이유1.처분의경위가.원고는해상운송사업,항만운송사업등을영위하는법인으로,OO항을통한석회석해상수송을위하여OO지방해양항만청(이하‘항만청’이라한다)의구청사부지및인근배후지에하역기계설비인쉽로더(Shiploader)와석회석저장시설인싸이로(Silo,이하‘이사건싸이로’라한다)등(쉽로더와이사건싸이로를합쳐서‘이사건물류시설’이라한다)을설치하기로결정하고,항만청에아래와같은개요의‘OO항석회석물류시설조성공사(이하’이사건공사‘라한다)’의시행허가를신청하여,2011.3.18.항만청으로부터비관리청항만공사시행허가를받았다.나.항만청은이사건공사를허가하는과정에서항만청의구청사부지를원고가사용하는대신새로운청사를신축하여기부채납할것을허가조건을명시하였고,이에원고는청사이전및임시청사임차비용,청사신축비용등기부채납(이하‘이사건기부채납’이라한다)의이행을위한비용을지출하였다.다.이사건물류시설의설치비및이사건기부채납관련비용이구조세특례제한법(2010.12.27.법률제10406호로개정되기전의것,이하‘조세특례제한법’이라한다)제26조가규정하는임시투자세액공제의대상에포함되는지여부에관하여,원고는2009년내지2011년의법인세신고당시임시투자세액공제의대상에포함되지않는다는것을전제로법인세신고를하였다.라.원고는2013.3.12.피고에게이사건물류시설설치비및이사건기부채납관련비용을임시투자세액으로공제하여달라는취지의경정청구를하였다.마.피고는2013.5.9.이사건물류시설설치비에대한임시투자세액공제는허용하면서,이사건기부채납관련비용은임시투자세액공제대상에서제외하여,2010년법인세000원,2011년법인세000원에대한경정청구를거부하였고(이하‘이사건거부처분’이라한다.원고는2009년법인세에대한경정청구는하지않았다),이사건물류시설설치비에대한임시투자세액공제를허용함에따라2010년농어촌특별세과소신고가산세000원,2011년농어촌특별세과소신고가산세000원을부과하였다(이하‘이사건부과처분’이라하고,이사건거부처분과합쳐서‘이사건각처분’이라한다).바.원고는이사건각처분에불복하여2013.8.5.조세심판원에심판청구를하였으나조세심판원은2013.11.25.심판청구를기각하였고,원고는여기에불복하여2014.1.19.이사건소를제기하였다.인정근거:다툼없는사실,갑제1내지6호증의각기재,을제1내지4호증의각기재,변론전체의취지2.주장및판단가.원고의주장1)이사건거부처분에대한주장이사건기부채납관련비용은조세특례제한법및그시행령이정하고있는‘물류산업을영위하는내국인이기획재정부령으로정하는사업용자산에해당하는시설을새로이취득하여사업에사용하기위한투자’에해당한다.그럼에도불구하고피고는이사건거부처분을하였으니이는위법하다.2)이사건부과처분에대한주장이사건부과처분의근거가된구TAGLLS000국세기본법(2011.12.31.법률제11124호로개정되기전의것,이하‘국세기본법’이라한다)제47조의3TAGLLE은농어촌특별세에대해서도납부불성실가산세뿐만아니라신고불성실가산세까지규정하고있으나법령에대한연혁적인검토를해봤을때이는입법상의오류라고할것이고,원고가이사건부과처분과관련된농어촌특별세(이사건물류시설설치비에대한세액공제로인한것)를신고하지못한데에는정당한사유가있었다고할것이므로,결국이사건부과처분은위법하다.나.관계법령별지와같다.다.판단1)이사건거부처분에대한판단가)TAGLLS001조세특례제한법제26조TAGLLE제1항은“대통령령으로정하는투자를한금액의100분의10을초과하지아니하는범위에서...과세연도의소득세또는법인세에서공제한다.”라고규정하고있고,그위임을받은구조세특례제한법시행령(2010.12.30.대통령령제22583호로개정되기전의것,이하‘조세특례제한법시행령’이라한다)제23조제1항은“법제26조제1항에서‘대통령령으로정하는투자’란...물류산업...을영위하는내국인이...기획재정부령으로정하는사업용자산에해당하는시설을새로이취득하여사업에사용하기위한투자를말한다.”라고규정하고있으며,구TAGLLS002조세특례제한법시행규칙(2011.4.7.기획재정부령제204호로개정되기전의것,이하‘조세특례제한법시행규칙’이라한다)제14조TAGLLE본문은“영제23조제1항에서‘기획재정부령으로정하는사업용자산’이란제3조에따란사업용자산과다음각호의자산을말한다.”라고규정하면서,제2호에서“...물류산업을영위하는자가당해사업에직접사용하는사업용자산으로서별표3의유통산업합리화시설”을열거하고있고,별표3의8.항은“물품의보관・저장및반출을위한창고로서「건축법시행령」별표1제14호가목의창고시설(상품의보관・저장및반출이자동적으로이루어질수있도록시스템화된창고시설을포함한다)및물품의보관・저장및반출을위한탱크시설(지상또는지하에고정설치된것에한한다)”라고규정하고있다.나)　위각규정을종합하여보면,➀물류산업을영위하는자가,➁조세특례제한법시행규칙이정하는사업용자산에해당하는시설을,➂새로이취득하여자신의물류사업에사용하기위한투자를하는경우에는,그투자금액중일정부분이임시투자세액공제의대상이되는것으로해석되는바,원고가물류산업의일종인해상운송사업,항만운송사업을영위하고있는사실은앞서본바와같고,이사건싸이로는TAGLLS003조세특례제한법시행규칙제14조TAGLLE제2호,별표38.항에서정하고있는‘물품의보관・저장및반출을위한창고또는탱크시설’에해당한다고할것이므로,이사건기부채납관련비용이임시투자세액공제의대상이되는지여부는이사건기부채납관련비용이“원고가이사건싸이로를새로이취득하여자신의물류사업에사용하기위하여지출한비용”에해당하는지여부에따라서결정된다고보아야한다.법인이임시투자세액공제를받을목적으로사업용자산에해당하는시설을새로이취득하기위해서관할관청으로부터인・허가를받아야하는경우그인・허가의부관으로건물을신축하여기부채납하라는부담이부가되었다면,기부채납된건물공사에소요된비용은인・허가와관련하여지출된비용으로서사업용자산을취득하여사업에사용하기위한투자비용에포함된다고보아야한다.살피건대,이사건기부채납이이사건공사의허가를위한조건으로부가되어있는사실은이미앞서본바와같고,그렇다면원고가이사건기부채납을이행하지아니하는경우원고는이사건물류시설의부지를확보할수없고결국이사건공사를진행할수없으므로,이사건기부채납관련비용은원고가이사건물류시설의부지를취득하기위한자본적지출즉“원고가이사건싸이로를취득하여자신의물류사업에사용하기위하여지출한비용”에해당한다고보는것이타당하다.따라서이사건기부채납관련비용은임시투자세액공제의대상이된다고해석해야하고,이와다른바탕에서이루어진이사건거부처분은위법하다.다)이에대하여피고는TAGLLS004조세특례제한법시행규칙제14조TAGLLE가“영제23조제1항에서‘기획재정부령으로정하는사업용자산’이란제3조에따른사업용자산...을말한다.”라고규정하고있고,TAGLLS005조세특례제한법시행규칙제3조TAGLLE에의하면이사건싸이로는사업용자산에서제외되므로,결국이사건싸이로를취득하기위한비용은임시투자세액공제의대상에서제외된다는취지로주장하나,이사건싸이로는TAGLLS006조세특례제한법시행규칙제3조TAGLLE가아니라조특법시행규칙제14조제2호,별표38.항에해당하는사업용자산에해당하여,그취득가액이아니라이를취득하여사업에사용하기위한투자액이공제대상이되는것이므로,피고의이와같은주장은받아들일수없다.2)이사건부과처분에대한판단구TAGLLS007국세기본법(2011.12.31.법률제11124호로개정되기전의것,이하‘국세기본법’이라한다)제47조의3TAGLLE제1항은과소신고가산세에관하여“납세자가법정신고기한까지세법에따른과세표준신고서를제출한경우로서신고한과세표준이세법에따라신고하여야할과세표준에미치지못하는경우에는과소신고한과세표준상당액이과세표준에서차지하는비율을산출세액에곱하여계산한금액의100분의10에상당하는금액을납부할세액에가산하거나환급받을세액에서공제한다.”라고규정하고있는데,세법상가산세는과세권의행사및조세채권의실현을용이하게하기위하여납세자가정당한이유없이법에규정된신고,납세등각종의무를위반한경우에법이정하는바에따라부과되는행정상제재로서,그의무의이행을납세의무자에게기대하는것이무리인사정이있을때등그의무해태를탓할수없는정당한사유가있는경우에는이를부과할수없다할것이다(TAGAREF000판결등참조).위법리에비추어이사건으로돌아와살펴보건대,앞서살펴본처분의경위및증거들에의하여인정할수있는다음과같은사정들을종합해보면,원고가2010,2011년의농어촌특별세를신고하지않았다고하더라도여기에는그의무의이행을원고에게기대하는것이무리인사정이있는경우로서그의무해태를탓할수없는정당한사유가있는경우라고보아야하고,그럼에도불구하고이루어진이사건부과처분은위법하다고해석된다.➀TAGLLS008농어촌특별세법제2조TAGLLE제1항제1호,제3조제1호는농어촌특별세납부의무를부담하는경우의하나로서‘조세특례제한법에따른세액공제를받는경우’를규정하고있고,원고는앞서살펴본바와같이이사건물류시설설치비가조세특례제한법에따른임시투자세액공제의대상이되는지여부에관한선례가없어,일응임시투자세액공제의대상이되지않는다는것을전제로2009내지2011년법인세신고・납부를하고이후에경정청구를통하여(2010년,2011년도분)피고로부터임시투자세액공제의대상으로인정을받았는데,이와같은방식의법인세신고・납부와경정청구는선례가없는사안에대하여납세의무자의입장에서취할수있는최선의방안으로정당하다고할것인바,여기서‘이사건물류시설설치비가임시투자세액공제의대상이되지않는다는것’과‘임시투자세액공제의대상에해당하여원고에게농어촌특별세납부의무가발생한다는것’은법령의해석상상호모순관계에있으므로,위와같은법인세신고・납부와동시에원고에게‘이사건물류시설설치비가위세액공제의대상이된다는것을전제로농어촌특별세역시신고・납부할것’을요구한다는것은법령의해석상상호모순되는두가지의의무를동시에이행할것을요구하는것으로이를기대하는것은무리라고보아야한다.➁TAGLLS009국세기본법제47조의3TAGLLE제1항과달리이후개정된구TAGLLS010국세기본법(2011.12.31.법률제11124호로개정된것)제47조의3TAGLLE제1항은농어촌특별세를과소신고가산세의대상에서제외하고있는바,이는다른법령에따른세액공제나세액감면등의혜택이있는경우납세의무가발생하는농어촌특별세에대해서도과소신고가산세를부과하게되면,앞서살펴본바와같이사실상서로모순되는두가지이상의의무를동시에요구하게되는불합리한결과가된다는점에대한반성적고려에따른입법으로보인다.따라서원고가2010년,2011년농어촌특별세는신고하지아니한것은그의무해태를탓할수없는정당한사유가있는경우에해당한다고보아야하고,이와다른전제를바탕으로이루어진이사건부과처분은결국위법하다.3.결론그렇다면,원고의청구는모두이유있으므로이를인용하기로하여주문과같이판결한다.