 분명하지 않은 임차자산개량권) 취득 비용으로 처리하도록 강제하는 것은 타당하지 않고, 그렇게 할 법령상 근거도 없다. 그 입법취지 등을 고려할 때 이 사건 시설관리운영권과 같이 자산가액이 막대한 감가상각자산에 대하여 위 시행령 규정을 문언 그대로 적용할 경우 매우 불합리한 결론에 이르게 됨은 피고 주장과 같지만, 이는 위와 같은 상황을 염두에 두지 못하고 입법된 시행령 규정을 개정함으로써 해결할 문제이다. 다. 소결 따라서 피고가 주장한 이 사건 처분의 처분사유가 인정되지 않으므로, 이 사건 처분은 위법하다. 5. 결론 원고 청구는 이유 있어 인용한다

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2018구합53694

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[ 참조조문 ]

민간투자법 제2조 제4조 제26조

법인세법 시행령 제24조 제31조

도로법 제2조

도로법 시행령 제2조

법인세법 제23조 제43조

국세기본법 제20조