대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두27622 판결

대법원 2022. 3. 31. 선고 2017두31347 판결

갑 주식회사의 발행주식 전부를 소유한 미국법인 을 회사가 네덜란드에 병 회사를 설립한 다음 병 회사에 갑 회사 주식 전부를 현물출자하고 네덜란드에 있는 완전자회사인 정 회사에 병 회사 발행주식 전부를 양도하는 한편, 병 회사는 관할 세무서장에게 현물출자에 따른 주권양도와 관련한 증권거래세를 납부하였는데, 갑 회사가 유상감자를 실시한 후 병 회사에 감자대가와 배당금을 지급하고 원천징수 법인세 등을 납부한 데 대하여, 관할 세무서장이 위 감자대가 및 배당금이 실질적으로 을 회사에 귀속되었다며 을 회사의 감자 대상 주식 취득가액을 초과하는 금액을 의제배당소득으로 보고 이와 배당금에 대하여 갑 회사에 원천징수 법인세 등의 납부를 고지하자, 병 회사가 위 부과처분이 위 현물출자의 효력을 부인하는 것이라며 증권거래세의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나 통상의 경정청구기간을 지나 제기되었다는 이유로 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 위 감자대가 및 배당금의 실질귀속자는 을 회사이고 의제배당소득도 을 회사의 감자 대상 주식 취득가액을 기준으로 산정해야 하며, 현물출자에 따른 주권양도는 증권거래세의 과세대상에 해당하고, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호에서 정한 후발적 경정청구 사유가 없어 위 경청청구를 후발적 경정청구로서 적법하다고 볼 수 없다고 본 원심판단을 정당하다고 한 사례

대법원 2020. 11. 12. 선고 2017두36908 판결

갑 영국법인이 말레이시아에 설립된 을 회사로부터 병 은행의 주식을 양수하고 대금을 지급하면서 ‘대한민국과 말레이시아 정부 간 소득에 대한 조세의 이중과세회피 탈세방지를 위한 협약’에 따라 주식 양도로 발생한 양도차익에 대한 법인세를 원천징수하지 않았는데, 관할 세무서장이 갑 법인에 위 양도소득에 대한 원천징수분 소득세 징수처분 및 가산세 부과처분(1차 징수처분)을 하였다가 이를 취소하는 판결이 확정되자, 소멸시효 기간 5년이 지난 뒤에 위 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분을 한 사안에서, 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소이므로 근거 세목이 ‘소득세’인 1차 징수처분과 근거 세목이 ‘법인세’인 위 징수처분은 처분의 동일성이 인정되지 않아 1차 징수처분이나 응소행위 등은 위 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권의 소멸시효를 중단하는 ‘납세고지’에 해당하지 않는다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례

대법원 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결

[1] 부동산 양도로 인한 소득에 대하여 양도소득세와 종합소득세가 각각 부과된 경우, 어느 부과처분이 위법한 것인지 여부의 판별방법 및 나중의 부과처분이 이중과세로서 무효이거나 위법한 것인지 여부(소극)

대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결

[1] 어느 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우, 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 당해 사업연도에 귀속되었다는 사실에 대한 입증책임의 소재(=과세관청)

대법원 2022. 6. 30. 선고 2018두54323 판결

[1] 갑 주식회사가 을 주식회사를 흡수합병하였는데 을 회사가 보유하던 갑 회사의 발행 주식의 일부를 양도한 후 위 주식 양도금액을 익금에 산입하고 양도 당시의 그 장부가액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다가, 이후 갑 회사가 ‘위 주식의 양도는 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본거래로 봄이 상당하고 위 주식의 양도차익은 자본거래에 따른 이익으로서 익금산입 대상에서 제외된다.’는 취지로 주장하며 법인세 경정청구를 하였으나 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 피합병법인이 보유하던 합병법인 주식의 처분이익은 구 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 구 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례