+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

인천지방법원 2016.06.23 선고 2015구합51051 판결

청구법인이 법령개정으로 중소기업에서 제외되어 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부 등[국패] 2012 사업연도에도 중소기업 유예기간의 적용을 받아 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30.대통령령 제22583호로 개정된 것)의 시행으로 원고에게 적용되던 중소기업 유예기간규정이 실효되었음을 전제로 한 처분은 위법함

사 건	인천지방법원-2015-구합-51051 (2016.06.23)
원 고	세OOO 주식회사
피 고	OO세무서장
변 론 종 결
판 결 선 고	2016.06.23.

【주문】 1. 피고가 2014. 10. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 법인세 741,664,160원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 이 유1. 처분의 경위 가. 중소기업 유예기간의 적용 원고는 1986. 2. 27. 건설업 등을 목적으로 설립된 법인으로 2009 사업연도에 매출액이 최초로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령[2009. 2. 4. 대통령령제21307호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것)’이라 한다] 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 같은 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2009 사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2010, 2011, 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었다. 나. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 1) 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 ㈐목을 추가하여 ‘관계회사’(중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 참조)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것‘을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 ㈐목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행하도록 하였다. 2) 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서,제2조 제1항 제3호 전단에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈎목부터 ㈐목까지의 규정에 적합할 것’을 규정하면서, 후단에서 “이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈐목을 적용할 때 ‘중소기업기본법 시행령 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는’은 ‘조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다”고 규정하여, 결국 ‘관계회사에 속하는 기업의 경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의2에 따라 산정한 상시근로자수등이 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이 아닐 것’을 중소기업의 요건으로 규정하였고, 같은 시행령 제2조 제2항 단서에서 관계회사의 상시 근로자수등이 중소기업 제외기준을 충족하는 경우에는 제외기준 충족 당해 연도와 그후 3년 동안 적용해주는 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하였으며, 위 시행령 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단[중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈐목의 부분만 해당한다]의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다. 다. 관계회사의 중소기업 제외기준 충족 외부감사대상기업인 원고는 2011. 12. 31. 무렵 □□홀딩스 주식회사(이하‘□□홀딩스’라 한다)의 주식 30%를 보유하고 있었고, 원고의 주식 50%를 소유하고 있는 최대주주인 김▨▨는 □□홀딩스의 주식 40%를, 김▨▨의 형제인 김◇◇는 □□홀딩스의 주식 30%를 각 보유하고 있었던바, 원고와 □□홀딩스는 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되어 2012.1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 중소기업기본법 시행령’이라 한다)의 관계기업에 해당하였는데, 원고와 □□홀딩스의 2009 내지 2012 사업연도 매출액 합계는 각 1,000억 원 이상이다. 라. 법인세 신고 원고는 2012 사업연도에 결손이 발생하자 2013. 3.경 피고에게 구 법인세법(2013. 1.1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제72조 제1항에 기하여 원고가 구 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당함을 이유로‘결손금 소급공제에 의한 환급’으로서 2011 사업연도에 납부한 법인세 638,969,010원의 환급을 신청하여 2013. 4. 9. 피고로부터 동액을 환급받았다. 마. 부과처분 피고는 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호에 따라 원고가 관계기업 중소기업 제외기준을 충족하여 중소기업에 해당하지 않고 같은 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 중소기업 유예기간의 적용도 받을 수 없다고 판단하고, 2014. 10. 7. 구 법인세법 제75조 제5항 제2호에 근거하여 원고가 환급받은 법인세액에 그에 대한 이자상당액을 가산한 741,664,160원을 해당 결손금이 발생한 2012 사업연도 법인세로서 경정 고지하는 처분을 하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다). 바. 전심절차 원고는 2014. 10. 16. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 이는 2015. 3. 9. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 경우 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 원고 주장의 요지 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다. ① 구 법인세법 제72조 제1항, 제25조 제1항 제1호, 법인세법 시행령 제39조 제1항, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조가 정한 ‘관계회사의 중소기업 제외기준 충족 여부’는 개정 중소기업기본법 시행령 제3조의2에서 정한 지배 또는 종속기업 해당여부와 마찬가지로 직전 사업연도 말일인 2011. 12. 31.을 기준으로 판단하여야 하는데, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 추가된 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 규정을 준용하도록 개정한 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령제22583호로 개정된 것) 제2조 제1항 제3호 전단은 그 부칙 제1조에 의하여 2012. 1. 1.부터 시행되므로, 원고가 2012 사업연도에 중소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 위 개정 규정이 정한 관계회사의 중소기업 제외기준이 적용되지 아니한다. 그럼에도 원고가 2012 사업연도에 관계회사의 중소기업 제외기준을 충족하여 중소기업에 해당하지 않는다고 본 피고의 이 사건 처분은 위법하다. ② □□홀딩스는 2010. 12. 16. 당시 영위하고 있던 수력발전에 필요한 지장물 일체를 양도하고 2010. 12. 10. 경기도지사에게 ‘▽▽강댐 건설사업으로 인한 전력수급계약폐지 신청’을 하는 등 대외적으로 폐업의사를 밝혔고, 2011 사업연도 매출액18,383,982원은 안전상 관리를 하던 중 발생한 것으로서 영업외 수익에 불과하였는바,관계기업 해당여부를 정하는 직전 사업연도 말일인 2011. 12. 31.을 기준으로 영리 목적을 가지고 계속적으로 활동하는 기업에 해당하지 아니하였다. 그러므로 □□홀딩스가 ‘관계기업’에 해당함을 전제로 원고가 더 이상 중소기업에 해당하지 아니한다고 본 이 사건 처분은 위법하다. ③ 2009 사업연도에도 원고는 □□홀딩스의 관계회사에 해당하였고 원고의 2009 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과함에 따라 이미 2009년도부터 원고와 □□홀딩스의 합산 매출액이 1,000억 원을 초과하는 상태에 있었음에도 구 조세특례제한법 시행령[2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정 되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것)’이라 한다] 제2조 제2항 본문에 의하여 2009 사업연도부터 중소기업 유예기간의 적용을 받고 있었을 뿐 아니라 2012 사업연도까지 유예기간의 적용이 예정되어 있었다. 그런데 중소기업기본법 시행령이 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호 다목 규정이 추가되고 조세특례제한법 시행령도 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되어 관계회사의 중소기업 제외기준을 마련하면서 원고로서는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 중소기업 유예기간의 적용을 받을 수 없게 되었는바, 이와 같이 사후적인 관계법령 개정으로 유예기간의 적용이 배제된다고 해석함은 신뢰보호 및 신의성실의 원칙에 비추어 부당하다. ④ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것,이하 ‘구 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제3조 제2호 다목은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 추가되었고, 위 규정이 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)에서 2012. 1. 1.부터 시행됨에 따라 원고가 새로이 중소기업에 해당하지 않게 된 것이므로, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 원고는 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업에 해당한다고 보아야 한다. 나. 관계법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 원고가 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항의 ‘중소기업’에 해당하는지 여부 구 법인세법 제72조 제1항은 중소기업에 대한 결손금 소급 공제에 따른 환급에 관하여 규정하고, 같은 법 제25조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제39조 제1항의 위임에 따라 개정 조세특례제한법 시행령 제2조는 위 중소기업의 범위를 구체화하여 제1항에서‘건설업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업’으로 규정하면서 제3호로 ‘실질적인 독립성이 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 들고 있다. 그리고 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 단서, 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 의하면, 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 ‘관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하지 않을 것’을 중소기업에 해당하기 위한 요건으로 규정하고 있다. 그런데 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 매년 12. 31. 결산하는 법인으로, 원고의 2012 사업연도 법인세 납부의무가 2012. 12. 31.성립하는 사실, 2012. 12. 31. 당시 원고와 □□홀딩스는 중소기업기본법 시행령이 정한 관계기업에 해당하는 사실, 원고와 □□홀딩스의 2009 내지 2012 사업연도 매출액의 합계가 앞서 [표1]에서 본 바와 같이 1,000억 원을 초과하는 사실이 인정된다. 따라서 2012 사업연도 법인세 납부의무 성립 당시 원고는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 관계회사의 중소기업 제외기준을 충족함에 따라 결손금 소급공제에 따른 환급을 받을 수 있는 ‘중소기업’에 해당하지 않는다. 원고의 위 ①, ② 주장은 이유 없다. 2) 원고가 개정 조세특례제한법 제2조 제2항 단서에 따른 유예기간 적용제외 대상인지 여부 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 단서의 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있는바, 원고의 경우 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 의하여 유예기간의 적용을 받을 수 없는지 여부가 문제된다. 살피건대, 앞서 본 인정사실과 관계법령의 내용 및 형식 등에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 및 개정 조세특례제한법 시행령에서 중소기업 요건으로 관계회사 기준을 도입함에 따라 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 ‘중소기업’에 해당하지 않는다 하더라도, 이미 2009 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것) 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 원고에게 부여된 기존의 유예기간은 실효되지 않는다고 봄이 타당하다. ⑴ 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것) 제2조 제2항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도 와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다’라고 규정하고 있다.그러므로 위 규정의 문언에 의하면, 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간 동안은 조세감면 요건인 중소기업에 해당하는지여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 아니하고 중소기업으로 간주하는 것으로 해석함이 상당하고, 이러한 해석이 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수 없다. ⑵ 또한 위 관계법령의 문언 및 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간 적용 제한 사유에서 제외하고 있어, 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간을 부여할 것인지 여부는 입법 정책의 문제인 것으로 보이는 점, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 실질적 독립성 요건으로 관계기업 기준을 도입하면서 부칙 제2조에서개정 시행령 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011. 12. 31.까지 중소기업으로 보되, 다만 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외한다고 규정하고 있으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 부칙은 중소기업기본법 시행령의 관계기업 기준을 중소기업의 요건으로 규정하면서도 종전에 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효 여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않은 점을 고려하면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 ‘개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문에 해당하는 중소기업이 관계기업에 속하는 기업이어서 관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함에 따라 비로소 제2조 제1항 본문의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다’는 의미로 해석함이 타당하고, 그 문언의 객관적인 의미를 벗어나서‘개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 아닌 기업으로서 같은 조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이 관계기업에 속하는 기업이어서 관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하는 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다’는 의미로 해석하여 이미 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 규정으로 볼 것은 아니다. ⑶ 더욱이 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 ‘유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’고 명시적으로 규정하고 있는바, 이러한 규정에 비추어 보더라도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단의 규정은 원고와 같이 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 부여된 유예기간을 실효시키는 규정으로 보기는 어렵다(설사 이와 달리 해석하더라도, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로, 언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 그 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리인 것으로 보여, 이러한 점에서도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단을 유예기간 실효규정으로 해석하기는 어렵다. 실제로 유예기간 실효규정인 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 ‘합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’라고 규정하여 이미 부여된 유예기간이 실효되는 시점을 분명히 하고 있다). 3) 소결론 따라서 원고는 2012 사업연도에도 중소기업 유예기간의 적용을 받아 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)의 시행으로 원고에게 적용되던 중소기업 유예기간규정이 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다(원고의 위 ③ 주장을받아들이는 이상 위 ④ 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 아니한다). 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관 계 법 령 ■ 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것) 제25조(접대비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 1천200만원(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 1천800만원)에 해당 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액 제72조(결손금 소급 공제에 따른 환급) ① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다. ② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다. ③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다. ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호의경우에는 감소된 결손금에 상당하는 환급세액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. 1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우 2. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우 ⑥ 결손금의 소급 공제에 따른 환급세액의 계산에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 법인세법 시행령 제39조(중소기업의 범위 등) ① 법 제25조 제1항 제1호에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 「조세특례제한법 시행령」 제2조의 규정에 의한 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. ② 법 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 월수는 역에 따라 계산하되, 1월 미만의 일수는 1월로 한다. ■ 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 …(중 략)… 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 별표 1과 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙 <제21307호, 2009. 2. 4.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다. ■ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 …(중 략)… 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접 소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 제1호에 따른 기준을 초과하는 은 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목・나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙 <제22583호, 2010. 12. 30.> 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, …(중 략)… 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기 업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월1일부터 시행한다. ■ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2013. 2. 15. 대통 령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 …(중 략)… 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 은 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. ■ 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 …(중 략)… 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준( 평균매출액등 은 매출액 으로 보며, 이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업 은 매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업 으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ■ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. 관계회사 란 개인 또는 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 외부감사대상기업 이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다. 제3조 (중소기업의 범위) 「중소기업기본법」(이하 법 이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인 다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 상시근로자수등 이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 해당 사업연도 말일 현재 다른 기업을 다음 각호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 지배기업 이라 한다)과 그 다른 기업(이하 종속기업 이라 한다)의 관계를 말한다. 1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 주식등 이라 한다)의 100분의 50 이상을 소유하는 경우 가. 지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 최다출자자 라 한다) 나. 가목에 해당하는 자의 친족[배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다), 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말한다] 제7조의2(관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다. ③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 부칙 <대통령령 제21368호, 2009. 3. 25.> 제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월1일 2. 제3조 제1호 다목・라목 및 제9조 제3호의 개정규정: 2012년 1월 1일 ■ 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되어 2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. 관계기업 이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 외부감사대상기업 이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 「중소기업기본법」(이하 법 이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 상시근로자수등 이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 지배기업 이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 종속기업 이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다. 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다 출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 제7조의4(관계기업의 상시근로자수등의 산정) ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다. ③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. < 끝 >

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2015구합51051

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제2조 제5조

법인세법 시행령 제39조

업기본법 시행령 제3조

조세특례제한법 시행령 제2조

같은법 시행령 제1조

중소기업기본법 시행령 제2조 제3조 제7조