+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2014.01.09 선고 2013구합13174 판결

부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 결정 전에 결정이나 경정결정 가능함[국패] 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 결정 전이라도 결정이나 경정결정을 할 수 있음. 납세의무자인 법인이 거래상대방인 다른 법인의 주주에 해당한다고 하여 다른 법인을 특수관계자에 해당한다고 볼 수 없고 신주인수를 경제적 합리성이 결여된 비정상행위로 불 수 없어 이를 부당행위로 본 당초처분은 부당함

사 건	2013구합13174 법인세부과처분취소등
원 고	주식회사 ○○○○
피 고	○○세무서장 외 1
변 론 종 결	2013. 11. 21.
판 결 선 고	2014. 1. 9.

【주문】 1. 2011. 3. 4. 원고에 대하여, 가. 피고 ○○세무서장이 한 2005년 사업연도 귀속 법인세 4,422,103,650원의 부과 처분 중 2,543,797,800원을 초과하는 부분 나. 피고 ○○지방국세청장이 소득자를 박AA으로 하여 한 2005년 사업연도 귀속 5,646,084,360원의 소득금액변동통지 중 5,613,084,360원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다(아래에서 보는 바와 같이 피고 세무서장은 2011. 3. 4. 원고에게 2005년 사업연도 법인세 부과처분을 하였고，2011. 3. 31. 감액경정을 하였으므로 처분 일자는 2011. 3. 4.이다). 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고의 2005년 법인세 관련 손금산입 1) 원고는 1977. 8. 11. 설립되어 교육출판 문화사업, 도서, 학습지 제작 및 도소매 업 등을 영위하는 주식회사로, 박AA은 현재 원고의 사내이사이면서 원고 주식의 58% 를 소유하고 있고, 나머지 주식들도 박AA의 배우자, 부모, 형제들이 소유하고 있다. 주식회사 AAAA(이하 AAAA’라 한다)는 1992. 11. 25. 설립되어 도서 및 교육도서 출판 및 판매업 등을 영위하는 주식회사이다. 원고는 AAAA 주식 9,970주(99.79%)，박AA은 AAAA 주식 30주(0.3%)를 소유하고 있었다. 2) 박AA은 XXX 학습법 ○○수학 A~M 등급 24권 교재’(이하 ’이 사건 저작물’이라 한다)에 대하여 저작권자로 등록을 마쳤다. 원고는 1994. 12. 31. 박AA과 사이에 위 저작물에 대하여 출판권 설정계약을 체결하고, 그 무렵부터 저작물 사용대가를 지급하였는데, 2005년 사업연도에도 박AA에게 저작물 사용대가 5,613,084,360원을 지급하였다. 3) 다음과 같이，AAAA는 3회에 걸쳐 유상증자를 실시하였는데, 원고는 합 계 99억 원(액면가 10,000원，99만 주)을 투자하여 신주를 인수하였고, 증자 후 주식은 999,970주(=유상증자 전 9,970주+유상증자 후 990,000주，99.99%)이다(이하 ‘1，2, 3차 각 유상증자’，‘1，2, 3차 각 신주인수’로 특정한다.).

	일자	금원(원)
1차 유상증자	2002. 6. 14.	900,000,000
2차 유상증자	2003. 6. 27.	5,000,000,000
3차 유상증자	2004. 12. 31.	4,000,000,000
	합계	9,900,000,000

원고는 2005. 7. 12. 자회사인 주식회사 ○○컴퓨터(이하 ‘○○컴퓨터’라 한다)에 AAAA의 주식 전부를 1원에 양도하였고(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다)，AAAA는 2005. 11. 30. ○○컴퓨터를 흡수 합병하여 합병 등기를 마쳤다. 4) 원고는 2005. 10. 14. ○○회계법인에 컨설팅 용역을 의뢰하였고，용역대가로 2005. 11. 25. 계약금 6,600만 원，2005. 12. 31. 중도금 6,600만 원，2006. 2. 28. 잔금 9,680만 원 등 합계 2억 2,880만 원을 지급하였다(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다). 5) 원고는 2005년 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서，① 이 사건 저작물 사용대가 5,613,084,360원，② 이 사건 주식양도에 따른 유가증권처분손실 9,999,700,000원(=999,970주×10,000원)，③ 이 사건 용역계약에 따라 삼정회계법인에 2005년 지급한 계약금 및 중도금 합계 1억 3,200만 원을 손금에 산입하였다. 나. 법인세 통합조사 및 과세 처분 1) 피고 ○○지방국세청장은 원고에 대하여 2005년 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고，2010. 7. 6. 원고에게，① 이 사건 저작물의 저작자는 원고이므로 박AA에게 지급한 이 사건 저작물 사용대가 5,613,084,360원을 손금부인하고, 이를 박AA에 대한 상여로 소득처분하며，② 2, 3차 신주인수는 원고가 자회사 차입금에 대한 지급보증채무를 소멸시킬 목적으로 이루어진 것으로서 사회통념이나 상관행에 비추어 합리성이 인정되지 않는다며 2, 3차 신주인수 후 유가증권양도에 따라 발생한 유가증권 처분손실 90억 원을 손금부인하며，③ 이 사건 용역계약은 그 내용에 비춰 AAAA와 박AA이 부담하여야 할 비용으로 손금부인하고，2005년 귀속 1억 3,200만 원 중 9,900만 원은 AAAA에 대한 기타 사외유출, 나머지 3,300만 원은 박AA에 대한 상여로 소득처분할 예정 이 라고 세무조사결과를 통지 하였다. 2) 원고는 2010. 7. 29. 국세청장에게 과세전적부심사청구를 하였다. 3) 위 세무조사결과에 따라 2011. 3. 4. 원고에게, 피고 ○○세무서장은 2005년 사업연도 법인세 6,686,300,144원을 부과하고, 피고 ○○지방국세청장은 박AA에 대한 상여 합계 5,646,084,360원(=이 사건 저작물 관련 5,613,084,360원 + 이 사건 용역계약 관련 3,300만 원)의 소득금액변동통지를 하였다, 4) 국세청장은 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 2011. 3. 22. 2차 신주인수는 자회사의 경영정상화 등을 위한 정상적인 투자금액이므로 손금에 산입하는 것이 타당하다고 일부채택 결정을 하였다. 이에 따라 피고 ○○세무서장은 2011. 3. 31. 원고의 2005년 사업연도 법인세 중 2,264,196,490원을 감액 경정하였다(남은 세액은 4,422,103,650원임). 다. 심사청구 및 제소 1) 원고는 이에 불복하여 감사원장에게 심사청구를 하였고，2013. 2. 7. 감사원장으로부터 ’이 사건 저작물의 저작권 귀속자를 재조사한 후 그 결과에 따라 소득금액변동통지 금액의 감액 여부를 결정하고 법인세 과세표준과 세액을 결정하여야 하고, 나머지 청구는 기각한다는 일부 재조사결정을 받았다. 2) 원고는 2013. 5. 16. 이 사건 저작물 관련 부분을 제외하고 2005년 사업연도 법인세 4,422，103,650원 중 3차 유상증자와 관련된 법인세 1，878,305,850원(2,543,797,800 원을 초과하는 부분) 및 소득금액 변동통지 5,646,084,360원 중 이 사건 용역계약 관련 3,300만 원(5,613,084,360원을 초과하는 부분)에 대하여만 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다(이하 원고가 처분의 취소를 구하는 부분만을 ’이 사건 법인세 부과처분’, ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다). [인정근거] 갑 제1 내지 6, 9, 17호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 법인세 부과처분과 소득금액변동통지의 적법 여부 가. 원고의 주장 ① 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 국세기본법이 정하고 있는 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전 과세표준 및 세액을 결정할 수 있는 경우에 해당하지 않으므로 원고의 사전권리구제 기회를 박탈하여 절차적으로 위법하다. ② 3차 신주인수에 따른 유가증권 처분손실은 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호의 부당행위계산부인 유형에 해당하지 않고, 해당하더라도 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성이 인정되어 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인대상이 될 수 없다. 또한 ③ 이 사건 용역계약에 따른 용역 대가는 원고와 업무관련성이 인정되고, 피고는 합리적 근거 없이 비용분담을 정하였다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 위법하다. 나. 관계 법령 별지. 관계 법령 기재와 같다. 다. 인정사실 1) AAAA는 1992. 11. 25. 설립된 이후 주로 단행본 인쇄 및 판매를 하던 중 2001년경부터 전집 및 종합학습지 사업을 시작하였다. 2) AAAA는 전집 및 종합학습지 사업과 관련하여 개발비 등으로 많은 비용이 소요되면서 차입금이 170억 원 정도에 이르렸고, 원고는 모회사로서 정기예금을 담보로 제공하거나 차입금 지급 채무를 보증하였다. 1 내지 3차 각 신주인수에 따라 원 고가 납입한 금원은 AAAA의 차입금 상환 및 운영자금 등으로 사용되었다. 3) 원고와 AAAA는 2003. 6.경 전집 및 종합학습지 사업의 개발부분을 원고 에 양도하고, 고용승계 등을 검토하기 위하여 경영합리화 PLAN을 수립하였다. 이에 따라 AAAA는 원고와 사이에，2003. 7. 4. 원고에게 AAAA의 사업 내용 중 종합학습지 및 전집상품의 지적재산권과 관련된 제반권리를 양도하기로 하는 자산양수도 계약을，2003. 8. 1. 원고로부터 종합학습지 및 전집을 일정한 가격에 매수하기로 하는 출판물 거래계약을 각 체결하였다. 4) 원고는 AAAA의 지속적인 경영적자에 따른 재무구조 개선 및 금융기관의 차입금 연장을 위하여 2차 유상증자를 하고, 추가적으로 적자 구조를 회피하기 위하여 AAAA와 원고의 합병 등을 검토하기도 하였으나 위와 같이 자산 양수도계약만 체결하였다. 5) AAAA는 원고와 사이에，2004. 5. 10. 원고에게 장비 및 비품 등을 양도하기로 하는 자산양수도계약을，2004. 5. 24. 원고에게 ‘전집과 XXX 유아용 교재’ 재고를 양도하기로 하는 제품양수도계약을 각 체결하였다. 한편 2004 9. 1. AAAA의 직원 19명 중 17명은 퇴직하였고，1명은 계열회사로 전출하였다. 5) 원고는 2005. 5. 3.자 내부보고서를 통해, AAAA의 잔존 차입금 70억 원 에 대해 유상증자 후 차입금을 상환하고, 원고의 일부 수익사업을 양수하거나, 다른 계 열사와 흡수합병하는 등 AAAA의 이월결손금 활용방안을 검토하였다 . 6) ○○회계법인이 2005. 9.경 이 사건 용역계약 체결 전 작성한 자료에 따르면， 용역계약의 목적은 사업재편, 차세대 리더쉽, 해외사업관리이고, 구체적인 검토 내용은 사전상속방안 검토, 부동산부문 분할방안 검토, 기업공개방안 검토, 자회사 이월결손금 활용 방안검토, 지주회사 전환필요성 검토, 최적 사전상속, 사업재편방안 도출, 사전상속, 사업재편 Road Map 설정 등으로 되어 있다. 7) 원고는 2005. 10. 14. ○○회계법인과 사이에 이 사건 용역계약을 체결 하였는 데, 용역의 범위는 ’기업공개방안 도출, 지주회사로의 전환필요성 검토, 최적의 사업구조 개편방안 도출, 기타 상기 방안과 관련하여 원고가 요청하는 기타 사항 검토’이고, 용역 결과는 2005. 11. 25.까지 용역 결과에 대한 중간보고서, 2006. 1. 6.까지 최종보고서를 제출하는 방식으로 보고하며, 용역 기간은 2005. 10. 17.부터 2006. 1. 6.까지 12주간이며, 용역 보수는 2억 원(부가가치세, 출장경비, 인쇄비 별도)으로 하되 계약 체결일부터 7일 이내에 착수금 6,000만 원, 중간보고서 제출을 조건으로 중도금 6,000만 원을 지급하고, 나머지 잔금 8,000만 원은 최종 보고서에 대한 원고의 확인을 조건으로 계약 종료일부터 7일 이내에 지급하기로 정하였다. 8) AAAA는 2005. 9. 30.경 ○○컴퓨터 흡수 합병(안)을 기안하고，2005. 10. 5. ○○ 컴퓨터와 사이에 ○○ 컴퓨터를 흡수합병하기로 합병계약을 체결하였다. 9) 원고가 ○○회계법인의 검토결과를 반영하여 진행사항을 기재한 내부 서류 내 용은 다음과 같다(A1은 박AA，A1'는 박AA의 자녀임).

	내용	수수료	비고
2005. 7. 12.	□ 주식양수도 ① 원고와 A1이 AAAA 주식을 ○○컴퓨터에 양도 ② AAAA 자본잠식 상태로 주식가액 0원으로 평가		양도대가 (각 1원)
2005. 11. 25.	□ 기업공개 방안 수립에 따른 수수료 지급(계약금)	66백만원	수수료
2005. 11. 30.	□ 역합병(이월결손금 세액가면 효과) ① AAAA(존속법인), ○○컴퓨터(소멸법인) 합병 ② 합병대가 AAAA 신주 2만주 □주식양수도 ① A1, A1'가 AAAA 주식 60%를 ㈜○○○미디어에 양도 ② A1(@566,1368,000주), A1'(@536,1364,000주)		합병대가(신주2만주) 양도대가 (67.9억)
2005. 12. 31.	□ 기업공개 방안 수립에 따른 수수료 지급(중도금)	66백만원	수수료
2006. 2. 28.	□ 기업공개 방안 수립에 따른 수수료 지급(잔금)	96.8백만원	수수료
2006. 8. 11.	□ 주식양수도 ① A1, A1'가 ㈜○○유통 주식 38.5%를 AAAA에 양도 ② A1(@835,63411,058주), A1'(@835,7344,367주)		양도대가 (128.9억)
2007. 12. 28.	□ 사업재편(BBBBB 임대→분양)에 따른 재진단	22백만원	수수료
2008. 3. 13.	□ ○○방송 분할시 세무자문료 지급	23.1백만원	수수료
	수수료 소계(○○회계법인)	273.9백만원

10) AAAA는 2001년경 전집 및 종합학습지 사업부분을 시작하기 이전에 단 행본 사업을 주로 하고 있었는데, 단행본 매출액은 2004년 1,016,000,000원，2005년 1,195,000,000원이며, ○○컴퓨터와 합병한 이후인 2006년에도 2,288,000,000원에 이른다. 또한，AAAA는 2005. 11. 1. 단행본 사업을 위하여 신규인력을 5명 채용하였다. 11) □□회계법인은 원고에 대한 ‘2004년도 회계감사 결과보고서’에서，AAA의 잔존 차입금 70억 원에 대한 지급보증손실과 관련하여, 손실 발생가능성이 높을 경우 재무제표상 비용과 부채로 계상하여야 하나, 회사측 담당자로부터 AAAA의 2005년 현금흐름 전망자료를 징구하여 검토한 결과 AAAA의 잉여현금이 10억여 원에 이를 것으로 예상되므로 상당기간 동안 AAAA 차입금의 대위변제가 이루어지지 않을 것이라는 증거가 있다는 이유로 지급보증충당금을 계상하지 않았다.

구분

금액(백만원)

수입 (매출)

지출 (원가)

지출 (급여)

지출 (이자)

총 잉여현금

1.910

(-) 573

(-)24

(-)300

1,013

[인정근거] 갑 제6 내지 8호증，을 제4 내지 23호증의 각 기재，변론 전체의 취지 라. 절차적 위법 사유의 존부에 관한 판단 1) 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 경우를 규정하고, 제2항은 제3호는 그 예외로서 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 규정하며, 제3항은 과세전적부심사청구를 받은 세무서장 등은 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하도록 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24573호로 개정되기 전의 것) 제63조의 14 제4항은 과세전적부심사청구를 받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대하 여 구 국세기본법 제81조의15 제3항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다고 규정하면서, 단서에서 국세기본법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 않다고 예외를 규정하고 있다. 살피건대, 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조). 따라서 위 과세전적부심사 관련 법령은 ’세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에는 과세전적부심사 청구 자체가 허용되지 않는다는 취지로 해석 될 뿐, 과세예고통지가 있기만 하면 과세전적부심사가 허용되지 않는 경우가 아닌 한 그 결정 전에 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 할 수 없다는 규정으로 볼 수 는 없다. 따라서 이러한 과세전적부심사의 취지 및 관련 규정의 체계에 비춰보면，구 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에 해당하지 않아 과세전적부심사를 청구하는 경우 세무서장 등은 원칙적으로 과세전적부심사 결정 전까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정 결정을 유보하여야 하지만 국세청장이 30일 이내에 청구인에게 결정을 통지하지 않고 있는 동안 국세부과 제척기간이 임박하여 위 제3호와 마찬가지로 ‘국세부과 제척기간 의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우’에는 과세전적부심사 결정 전이라도 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 할 수 있다고 해석하여야 한다. 2) 원고는 2010, 7. 6.경 세무조사결과를 통지받고，2010. 7. 29. 국세청장에게 과 세전적부심사청구를 하였음에도 2011. 3. 22.에야 비로소 결정을 받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 한편 2005년 사업연도 법인세에 관하여 납세의무 있는 내국법인은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내인 2006. 3. 31.까지 2005년 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 신고하여야 하므로(법인세법 제60조 참조) 2005년 사업연도 법인세 부과처분의 제척기간은 특별한 사정이 없는 한 2011. 3. 31.까지이다. 따라서 피고들이 과세전적부심사 결정이 내려지지 않은 채 국세부과 제척기간 만료 일이 임박한 2011. 3. 4. 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지를 한 것은 법령에서 정하고 있는 예외적인 사유에 해당하고, 원고의 사전권리구제 기회를 박탈한 것도 아니어서 위 각 처분에 절차적 위법 사유가 있다고 할 수 없다. 라. 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단 1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ’법인세 법’이라고만 한다) 제52조 제1항은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2005, 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전 의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제87조 제1항은 “법 제52조 제1항에서 ’대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.”고 규정하면서 그 각 호에서 ‘주주 등(소액주주를 제외한다)과 그 친족(제2호)’ 등 당해 법인과 일정한 관계에 있는 법인 및 개인을 특정하여 열거하고 있다. 위와 같이 법인세법 제52조 제1항은 납세의무자인 법인이 특수관계자와 한 거래 또는 그로 인한 소득금액의 계산을 부당행위계산부인의 대상으로 규정하면서 특수관계자의 범위를 대통령령에 위임하고, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제87조 제1항은 납세의무자인 법인과 같은 항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 특수관계자로 규정하고 있으므로, 문언상 납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그와 위 각 호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다. 이와 달리 납세의무자인 법인과 거래를 한 상대방을 기준으로 하여 납세의무자인 법인이 위 각 호의 1의 관계에 있는 경우에 그 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 위 시행령 조항의 문언에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2011. 7. 21 선고 2008두150 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 납세의무자인 법인이 그 거래상대방인 다른 법인의 주주에 해당한다고 하여 다른 법인을 시행령 제87조 제1항 제2호의 5 특수관계자에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1832 판결 참조). 이와 같은 법리에 따라 살피건대, 원고는 총발행주식의 99,79%를 소유하고 있던 자회사인 AAAA의 각 유상증자에 참여하였는데, AAAA가 원고의 주주에 해당한다거나 다른 특수관계자에 해당한다는 점에 대한 증명이 없는 이상, 원고가 AAAA의 주주라는 사정만으로는 AAAA가 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호의 특수관계자에 해당한다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 이 사건 법인세 부과처분은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 위법하다. 2) 3차 유상증자가 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 본다. 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약 으로 인정되고, 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면 미달발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면 가액대로 인수할 수밖에 없다고 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수는 투자자산의 매입에 해당하므로 신주발행 당시 발행회사의 자산상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 부당행위 부인의 대상이 되는 고가매입 여부를 따져 보아야 하는바, 손익거래뿐 아니라 신주인수행위와 같은 자본거래도 소득금액에 영향을 미치는 한 그 행위가 부당행위계산의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하였다고 볼 수 있는 경우에는 부인의 대상이 된다고 할 것이다(대법 원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 참조). 3) 원고의 3차 신주인수가 경제적 합리성이 없어 부당행위에 해당하는지 본다. 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88 조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다( 대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 참조). 이러한 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면，3차 신주인수가 경제적 합리성을 결여한 비정상적 행위라고 할 수는 없다. ① AAAA는 단행본 사업을 위주로 정상적인 영업을 하던 회사인데，2001년경부터 신규사업을 개시하면서 적자가 누적되어 원고와 공동으로 사업정상화 방안을 강구 하였고，2차 유상증자 이후 적자의 주요 원인이던 전집 및 종합학습지 부분만 원고에게 양도하고 전집 및 종합학습지의 판매 또는 단행본 사업만 유지하는 등 수익성 개선을 위하여 노력하였다. ② 원고는 3차 신주인수 이후에도，AAAA가 추가 유상증자를 통해 차입금을 상환하고 원고의 수익사업을 양수하거나 합병 등을 통해 이월결손금을 활용하는 등 AAAA의 정상화 방안을 검토하였고，3차 신주인수 당시 AAAA의 청산을 전제로 전체적인 계� 하에 유상증자 및 신주인수를 하였다고 보이지는 않는다. ③ AAAA는 3차 유상증자 이후에도 단행본과 관련된 매출이 있었고, 단행본 제 작을 위하여 외주가공비를 지출하였으며，2005. 11. 1. 신규인력 5명을 추가로 영입하 는 등 정상적인 영업활동을 하였다. 또한，AAAA가 ○○컴퓨터를 합병한 이후에 도 존속 회사에서 단행본 관련 출판 부분이 계속 유지되고 있다. ④ 감사보고서상 3차 유상증자 이후 AAAA의 2005년 현금흐름이 10억 1,300만 원 정도되어 상당기간 차입금의 대위변제가 이루어지지 않을 것이라는 평가를 받았다. 4) 요컨대 AAAA가 원고의 특수관계인으로 3차 신주인수가 부당행위임을 전제로 한 이 사건 법인세부과처분은 어느 모로 보나 위법하다. 마. 이 사건 소득금액변동통지에 관한 판단 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 이 사건 용역계약이 원 고와 관련이 없고，AAAA와 박AA 등이 그 비용을 부담하여야 한다고 단정할 수 없다. ① 이 사건 용역계약의 주체는 원고이고, 이 사건 용역계약에는 AAAA의 이월 결손금 활용방안을 포함한 사업구조개편, 기업공개방안 등도 포함되어 있다. 또한, 원고는 내부적으로 원고와 AAAA의 합병 등을 AAAA의 경영정상화 방안의 하나로 검토하기도 하여 이 사건 용역계약 관련 내용은 기존 내부 검토 내용을 포함하고, 원고와 관련하여 AAAA의 주식 양도 관련 내용도 포함되어 있어 이 사건 용역 계약 내용이 원고와 관련성이 없다고 할 수 없다. ② 이 사건 용역계약은 용역 전부에 관하여 부가가치세를 제외하고 2억 원 정도로 용 역대금을 정하고 이루어진 것이어서 2005년 지출 부분만 원고와 관련이 없고，2006년 지출한 잔금은 원고와 관련이 있다고 나눌 수 없다. ③ 피고는 2006년 지출한 잔금을 제외한 나머지 용역대금을 AAAA，○○컴퓨터,(주)○○○미디어，박AA이 균분하여 부담하여야 한다는 이유로 박AA의 부담 부분 을 3,300만 원(1억 3,200만 원+25%)으로 산정하였다. 그러나 박AA과 그 자녀가 (주)○○○미디어에 주식을 양도하였다고 하여 왜 위 회사가 그 비용을 부담하여야 하는지 근거가 명확하지 않는 등 세무조사 과정에서 원고 대표자가 제출한 확인서(을 제24호 증)만으로 위와 같은 피고의 계산이 합리적이라고 할 수 없고, 달리 비용을 합리적으로 배분하였다고 인정할 만한 증거가 없다. 3. 결론 그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. -

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2013구합13174

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

국세기본법 시행령 제63조

법인세법 시행령 제87조 제88조

상법 제417조

법인세법 제52조 제60조

국세기본법 제81조

[ 참조판례 ]