+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

창원지방법원 2020.12.10 선고 2018구합52233 판결

사기기타 부정한 행위로 매출원가 과다계상하였는지[국승] 【사 건】 창원지방법원2018구합52233 법인세부과처분취소 【원 고】 000중공업(주) 【피 고】 00세무서장 【변 론 종 결】 2020. 9. 21. 【판 결 선 고】 2020. 12. 10. 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 2016. 12. 22. 원고에 대하여 한 2011사업연도 법인세 18,361,503,474원(가산세 포함) 부과처분 중 부당과소신고 가산세 3,282,925,785원 부과처분을 취소한다. 【이 유】 1. 처분 경위 가. 당사자 지위 원고는 2001. 6. 15. 주식회사 aaa의 디젤엔진소재 사업 부문이 물적 분할됨에 따라 ‘주식회사 bbb’라는 상호로 설립된 회사로, 그 상호를 2005. 1. 1. ‘aaabbb 주식회사’로, 2010. 3. 25. ‘aaa메탈 주식회사’로 변경하였다가, 2013. 1. 3. 구 aaa중공업 주식회사를 흡수합병하면서 다시 상호를 ‘aaa중공업주식회사’로 변경하였다. 나. IPP 사업 수주 및 이익분배 약정 1) 합병 전 aaa중공업 주식회사(이하 ‘AAA중공업’)는 2011. 5.경 000 전력청과 디젤발전소 건설 프로젝트인 이라크 파워플랜트 프로젝트(000 Powerplant Project, 이하 ‘IPP 사업‘) 계약을 체결하였다. AAA중공업은 계열회사인 aaa엔진주식회사(이하 ‘AAA엔진’) 및 원고(당시 aaa메탈 주식회사)와 사실상 컨소시엄형태로 IPP 사업을 수주하여, 원고는 엔진부품 등 기자재 조달 업무를, AAA엔진은 디젤엔진 생산 후 이라크 현지 납품 업무를, AAA중공업은 이라크 현지 디젤발전소 설계․건설 업무를 담당하였다. 2) AAA중공업은 IPP 사업과 관련한 이익 약 3,000억 원을 계열회사의 기여에 따라 배분하기로 결정하였다. 원고는 2011. 11. 30. AAA엔진과 판매단가를 인상하는 내용으로 ‘IPP PJT 메탈자가모듈품 사양확정 합의’를 하는 등 계열회사 간 매출액을 정산한 결과 IPP 사업과 관련하여 원고가 AAA엔진에 공급한 발전용 엔진 196대에 소요되는 부품(자가제작품) 매출액이 기존 약 503억 원에서 약 1,164억 원으로 약 661억 원 증가하였다. 다. 2011 사업연도 법인세 신고․납부 1) 원고는 2011 사업연도 결산시 IPP 사업 관련 수입금액 증가분 약 661억에 대응하는 매출원가로 37,384,534,848원(이하 ‘이 사건 매출원가’, 이에 대응하는 원재료, 재공품 등을 ‘이 사건 재고자산’)을 계상하고, 이 사건 매출원가를 손금에 산입하여 2011사업연도 법인세를 신고․납부하였다. 2) 원고는 2011 사업연도 표준손익계산서 매출액 란에 1,113,236,284,563원을, 매출원가 란에 1,050,451,223,450원을 계상하였는데, 위 매출액에는 IPP 사업 관련 수입금액 증가분 약 661억이 포함되어 있고, 위 매출원가에는 이 사건 매출원가 37,384,534,848원이 포함되어 있다. 라. 이 사건 처분 경위 1) 부산지방국세청장은 2015. 3. 19.부터 2015. 11. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 2011 사업연도 결산 당시 원고가 매출원가로 계상하였던 이 사건 매출원가를 가공원가로 보아 손금불산입한 후 대표자 상여로 처분하는 등의 과세예고통지를 하 였다. 2) 원고는 2016. 1. 6. 국세청에 과세전적부심사를 청구하였다. 국세청은 2016. 6. 10. ‘2008∼2011년 원재료 매입액 374억 원(이 사건 매출원가를 지칭한다)의 실제 매입 여부와 실제 매출원가 해당 여부를 재조사한다.’라는 결정을 하였다. 3) 부산지방국세청장은 2016. 7. 4.부터 2016. 9. 9.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여[이하 위 1)항의 세무조사와 합하여 ‘이 사건 세무조사’], 2016. 9.경 이 사건 매출원가를 가공원가로 보아 손금불산입한 후 대표자 상여로 처분하는 등의 과세예고통지를 하였다. 원고는 2016. 10. 7. 국세청에 과세전적부심사를 청구하였으나, 국세청은 2016. 12. 21. 불채택 결정을 하였다. 4) 피고는 이 사건 매출원가를 손금불산입하는 등 세무조정을 하여, 2016. 12. 22. 원고의 2011 사업연도 법인세 과세표준을 54,251,041,103원으로, 가산세를 포함한 총결정세액을 19,182,394,526원으로 증액경정하고, 원고에게 총결정세액에서 기납부세액등을 공제한 법인세 16,331,189,840원(이 사건 매출원가와 관련한 부당과소신고 가산세3,283,223,681원 포함)의 부과처분을 하였다. 한편 같은 날 부산지방국세청장은 손금에 산입하지 아니한 이 사건 매출원가 상당액을 원고 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다. 5) 피고는 2020. 8.경 이 법원의 조정권고에 따라 원고의 2011 사업연도 법인세 과세표준을 51,913,344,931원으로, 가산세를 포함한 총결정세액을 18,361,503,474원으로 감액경정하였다(이 사건 매출원가와 관련한 부당과소신고 가산세도 3,282,925,785원으로 감액되었다. 이하 2016. 12. 22.자 부당과소신고 가산세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’). 마. 이 사건 처분에 대한 불복 경과 1) 원고는 2017. 2. 14. 조세심판원에 이 사건 처분 등을 취소해달라는 심판청구를 하였으나, 2018. 6. 21. 심판청구가 기각되었다. 2) 원고는 2016. 8. 1. 회생절차개시결정을 받았다(서울회생법원 2016회합100149). 회생회사인 원고의 관리인이 2018. 8. 13. 이 사건 소송을 제기하였고, 2019. 2. 12. 회 생절차종결 결정이 내려지자 원고가 이 사건 소송절차를 수계하였다. 바. 관련사건 경과 원고는 2018. 8. 14. 부산지방국세청장을 상대로 위 2016. 12. 22.자 소득금액변동통지처분 취소를 구하는 소송을 제기하였다. 제1심은 원고 청구를 기각하였고(부산지방법원 2019. 10. 31. 선고 2018구합23191 판결), 이에 대한 원고의 항소도 기각되었다(부산고등법원 2020. 11. 6. 선고 2019누24206 판결). 원고가 위 항소심 판결에 대하여 상고하였다(이하 ‘관련사건’). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1∼4, 20, 44∼46, 58, 을 1, 2, 3, 10, 13, 15, 22, 29,35, 36(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체 취지 2. 원고 주장 재고자산을 매출에 대응하지 않는 사업연도 비용으로 회계처리를 한 것과 장부 조작 등 부정한 방법으로 과세표준을 과소신고한 것은 구별되어야 한다. 원고는 2008. 10.경 회계시스템을 기존 IBM사 AS400에서 미국 오라클(Oracle)사의 전사적자원관리시스템(Enterprise Resource Planning, 이하 ‘ERP시스템’)으로 교체하였다. 그런데 회계시스템을 교체한 2008 사업연도부터 장부상 재고자산 가액이 매출액 증가율 이상으로 지속적으로 증가하는 현상을 발견하였다. 이에 원고는 2009. 12.경 물류 태스크포스팀(Task Force Team, 이하 ‘물류TFT’)을 구성하여, 재고자산 증가원인을 파악하는 작업에 착수하였다. 물류TFT가 재고실사 및 물류흐름 원인분석 작업을 한 결과, 재고자산 가액 증가 원인은 크게 두 가지, 즉 ① 원재료 또는 재공품이 제품 생산에 실제로 투입되었음에도 ERP시스템 조작 미숙으로 인해 투입처리가 이루어지지 않는 문제, ② 2008∼2010년 전후로 조선업계 불황으로 제품 발주가 취소되면서, 다른 제품으로 전환하여 투입했으나 ERP시스템에 제대로 입력 처리가 이루어지지 않은 문제에 기인하는 것으로 파악되었다. 그리고 원고는 물류TFT 조사결과 2008∼2011년 이 사건 재고자산이 실제 생산에 투입되어 남아있지 않음에도 ERP시스템으로는 재고자산으로 남아 있는 사실을 확인하였다. 당시 원고는 이 사건 재고자산이 2008. 10. 1. 이후 생산공정에 투입되어 남아있지 않다는 사실을 확인할 수 있었을 뿐, 어느 시점에 어느 제품 또는 프로젝트에 투입되었는지 특정하기 어려웠다. 이에 따라 원고는 이 사건 재고자산을 모두 IPP 사업에 투입한 것으로 처리하여 2011 사업연도 손금에 일괄 산입하였다. 이처럼 원고는 실제로 지출한 매출원가를 단지 그 귀속연도만 달리하여 손금에 산입하였을 뿐이고, 조세포탈 목적으로 과세요건사실 발견을 곤란하게 하거나 허위 사실을 작출하는 등 부정한 적극적인 행위를 한 적도 없다. 따라서 원고가 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항에 정한 것처럼 부당한 방법으로 과세표준을 과소신고하였다고 볼 수 없다. 3. 관계 법령 별지 기재와 같다. 4. 판단 가. 관련 법리 1) 구 국세기본법 제47조의3의 규정 체계, 구 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제2항 각 호의 문언 내용, 과소신고 가산세의 법적 성질 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제47조의3 제2항이 부당과소신고의 경우에 가산세를 중과하는 이유는 국세 과세표준 또는 세액 계산 기초가 되는 사실 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부당한 방법’에 의하지 아니한 일반과소신고 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것으로 이해된다. 그리고 ‘부당한 방법’으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정하고 있는 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항은 그 일반조항이라고 할 수 있는 제6호에서 ‘부당한 방법’에 해당하기 위하여는 국세포탈 등의 목적이 필요하다는 취지로 규정하고 있다. 따라서 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호가 규정하는 부당과소신고 가산세 요건인 ‘부당한 방법으로 한 과세표준 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실 발견을 곤란하게 하거나 허위 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위로 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율회피, 이월결손금 규정 적용 등과 같은 조세포탈 목적에서 비롯된 것을 의미한다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결). 2) 과세처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 증명책임 내지는 증명의 필요가 돌아간다. 그러므로 법인세 과세표준인 소득액 확정 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 다만 구체적 비용항목에 관한 증명의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자 측에 증명책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자 측이 주장하는 비용 용도와 지급 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명되었고 납세의무자가 신고내역대로 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼 다른 무엇인가 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조). 나. 판단 원고가 이 사건 재고자산을 2011년 IPP 사업 관련 제품 제조에 투입한 적이 없음에도, 이를 IPP 사업에 투입한 것처럼 ERP시스템에 허위 입력하여 IPP 사업 관련 제품 매출을 인식할 때 이 사건 매출원가를 해당 제품의 매출원가로 인식하도록 함으로써, 원고의 2011 사업연도 과세표준을 과소신고한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 특별한 사정이 없는 한 원고의 이러한 행위는 단순히 법인세법상 요구되는 신고를 하지 않은 데 그치는 것이 아니라, 적극적으로 허위 사실을 작출하는 등 부정행위로 비용을 과다계상하여 법인세 과세표준을 과소신고한 것으로서, 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호에 정한 ‘부당한 방법으로 과세표준을 과소신고한 경우’에 해당한다. 나아가 앞서 본 사실관계와 증거, 갑 21∼43, 47∼57, 을 14, 16∼21, 31, 37, 38에 변론 전체 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래 3)항 이하의 여러 사정에 비추어 보면,제출된 증거만으로는 이 사건 재고 자산을 매입하여 2008. 10.부터 2011년까지 IPP 사업과 무관한 다른 제품 생산에 투입하였다는 원고 주장을 인정하기에 부족하고, 오히려 원고의 위와 같은 행위가 조세포탈 목적에서 비롯된 사실을 인정할 수 있다. 1) 원고 주장은 다음과 같다. 원고는 ’이 사건 매출원가는 원고가 2008∼2011 사업연도에 실제로 재고자산을 매입하여 생산하는 데 투입하였으나, 단지 ERP시스템에 원가로 계상되지 않은 채 누락되어 있다가 뒤늦게 2011 사업연도에 계상된 비용에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 매출원가를 적절한 귀속시기에 맞추어 계상하지 않았다 하더라도, 이는 제조원가의 귀속시기 오류에 불과하므로, 원고가 법인세 포탈 목적으로 비용을 허위계상하거나 부당한 방법으로 과세표준을 과소신고하였다고 볼 수 없다.‘라는 취지로 주장한다. 2) 원고는 위 주장 사실을 증명할 필요가 있다. 원고는 이 사건 매출원가를 IPP 사업과 관련하여 판매한 제품의 매출원가로 회계처리하여 2011 사업연도 법인세를 신고․납부하였다. 그런데 원고 주장에 따르더라도 이 사건 매출원가 또는 재고자산은 IPP 사업에 투입된 적이 없다는 것이므로, 앞서 본 증명책임에 관한 법리에 따르면 원고가 이 사건 매출원가를 다른 사업이나 제품 제조에 투입․지출하였다는 사실은 그에 관한 증거를 제시하기가 용이한 원고가 이를 증명할 필요가 있다. 3) 투입 처리 누락이 재고자산 증가 원인이라고 단정할 수 없다. 원고의 연도별 재고자산비율은 아래 표 기재와 같이 2008년부터 2010년까지 계속 증가하였다(갑 38). 그러나 재고자산은 통상적인 영업과정에서 판매를 위하여 보유중인 자산, 생산 중인 자산 및 생산이나 용역 제공에 사용될 원재료나 소모품을 의미하는 것으로, 매출액 상승으로 증가될 수 있고, 재고자산비율은 경제상황에 따라 변동 될 수 있다. 이른바 비자금 조성 과정에서 원재료 등 매입을 가장하여 가공의 재고자산이 계상되는 경우도 있을 수 있다. 즉 원고 주장과 같은 투입물량 누락이 발생하지 않더라도 재고자산이 증가하였을 가능성은 얼마든지 있다. 원고도 2008∼2010년 전후로 조선업과 엔진제조업계 업황이 악화되면서 엔진부품 발주가 중도 취소된 것이 재고자산 증가의 원인이었다고 주장하였다. 원고 조달팀 구매담당 직원 DDD은 관련사건에서 미국발 금융위기로 기존에 발주된 프로젝트가 취소되는 경우가 많아 재고자산이 굉장히 늘어 당시 경영진으로부터 질타를 많이 받았다고 증언하였다. 따라서 재고자산비율이 상승하였다는 것만으로는 재고자산 중 일부가 매출원가에 반영되지 못한 채 장부상 재고자산으로 남아 있었다고 볼 수 없다.

4) 원고는 이 사건 재고자산 및 매출원가를 어떻게 확정하였는지 조차 밝히지 못하고 있다. 가) 원고는 세무조사 과정에서 ERP시스템상 요구수량(Required)과 투입수량(Issued)이 각 0, 0 또는 1, 0인 자료 3천여 건을 추출해 이 사건 매출원가를 집계하였다고 주장하였다. 그러나 과세관청이 ERP시스템에서 조회한 결과 그와 같은 자료가 수십만 건에 달한다는 점을 지적하자, 원고는 이 사건 소송에서는 위와 같은 방식으로 이 사건 매출원가를 집계한 것이 아니고, 재고자산을 전수조사하여 이를 집계하였다고 주장하고 있다. 이처럼 원고는 가장 중요한 이 사건 재고자산 및 매출원가를 어떻게 확정하였는지에 관하여 그 주장이 일관되지 못하다. 나) 원고는 물류TFT가 재고자산 전수조사를 통해, 즉 ERP시스템에 투입되지 않고 남아있는 원재료․재공품․반제품 항목을 확인한 다음 각 항목에 해당하는 실물재고가 존재하는지 확인하는 작업을 반복하여 이 사건 재고자산(3,410개 항목) 및 이 사건 매출원가(약 373억 원)를 확인하였다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 보면 원고의 위 주장은 믿기 어렵다. 오히려 원고는 2008년 금융위기 등으로 재고자산이 증가하자, 2009. 12. 28. 재고자산의 현실화를 통한 재고 감축과 ERP시스템 조기 안정화를 주요 목적으로 물류TFT를 구성하여 운영하면서, 일부 미투입 자산이 발생한 사실을 확인하고 2010. 8.경 전산상 재고와 실물 재고의 불일치를 상당 부분 해소한 것으로 보일 뿐이다. ① 원고가 제출한 물류TFT구성안(갑 21)에 의하면, 물류TFT의 전체 활동기간은 ‘2010. 1. 4. ∼ 2010. 3. 31.’이고, 위 기간 중 ‘현황 조사 및 분석’ 기간은 ‘2010. 1. 5.∼ 2010. 1. 13.’로 9일에 불과하다(나머지 기간은 향후 관리방안 정리 및 보고, Data추출 및 정비, Data 정비 및 System 개선, 개선방안 및 결과 적용 방안 도출, TFT 최종결과보고 등을 위한 기간이다). 이에 비추어 보면 물류TFT가 이 사건 매출원가 중 그 활동 기간 당시 발생하지도 않았던 2010년, 2011년 발생분을 미리 조사하였다는 원고 주장은 믿기 어렵다. 또한 이 사건 매출원가 중 2008, 2009년도 발생한 부분과 관련하여서도, 물류TFT가 위와 같은 짧은 현황조사 기간 동안 재고실사를 하여 그 항목과 가액을 확인하기는 어려웠을 것으로 보인다(이 사건 매출원가를 물류TFT 활동기간 이전에 발생한 부분과 그 이후에 발생한 부분으로 구분할 수도 없다). ② 원고는 물류TFT가 전수조사를 통해 이 사건 매출원가를 확정하였다고 주장하면서도, 정확한 물류TFT의 재고자산 확인 내역은 밝히지 못하고 있다. 또 물류TFT구성안(갑 21)에 의하면 3개월 동안 조달, 영업, 원가 등 전 부서에서 20여명을 차출하여 현업 인터뷰, 간담회, 설명회 활동을 하면서 계획에서 진행 및 완료까지 활동상황을 경영진에게 보고하도록 되어 있음에도, 원고는 물류TFT 결과보고, 재고실사 자료, 인계서류 등 물류TFT의 재고자산 확인 내역과 관련된 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다. 그렇다면 설령 물류TFT가 전수조사를 한 사실 등이 인정된다고 하더라도, 원고가 이 사건에서 주장하는 이 사건 매출원가 항목과 금액이 물류TFT가 재고실사를 통해 확인하였다는 그것과 일치하는지 확인할 방법도 없다. ③ 원고를 포함한 AAA 3사 PI/ERP프로젝트 완료보고서(갑 55, 58면)에는 향후 진행 계획으로 ‘INNOVIS 시스템 조기안정화와 현업 업무 정착을 위해서 PI TFT 주도하에 사별, 사간 협의회를 한시적으로 운영해야 한다’고 기재되어 있어 시스템 안정화작업 이후에도 ERP시스템의 조기 안정화와 협업 업무 정착을 위한 TFT 활동이 예정되어 있었다. ④ 물류TFT는 ‘재고자산의 현실화를 통해 재고 감축 및 발주 입고에 이르는 Flow를 개선하고, Data의 정합성 추구로 사간 거래의 기틀을 마련함으로서 조달 시스템 조기 안정화’를 목적으로 하였다. ⑤ 2010. 7. 13. 작성된 신규 출고 요청 프로세스 반영계획(갑 22, 3면)에는‘2010. 7. 19.까지 신규프로그램 적용에 따른 현재 등록된 DATA를 기준으로 신규 프로그램에 맞는 DATA를 생성’, ‘2019. 7. 23.까지 신규 프로그램 적용을 위한 공정 창고재고 제로(zero)화’, ‘2019. 7. 27.까지 데이터 이관 및 프로그램에 대한 최종 테스트‘, ’2010. 7. 29.까지 공정창고 및 미투입 내역 최종 정리‘, ’2010. 7. 30.까지 실제 ERP에 데이터 이관 및 프로그램 반영, ‘기간 내 MFG1) ISSUE 내역은 8/9(월) 일괄 반영’, ‘현업 시스템 오픈 : 8/9(월)’이라고 기재되어 있다. ⑥ 2010. 8. 19. 작성된 반제품 미투입 방지 프로세스(갑 23, 2면) 내용 중 ‘반제품 미투입 Process 목적’란에 ‘1) 반제품은 핵심 자재이므로 미투입이 실제로 발생할 수 없음 → 미투입 발생시 전산/실물 간의 차이 발생함’, ‘2) 반제품은 Job 형태이므로 미투입 발생시 재공 금액을 가지고 있음 → WIP(반제품)/WX05(창고)에 남기 때문에 재고 금액을 증가시킴’, ‘3) 전체 미투입 수량은 적으나 금액적으로 큰 비중을 차지함 → 8/18 기준 100만 원 이상 건수 30/260(12%), 금액 9억/18억(50%)임’이라고 기재되어 있다. 위 자료에서 확인되는 전체 반제품 미투입 수량 260건, 재고 금액 18억 원은 이 사건 매출원가와는 현저한 차이가 있다(원고는 이 사건 매출원가 중 직접재료비를 제외한 인건비․가공비만 약 73억 2,300만 원에 달한다고 주장하고 있다). 다) 달리 원고가 이 사건 재고자산과 매출원가와 관련하여 전수조사를 진행한 사실을 인정할 증거가 없다. 이 사건 재고자산 중에는 그 가액이 1,000원 미만인 스프링핀, 너트, 볼트 등도 다수 포함되어 있는데, 원고와 같이 여러 곳의 창고에 수백억 원 상당의 재고자산을 보유하며 수시로 재고자산을 구매하고 사용하는 회사에서 원고 주장과 같은 전수조사 방법으로 이 사건 매출원가를 확정할 수 있는지도 의문이다. 라) 원고는 2008. 10.경 오라클사의 ERP시스템을 도입하면서부터 제품 생산에 투입한 재고자산의 투입 처리가 누락되어 이 사건 재고자산이 발생하기 시작하였다는 취지로 주장한다. 그러나 ① 원고와 AAA엔진, AAA중공업은 2007. 6. 16. 주식회사 포스텍과 ERP & PLM & MES 시스템 구축 계약을 체결하면서 잔금은 시스템 구현이 완료된 후 지급하기로 약정한 점, ② 위 시스템 구축 계약기간은 당초 ‘2007. 6. 16.부터 2008. 4. 14.까지‘였으나 이후 2008. 9. 30.까지로 변경되었고, 2008. 10.경 통합테스트를 마친 이후에도 시스템 안정화 작업이 지연됨에 따라 계약완료일이 2009. 5. 30.로 변경된 점, ③ 2009. 5. 30. 위 계약에 따른 잔금이 지급된 점 등에 비추어 보면(갑 54∼57), 원고가 ERP시스템을 구현하기 시작한 것은 원고가 주장하는 2008. 10.경이 아니라 잔금을 지급한 2009. 5. 30. 이후로 보인다. 5) 원고가 이 사건 재고자산을 매입한 사실을 인정할 증거가 부족하다. 가) 원고는 이 사건 소송에서 이 사건 매출원가 중 재료비가 약 300억 2,200만 원을 차지하고, 그 중 95%에 해당하는 28,448,000,000원 상당 재료비 매입사실에 관한 증빙자료가 존재한다고 주장하면서, ‘이 사건 미대체매출원가 재료비 매입증빙’(갑 26)과 거래명세서와 세금계산서 등(갑 26∼32, 37, 46)을 제출하였다. 그리고 이 사건 세무조사 당시 전기 미투입 내역 및 매출 매입 증빙(을 17)을 제출하기도 하였다. 나) 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 위 각 증거를 비롯하여 제출된 증거만으로는 원고가 이 사건 재고자산을 실제로 매입한 사실을 인정하기에 부족하다. ① 원고 스스로도 ERP시스템 특성상 재고 가액을 자동으로 평균하여 산정하므로 이 사건 재고자산 각 항목에 관한 원재료 금액 등을 특정 매입증빙에 기재된 금액에 대응시키는 것이 사실상 불가능함을 인정하고 있다. 이는 재료비 중 95% 상당에 관한 매입증빙이 존재한다는 원고 주장(적어도 원고는 그 95%에 관하여 대응되는 매입증빙을 확인하였음을 전제로 한 주장이다)과는 모순되는 사정이다. ② 실제로 원고는 이 사건 매출원가를 구성하는 구체적인 항목과 금액을 정리한 ‘이 사건 미대체매출원가 내역(갑 24)’을 제출하였는데, 거기에 기재된 3,410개 항목 중 원고가 거래명세서와 세금계산서 등 구체적인 매입증빙과 대응시킨 항목은 극히 일부분에 불과하다. 이에 따라 이 법원은 위 내역 중 5개 항목을 임의로 지정하여 원고에게 위 5개 항목에 관해서라도 원재료 등 매입사실과 해당 항목이 제품 제조에 투입된 사실에 관한 증빙자료를 특정할 것을 명하였으나, 원고는 이 사건 변론 종결일까지 제조에 투입한 사실은 별론으로 하고 매입증빙조차 특정하거나 제출하지 못하였다. ③ 원고가 이 사건 미대체매출원가 내역(갑 24)에 기재된 특정 부품과 동일한 부품에 관한 거래명세서 등을 제출하더라도, 원고가 해당 부품을 단 하나만 매입한 것이 아닌 이상 위 매입증빙이 이 사건 미대체매출원가 내역에 기재된 특정 부품에 대응하는 것이라고 단정할 수도 없다. ④ 원고가 이 사건 매출원가를 어떻게 확정하였는지조차 밝히지 못한 이상, 설령 원고가 이 사건 미대체매출원가 내역(갑 24)에 기재된 몇몇 항목의 매입사실을 증명한 다고 하더라도, 그러한 사정만으로 나머지 항목에 관해서도 매입 사실이 존재한다고 추단할 수 없다. ⑤ 부산지방국세청이 이 사건 세무조사 당시 원고로부터 이 사건 재고자산 품목과 가액 등을 정리한 목록과 내역(을 16, 17) 등을 제출받아 검토한 결과, 아래〈표1〉기재와 같이 비정상적인 원가 흐름을 보이는 품목들의 금액(표 1 순번 1, 2, 3)이 전체금액 대비 87%에 해당되어 자료의 신빙성이 크게 결여되어 있었다(나머지 13%에 해당하는 품목들도 ‘매출액≥매출원가≥매입액’의 일반적인 원가흐름에 부합한다는 것 일 뿐이지, 그것만으로 위 품목들이 실제 제품의 생산에 투입되었음에도 장부상 매출원가로 대체되지 않은 재고자산으로 인정된다는 것은 아니다).

⑥ <표 1〉순번 1 기재 미달투입 1,716건은 아래〈표 2〉기재와 같이 미제시 443건과 과소제시 1,273건으로 구분되는데, 이와 관련하여 원고가 부산지방국세청에 제출한 매입액은 약 79억 2,500만 원으로 순번 1 기재 매출원가 약 282억 5,400만 원의 28%에 불과하였다.

⑦ 원고의 매출구조는 선박용 엔진부품을 가공한 후 계열회사 등에 일정 이윤을 가산하여 판매하는 구조로서 일반적으로 판매된 제품 자체의 매출 손실이 발생할 수 없는 구조이다. 그런데 부산지방국세청장이 이 사건 세무조사 당시 원고가 제품별로 제출한 자료를 검토한 결과, 매출원가(기신고된 매출원가 + 미대체매출원가)가 매출액을 훨씬 초과하는 경우가 대부분이었고, 위 매출원가는 매출액 대비 평균 4.8배에 이르렀다. 6) 설령 매입사실이 인정되더라도, 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 원고가 이를 제품 생산에 투입한 사실을 인정할 증거가 부족하다. ① 원고는 이 사건 재고자산이 구체적으로 어떤 제품 생산에 투입되었는지도 특정하지 못하고 있다. 오히려 원고 주장에 따르더라도 원고는 이 사건 세무조사 당시부터 계속해서 자료를 보완하고자 노력하였으나, ERP시스템에는 있지만 실물이 없는 것으로 확인된 재고자산이 어떤 제품 생산에 투입되었고 그 제품이 어느 시점에 얼마나 판매되었는지를 전산상으로 정확하게 연결시킬 수 없었으며, 다만 ERP시스템상 완성된 작업정보를 기초로 2008∼2011년 판매된 완성품 중 이 사건 매출원가와 동일한 종류 부품이 투입처리 되지 않은 채 생산 및 판매가 이루어진 완성품을 찾아 해당 완성품의 판매시점인 2008∼2011 사업연도가 이 사건 매출원가의 귀속시기라고 내부적으로 추정하여 전기 미투입 내역(을 17)을 작성하였다는 것이다. ② 원고가 이 사건 재고자산을 제품 생산에 투입하였다는 증거로 과세관청 또는 이 법원에 제출한 갑 24, 26, 52, 을 16, 17 등은 모두 이 사건 세무조사 과정에서 또는 그 이후에 작성한 것이다. 그리고 그 자료에 대한 신빙성이나 타당성을 검증할 만한 다른 자료나 위 문서들을 작성하는 기초가 된 원 자료는 제출하지 않았다(물류TFT가 이 사건 재고자산이 실제로 제품 생산에 투입된 사실을 확인한 것으로 보이지도 않는다). ③ 달리 이 사건 재고자산이 제품 생산에 투입된 사실을 인정할 별다른 증거가 없다. 부품 등 매입 사실에서 곧바로 해당 부품이 제품 생산에 투입된 사실이 추정되는 것도 아니다. ④ 원고가 이 사건 매출원가를 어떻게 확정하였는지조차 밝히지 못한 이상, 설령 원고가 이 사건 재고자산 중 몇몇 항목이 제품 생산에 투입된 사실을 증명한다고 하더라도, 그러한 사정만으로 나머지 항목도 제품 생산에 투입되었다고 추단할 수 없다. ⑤ 원고의 조달팀 구매담당 직원 DDD이 관련사건에서 한 증언에 따르면, ERP시스템을 통한 재고자산의 회계 처리업무는 [엔진부품 수주], [작업지시서 생성], [원재료 입고], [작업지시에 원재료 투입], [제조], [매출 발생] 순으로 이루어진다. 만약 원고 주장과 같이 대량의 원재료 또는 부품이 생산에 투입되었음에도 불구하고 ERP시스템에 재고자산으로 남아 있었다면, 더 이상 해당 원재료 또는 부품을 새로 구입할 근거가 없어 재품 생산과정에서 원재료 및 부품의 유입에 적지 않은 차질이 발생하였을 것이고, 이는 조달팀에서 주요 현안으로 파악하였을 것인데, 관련사건에서 증인 DDD은 특별히 재고자산이 미대체되는 오류에 대해 인식하지 못하였다고 증언하였다. 7) 다음과 같은 사정에 비추어 보더라도 원고 주장은 믿기 어렵다. ① 관련사건에서 EEE 유한회사에 한 사실조회결과에 따르면 “마감프로세스를 정상적으로 처리하지 않는 경우 실물의 흐름과 시스템상 데이터가 완벽히 일치하지 않는 경우가 발생할 수 있으나, 원고는 이러한 현상을 방지하지 위하여 분기/반기/연말 재고 실사를 통해 불일치 부분에 대한 조정 작업을 실시하며 그 이력을 내부적으로 관리하고 있는 것으로 알고 있다”는 것이다(을 37-2, 3면). 이에 비추어 보면, 원고가 2008년부터 2011년까지 상당 기간 매출원가에 반영되지 않은 재고자산을 확인하고 서도 이를 조정하지 않았다는 원고의 주장은 쉽사리 받아들이기 어렵다. ② 원고의 2008∼2012 사업연도 감사보고서에 의하면 원고는 ‘계속기록법’과 ‘실지재고조사법’을 병행하여 재고자산 금액을 확정하여 왔다(을 3, 30면 등). 이 사건 매출원가는 그 금액이 해당 사업연도 말 원재료 및 재공품 총 계정금액의 최고 12.1%에 이르고, 단위당 가액이 1억 원 이상인 항목이 70건, 합계 약 138억 원에 달한다. 그럼에도 불구하고 원고가 그 주장과 같이 재고자산이 과대 계상되었다는 사실을 발견하지 못하였다는 것 역시 납득하기 어렵다. ③ 원고가 이 사건 세무조사 당시 주장한 미대체매출원가를 사업연도별로 구별하면, 아래〈표 3〉기재와 같이 2008년 20억 원, 2009년 194억 원, 2010년 119억 원에 이른다. 특히 2010 사업연도의 경우 미대체매출원가가 원고 당기순이익의 140%에 이르고, 위와 같은 재무제표 왜곡은 상장기업의 경영에 있어 묵과하기 어려울 정도의 중대한 수준에 해당하고, 상장 법인의 회계 관행이나 원칙에도 반한다. 단지 ERP시스템도입 과정에서 업무 미숙 등으로 인해 위와 같은 현상이 발생하였다고 보기는 어렵다.

④ 관련사건에서 원고 조달팀 구매담당 직원 DDD은 재고자산 증가와 관련해 경영진으로부터 질타를 많이 받았다고 증언하였다. 그리고 원고 주장에 따르더라도 원고는 2009. 12.경 그와 같은 문제를 해결하기 위하여 20여명의 직원을 차출하여 물류TFT을 구성하고 문제점을 파악하여 늦어도 2010. 7.경부터는 개선방안을 마련하였다는 것이다. 그런데 그와 같은 작업이 진행되고 있음에도 또는 작업이 완료되었음에도 계속해서 ERP시스템에 투입 처리를 누락하는 일이 반복되고 투입 처리가 누락된 재고자산이 상당한 규모로 발생하였다는 것은 쉽게 납득이 가지 않는다. 오히려 위와 같은 개선 작업이 진행된 후에도 거액의 미대체매출원가가 발생하였다는 원고 주장에 비추어 보면, 이 사건 매출원가 발생 원인이 단순한 투입처리 누락 등에 기인한 것이라는 원고 주장의 신빙성에 의문이 든다. ⑤ 원고는 ERP시스템에 재고자산을 입력하려면 거래증빙이 첨부되어야 하고, 재료 매입 및 재공품 제작, 원재료 또는 재공품을 투입하여 완성품을 제작하는 거래 등 ERP시스템에 입력된 거래 내역은 원고가 임의로 조작하거나 변경할 수 없다고 주장한다. 그러나 원고는 이 사건 매출원가를 구성하는 원재료, 재공품, 반제품 등이 IPP 프로젝트에 투입된 사실이 없음에도 이를 IPP 사업의 작업지시서에 입력하여 IPP 사업의 매출원가로 자동 계상되도록 작업지시서 내용을 변경하였다. 관련사건에서 한 사실조회결과 EEE 유한회사 역시 “ERP시스템에서 원재료 매입거래, 원재료를 투입하여 재공품을 제작하는 거래, 원재료 또는 재공품을 투입하여 완성품을 제작하는 거래등을 원고가 사후적으로 변경 혹은 조작하는 것이 가능한지 여부”에 관하여 “일반사용자가 화면에서 데이터를 삭제하는 것은 불가능하나, 특별권한을 가진 IT 담당자가 DB에서 데이터를 삭제하는 것은 가능하고, 사후적인 변경, 조작 내역을 추적하는 것은 불가능하다”고 회신하였다(또한 ERP시스템을 처음 도입할 때는 기존의 재고자산을 일괄하여 입력하였을 것인데, 그 과정에서 기존에 누적되어 온 가공자산이 ERP시스템에 그대로 입력되었을 가능성도 배제할 수 없다). 5. 결론 원고 청구는 이유 없으므로 기각한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2018구합52233

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