+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

인천지방법원 2020.11.26 선고 2016구합53245 판결

과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙임[일부패소] 【사 건】 2016구합53245 법인세등부과처분취소 【원 고】 주식회사 ○○ 【피 고】 ○○세무서장 【변 론 종 결】 2020.07.23 【판 결 선 고】 2020.11.26 【주 문】 1. 피고가 2014. 10. 13. 원고에 대하여 한, 1) 2011년도 법인세 1,001,750,360원(가산세 포함)의 부과처분 중 267,983,492원을 초과하는 부분, 2012년도 법인세 865,226,890원(가산세 포함)의 부과처분 중 383,842,887원을 초과하는 부분 및 2013년도 법인세 933,048,460원(가산세 포함)의 부과처분 중 395,374,396원을 초과하는 부분을 각 취소하고, 2) 소득종류를 상여, 소득자를 이○○으로 한 2011년도 소득금액 2,485,693,990원의 소득금액변동통지 중 22,608,588원을 초과하는 부분, 2012년도 소득금액 1,859,922,530원의 소득금액변동통지 중 7,078,455원을 초과하는 부분 및 2013년도 소득금액 3,127,108,000원의 소득금액변동통지 중 1,641,925,401원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 30%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 2014. 10. 13. 원고에 대하여 한, (1) 2011년도 법인세 1,001,750,360원(가산세포함, 이하 같다), 2012년도 법인세 865,226,890원, 2013년도 법인세 933,048,460원의 각 부과처분, (2) 소득종류를 상여, 소득자를 이○○, 소득금액을 2011년도 2,485,693,990원, 2012년도 1,859,922,530원, 2013년도 3,127,108,000원으로 하는 각 소득금액변동 통지를 모두 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2010. 9. 1. 설립되어 ○○시 ○○구 ○○동 11-102에서 젓갈류 및 절임반찬 도․소매업을 영위하는 법인이고, 이○○은 원고의 대표이사이다. 나. 원고는 ‘◇◇◇’라는 전산프로그램(이하 ‘이 사건 프로그램’이라 한다)을 이용하여 물품 매입․매출내역 및 재고현황 등을 기록․관리하여 왔고(개별 매입․매출내역은 거래명세서 형태로 출력될 수 있다), 별도로 회계장부를 작성하지는 않았다. 다. 2011년도부터 2013년도까지(이하 이를 통틀어 ‘쟁점사업연도’라 한다) 이 사건 프로그램에 입력된 매출액 합계는 57,929,833,710원이고, 매출원가(매입액을 뜻한다. 이하‘매출원가’라고만 한다) 합계는 55,103,217,464원이며, 매출 수량 합계와 매출원가 수량 합계는 모두 1,047,954개이다. 그런데 원고는 쟁점사업연도에 법인세를 각 신고․납부하면서, 이 사건 프로그램에 입력된 매입․매출내역 중에서 세금계산서 등 증빙자료가 있는 일부 내역만 신고하여, 매출액은 합계 30,747,544,065원으로, 매출원가는 합계 28,544,513,975원으로 신고하였다. 라. ○○지방국세청장은 2014. 7. 10.부터 2014. 7. 25.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 원고의 사업장에 보관 중이던 35,844건의 거래명세표를 확인한 후 이를 기준으로 매출 누락액 합계 32,837,650,000원, 매출원가 누락액 합계 14,186,200,000원으로 각 산정한 후(이를 반영하면 쟁점사업연도 매출액 합계는 약 63,585,194,000원, 매출원가 합계는 약 42,730,713,000원이 된다) 이를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2014. 10. 13. 원고에게 쟁점사업연도분 법인세 합계 6,251,176,780원을 경정․고지하였고, 원고의 대표이사 이○○에게 쟁점사업연도에 관하여 소득금액 합계 18,863,614,712원을 상여처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다. 마. 원고는 이에 대하여 이의신청을 하여, 2015. 1. 9. ○○지방국세청장의 재조사결정을 받았고, ○○지방국세청장은 원고에 대한 재조사를 실시한 결과 위 매출 누락액 중 합계 6,079,460,000원을 차감하고 매출원가로 합계 5,128,944,600원을 추가로 산입하기로 결정하여(이를 반영하면 쟁점사업연도 매출액 합계는 약 57,505,734,000원, 매출원가 합계는 약 47,859,657,600원이 된다) 피고에게 통지하였다. 이에 따라 피고는 2015. 5. 27. 원고에게 쟁점사업연도분 법인세(가산세 포함) 경정․고지액 합계액을 2011년도 1,001,750,360원, 2012년도 865,226,890원, 2013년도 933,048,460원 합계 2,800,025,710원으로 감액․고지하였고(이하 위 2014. 10. 13.자 각 법인세 부과처분 중 이와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다), 2015. 6. 1. 원고의 대표이사 이○○에 대한 상여처분액을 2011년도 2,485,693,990원,2012년도 1,859,922,530원, 2013년도 3,127,108,000원 합계 7,472,724,520원으로 감액․고지하였다(이하 위 2014. 10. 13.자 각 소득금액변동통지 중 이와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 소득금액통지’라 한다). 바. 이에 원고는 2015. 8. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 5. 30. 원고의 심판청구를 기각한다는 결정을 하였다. 사. 한편 원고와 대표이사 이○○은 ○○지방법원 ○○고합◯◯호로 ‘이○○이 쟁점 사업연도에 세금계산서 등을 제대로 발급하지 아니하고 매출을 누락하여 신고하는 방법으로 2011년도 법인세 605,387,791원, 2012년도 법인세 459,057,149원, 2013년도 법인세 497,392,083원을 포탈하였다’는 공소사실로 공소 제기되어, 2018. 2. 22. 유죄판결을 선고받았다(이○○은 징역 3년에 집행유예 4년 및 벌금 610,000,000원을, 원고는 벌금 100,000,000원을 각 선고받았다). 그러나 이에 대하여 원고와 이○○이 ○○고등법원 ◯◯노◯◯호로 항소하여, 2019. 11. 14. ‘이○○이 위와 같은 방법으로 2011년도 법인세 30,726,505원과 2013년도 법인세 45,475,645원을 포탈하였다‘는 공소사실 부분만 유죄로 인정하고 나머지 공소사실을 무죄로 판단하여 제1심판결을 파기하고 자판하는 판결을 선고받았으며(유죄부분에 대하여 이○○은 징역 4월에 집행유예 1년을, 원고는 벌금 5,000,000원을 각 선고 받았다), 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 ’관련 형사판결‘이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 10, 12, 23호증(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 3, 10 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 1) 원고 가) 첫째, 원고가 영위하는 젓갈류 등 반찬 유통업의 특성상 매출 수량과 매출원가수량이 동일할 수밖에 없고, 실제로 이 사건 프로그램에 기록된 쟁점사업연도의 매출 수량과 매출원가 수량도 각 1,047,954개(이하 ‘이 사건 전체품목’이라 한다)로서 동일하므로, 이와 같이 동일한 매출 및 매출원가 수량을 기준으로 법인세액을 산출하여야 한다. 또한 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 액수는 매입처가 ‘◉◉’으로 기재된 128,467개 품목(이하 ‘이 사건 쟁점품목’이라 한다)을 포함하여 모두 사실에 부합하여 신빙성이 인정된다. 즉 이 사건 쟁점품목의 경우는 원고가 영세상인들로부터 물품을 매입하는 과정에서 세금계산서 등 증빙을 제대로 수취하지 못하였을 뿐, 그 거래금액과 품목 자체는 사실에 부합하는 것이다. 따라서 피고는 이 사건 프로그램에 기록된 매출 및 매출원가 내역에 근거하여 쟁점사업연도 법인세액을 산출하였어야 한다. 그럼에도 피고는 매출의 경우는 그 거래증빙이 온전히 갖추어지지 않았음에도 이 사건 프로그램에 기록된 매출내역을 전부 신빙하여 이 사건 전체품목의 매출을 합산하였으면서, 매출원가의 경우 이 사건 쟁점품목의 매출원가 내역의 신빙성을 부정하며 이를 제외한 나머지 품목의 매출원가만을 합산함으로써 이 사건 쟁점품목의 매출원가 합계 7,243,552,324원(2011년도 2,612,370,343원, 2012년도 2,371,799,793원, 2013년도 2,259,382,188원)을 반영하지 아니하였는바, 이는 적법하지 않다. 나) 둘째, 원고가 모든 거래내역을 사실대로 기록한 이 사건 프로그램을 그대로 보존․관리하여 온 점 등에 비추어 피고가 예비적으로 주장하는 법인세법상 추계 사유가 인정되지 않고, 실지조사방법과 추계조사방법을 혼용하는 것도 위법하므로, 추계의 방법에 따라 과세표준과 세액을 산정할 수 없다. 다) 셋째, 쟁점사업연도 법인세액 중 지출증빙서류 미수취 가산세는 연도별 50,000,000원 한도로 인정되어야 한다. 라) 넷째, 피고가 한 이○○에 대한 상여처분액(소득금액변동통지금액)은 관련 형사판결에서 인정된 과세표준 등에 따라 감액․경정되어야 하는데, 피고가 관련 형사판결 결과를 반영하여 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 이○○에 대한 상여처분액에서 공제하는 방식으로 산정한 상여처분액 중 2011년도 상여처분액 22,608,588원, 2012년도 7,078,455원에 대하여는 다투지 않지만, 2013년도 상여처분액은 당초 상여처분액 3,127,108,000원에서 이 사건 쟁점품목의 2013년도 매출원가 2,259,382,188원을 공제하여 867,725,812원만 인정되어야 한다. 2) 피고 가) 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역은, ‘◉◉’이라는 매입처는 원고의 직원 ◉◉의 이름을 딴 가상의 거래처에 불과함에도 원고가 그 구체적인 거래상대방을 특정하지 못하고, 매입대금 지출을 증빙할 만한 자료도 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 그 신빙성을 인정할 수 없다. 따라서 피고가 쟁점사업연도 법인세를 산출할 때 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 전부 반영하지 않은 조치는 적법하다. 나) 설령 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역의 실체를 완전히 배제할 수 없더라도위 가)항에서 본 사정들에 비추어 이 사건 프로그램에 입력된 매출원가의 신빙성에는 의문이 있다. 이는 법인세법 제66조 제3항, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호(소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우)의 추계 사유에 해당하므로, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호에 규정된 추계의 방법에 따라 과세표준과 세액을 산정하여야 한다. 이에 따르면 쟁점사업연도 법인세액은 2011년도 906,260,234원, 2012년도 797,336,227원, 2013년도 602,748,004원 합계 2,306,344,465원으로 감액되고, 이○○에 대한 상여처분액은 2011년도 2,053,856,782원, 2012년도 1,480,023,323원, 2013년도 1,094,980,375원 합계 4,628,860,480원으로 감액된다. 다) 설령 관련 형사판결에서 인정된 과세표준 등에 기초하여 법인세액과 상여처분액을 산정하더라도, 법령에 따른 지출증빙서류 미수취 가산세는 포함되어야 한다. 또한 원고가 매출액을 대폭 축소 신고한 이 사건에서는 판례에 따라 특별한 사정이 없는 한 원고의 매출누락액을 기준으로 상여처분 대상으로 함이 원칙이며, 거래상대방과 매입대금 지출 내역 등이 불분명한 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 쟁점사업연도 상여처분액에서 공제할 수 없다. 이에 따르면 쟁점사업연도 법인세액은 2011년도 267,983,492원(가산세 237,256,987원 포함)1), 2012년도 383,842,887원(가산세 387,518,909원 포함), 2013년도 395,374,396원(가산세 349,898,751원 포함)으로 감액되지만, 이○○에 대한 상여처분액은 이 사건 소득금액통지 당시 산정한 금액과 동일하다(다만, 이 사건 쟁점품목에 관한 매출원가를 쟁점사업연도 상여처분액에서 공제하기까지 한다면 이○○에 대한 상여처분액은 2011년도 22,608,588원, 2012년도 7,078,455원, 2013년도 1,641,925,401원이다). 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역에 근거하여 쟁점사업연도 법인세액을 산출할 수 있는지(법인세법상 추계의 방법으로 과세표준과 세액을 산정할 수 있는지) 가) 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는것이 원칙이고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이다(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두915 판결 등 참조). 나아가 납세자가 비치․기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료이어서 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 등 참조).또한 납세자가 법인세법이 정하는 장부를 비치․기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 나) 이러한 법리를 토대로, 갑 제18 내지 24호증, 제30 내지 38호증의 각 기재 등에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정들을 살펴보면, 이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역은 신빙성이 있는 장부 내지 증빙에 해당하므로 이에 근거하여 쟁점사업연도 법인세 과세표준과 세액을 산출할 수 있다고 할 것이고, 이 사건 프로그램 중 이 사건 쟁점품목의 매출원가 부분만을 신빙할 수 없다고 보아 추계조사 방법 등으로 과세표준과 세액을 산출하는 것은 합리적이지 않다. ① 원고는 젓갈류, 절임반찬 등을 도․소매로 매입하여 판매하는 방식으로 영업하여 왔는바, 그 영업의 특성상 매입한 물품의 수량만큼 매출이 발생하는 것이 자연스럽다. 이 사건 프로그램에 기록된 쟁점사업연도의 매출수량과 매출원가 수량이 각 1,047,954개로서 매우 많으면서도 서로 같은 수량인 것은 이 사건 프로그램의 내용이 거래사실에 부합하게 기록되었음을 나타낸다. ② 이 사건 프로그램에 입력된 내용에 따르면, 이 사건 쟁점품목의 수량이 이 사건 전체품목의 수량에서 차지하는 비율은 약 12.26%(= 128,468개/1,047,954개)이고, 이 사건 쟁점품목의 매출원가가 이 사건 전체품목의 매출원가에서 차지하는 비율은 약 13.14%(= 7,243,552,324원/55,103,217,464원)에 이른다. 이처럼 이 사건 전체품목에서 이 사건 쟁점품목의 수량과 매출원가가 차지하는 비율이 거의 비슷한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점품목의 매출원가가 나머지 품목의 매출원가에 비하여 과다하다고 보이지 않는다. 또한 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 전체품목 매출액 합계는 약 579억 원이고 매출원가 합계는 약 551억 원이어서 매출액/매출원가 비율은 약 105%에 이르고, 이 사건 쟁점품목 매출액 합계는 약 76억 9,700만 원이고 매출원가 합계는 약 72억 4,300만 원이어서 그 매출액/매출원가 비율은 약 106%에 이른다. 이처럼 이 사건 전체품목의 이익률과 이 사건 쟁점품목의 이익률이 균형을 이루고 있는 것은 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 쟁점품목 매입․매출내역의 품목별 수량과 단가는 신빙성이 있음을 뒷받침한다. ③ 피고는 2014. 10. 13.자 경정 당시에는 전산장부인 이 사건 프로그램의 입력내용과 원고의 사업장에 있던 일부 거래명세서의 내용을 중복 집계하여 매출액을 과다 계산하였다가, 재조사 후인 2015. 5. 27.자 경정 당시에는 이 사건 프로그램에 입력된 이 사건 쟁점품목을 포함한 전체 매출 거래내역이 그대로 신빙성이 있다고 보아 실물거래명세표 등 다른 증빙이 없는 부분까지 포함하여 이 사건 전체품목에 대한 매출이 발생한 것으로 인정하여 전체 매출액을 합산하였다. 그리고 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역의 개별 품목 수량과 매출원가에 허위 내용이 포함되어 있다고 볼 뚜렷한 정황은 없다. 또한 원고와 같은 젓갈류 등 도․매업체는 실제 거래에서 다수의 거래처와 빈번하게 거래하게 되고, 거래명세표 등을 발급받지 못하거나 영세업체로부터 물품을 현금으로 매입하는 경우도 상당 부분 존재한다고 보인다. 이러한 사정들을 고려하면 이 사건 쟁점품목에 관한 매입내역에 관하여 거래처가 ‘◉◉’으로 허위로 기재되어 있었고 그 매입내역에 관한 다른 증빙자료가 없더라도 그 매입한 품목과 매입액부분까지 허위라고 단정할 수는 없다. ④ 이 사건 프로그램은 쟁점사업연도를 포함한 장기간에 걸쳐 빈번하게 이루어지는 대량의 매입․매출내역과 재고 내역을 기록하는 기업용 프로그램으로서, 원고가 그 사업을 영위하면서 영업상 및 업무상 필요에 따라 실제 거래에 따라 그때그때 이 사건 프로그램에 개별 거래내역 등을 기록한 것으로 보인다. 이 사건 쟁점품목 중 일부 품목의 기간별 입고 및 출고 현황을 보아도 입고수량과 출고수량이 일관되게 균형을 이루고 있어 신빙성이 있다(갑 제30호증의 3 참조). 그 중 일부 거래내역이 세무조사 등을 대비하여 실제와 달리 사후적으로 조작되었다고 볼 만한 정황은 없다. ⑤ 앞서 ②항에서 본 것처럼 이 사건 쟁점품목의 매출원가가 이 사건 전체품목의매출원가에서 차지하는 비율이 약 13.14%에 불과한바, 이는 ③항에서 본 것처럼 원고가 다수의 거래처와 거래하면서 거래명세표 등을 발급받지 못하거나 영세업체로부터 물품을 현금으로 매입하는 경우에 해당한다고 볼 수 있을 정도로 낮은 비율이다. 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 2) 지출증빙서류 미수취 가산세가 연도별 한도인 50,000,000원으로 산정되어야 하 는지 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되어 2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제49조 제1항 제2호는 법인세법 제76조 제5항 등의 가산세에 대하여는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원을 한도로 한다고 규정하면서, 그 제1항 단서에서 ‘해당 의무를 고의적으로 위반한 경우’에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 살피건대, 갑 제32호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 이 사건 각 부과처분 중지출증빙서류 미수취 가산세 부분은 2011년도 102,247,407원, 2012년도 192,645,430원, 2013년도 155,661,378원인 사실을 인정할 수 있다. 그런데 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 것처럼 이 사건 쟁점품목을 비롯한 일부 매입 부분에 관한 원고의 증빙서류 미수취는 다수의 거래처와 관계에서 장기간의 거래에 걸쳐 빈번하게 이루어졌고, 그 경위도 영세업체와 현금 거래를 하며 현금영수증 또는 세금계산서 수취를 생략하는 등 원고의 평소 거래행태에 기인한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고의 쟁점사업연도 거래에 관한 지출증빙서류 미수취는 구 국세기본법 제49조 제1항 단서의 ‘해당 의무를 고의적으로 위반한 경우’에 해당한다고 할 것이므로, 같은 항 본문의 가산세 한도를 적용할 수 없다고 할 것이다. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 3) 원고 대표이사 이○○에 대한 상여처분액 산정에 관하여 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조는 ‘제66조 등에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.’고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라, ① 귀속자가 주주등인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당, ② 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여, ③ 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출, ④ 귀속자가 그 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로 하되, ⑤ 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.’고 규정하고 있다.나) 살피건대, 갑 제12호증의 1 내지 3, 을 제32호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 쟁점사업연도에 관하여 원고의 대표이사 이○○에게 한 상여처분의 액수는 2011년도 2,485,693,990원, 2012년도 1,859,922,530원, 2013년도 3,127,108,000원 합계 7,472,724,520원인 사실, 그 중 2011년도 2,463,085,411원,2012년도 1,852,844,075원, 2013년도 1,485,182,599원은 이 사건 쟁점품목의 매출원가를 모두 가공매입이라고 보아 그 매출원가 및 그에 대응하는 신고 누락 매출액 부분에 관한 사외유출이 발생하였음을 전제로 상여처분액에 가산한 부분인 사실을 인정할 수 있다. 그런데 앞서 본 것처럼 이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역은 신빙성 있는 장부 내지 증빙에 해당한다고 볼 수 있으므로, 이 사건 쟁점품목의 매출원가는 실제로 발생한 매입비용이라고 할 것이고, 이는 원고가 신고 누락한 매출액에 대응하는 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 매출액에서 지출되었다고 볼 수 있으므로, 이 부분에 관하여 소득의 사외유출이 발생하였다고 단정할 수 없다. 따라서 이 사건 쟁점품목의 매출원가를 모두 가공매입이라고 보는 것을 전제로 위와 같이 상여처분액에 가산한 2011년도 2,463,085,411원, 2012년도 1,852,844,075원, 2013년도 1,485,182,599원 부분은 ‘사외유출된 익금’이라고 볼 수 없어 소득처분의 대상이 된다고 할 수 없다. 따라서 이 부분은 쟁점사업연도에 관한 이○○에 대한 위 상여처분액에서 공제되어야 할 것인바, 이를 반영하면 위 상여처분액 중 2011년도 22,608,580원, 2012년도 7,078,450원, 2013년도 1,641,925,400원만 남게 된다. 한편 을 제10호증, 을 제32호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 대표이사 이○○에 대한 위 상여처분액 중 2013년도 1,641,925,401원은 원고가2013년도에 주식회사 □□라는 업체로부터 위 금액 상당의 허위 세금계산서를 수취하였다는 사정에 기하여 이와 관련한 소득의 사외유출이 발생하였다고 보아 상여처분한 부분인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 부분은 특별한 사정이 없는 한 정당한 상여처분액이라고 할 것이다. 다) 원고의 이 부분 주장은 일부 이유 있다. 4) 취소의 범위 가) 을 제32호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 위 1)항 및 2)항의 결론에 따라이 사건 쟁점품목을 포함하여 이 사건 프로그램에 입력된 매출 및 매출원가 내역을 모두 신빙성 있다고 보아 이에 근거하여 쟁점사업연도 법인세액을 산출하면 쟁점사업연도 법인세액(가산세 포함)은 2011년도 267,983,492원, 2012년도 383,842,887원, 2013년도 395,374,396원인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 각 부과처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 나) 또한 위 3)항의 결론에 따르면 이 사건 각 소득금액통지 중 2011년도 소득금액 22,608,588원, 2012년도 소득금액 7,078,455원, 2013년도 소득금액 1,641,925,401원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2016구합53245

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법인세법 시행령 제104조 제106조

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