+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

서울고등법원 2010.12.16 선고 2009누30471 판결

신주 저가인수에 따른 자금지원 행위의 부당행위계산부인 및 인수당시 주식의 시가평가 기준[일부패소] 특수관계 법인이 발행한 신주를 저가인수한 행위는 자금지원 행위로 부당행위부인 대상이며, 이때 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식평가액으로 하는 것임

【주문】 1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2006. 9. 29. 원고에 대하여 한 2002 사업년도 법인세 4,808,089,010원의 부과처분 중 3,007,819,460원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 항소를 기각한다. 3. 소송총비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 9. 29. 원고에 대하여 한 2002 사업년도 법인세 4,808,089,010원의 부과처분 중 53,630,690원을 초과하는 부분을 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 자회사들 발행의 신주인수 및 주금납입과 법인세신고 (1) [원고의 자회사들] AAAAA 주식회사(BBBBBB 주식회사였다가 2001. 6. 27. 그 상호를 변경하였다, 이하 'AAAAA'이라 한다)는 원고가 총 발행주식 160만 주 중 98.87%에 이르는 1,582,000주를 보유하는 비상장회사이고, 주식회사 CCCCCC(이하 'CCCCCC'이라 한다)은 원고가 총발행주식 906,000주 전부를 보유하고 있는 비상장회사이다(AAAAA과 CCCCCC을 합쳐 이하 '자회사들'이라 한다). (2) [자회사들의 유상증자와 원고의 단독 신주인수] 원고는 CCCCCC이 실시한 1주당 액면가 5천 원, 190만 주의 유상증자에 단독 참여하여 2001. 6. 21. 그 주식 전부를 인수하고 대금 95억 원을 납입한 후 2001 사업년도의 결산 시 그 전액을 투자 주식 감액손실로 회계처리하였다. 또한 원고는 AAAAA이 실시한 1주당 액면가 5천 원, 560만 주의 유상증자에 단독 참여하여 2001. 10. 8. 그 주식 전부를 인수하고 대금 280억 원을 출자한 후 2001 사업년도의 결산 시 그 전액을 투자주식 감액손실로 회계 처리하였다. 그러나 위 2001 사업년도의 법인세 세무조정을 할 때는 위 각 투자주식 감액손실을 손금산업하지는 않았다. (3) [신주인수대금에 대한 원고의 회계처리와 법인세 신고] 그러나 원고는 2002 사업년도의 결산 빛 이에 따른 세무조정을 하면서 위 투자주식 감액손실 전액을 손금 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다. 나. 피고의 과세처분 피고는 원고가 자회사들의 기발행주식이 사실상 0원으로 평가되었음에도 그 유상증자에 참여하여 1주당 액면가 5천 원에 신주를 인수한 것은 특수관계자로부터 자산의 시가를 초과 매입하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우로서 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제1호에 규정한 부당행위계산에 해당한다고 판단하였다. 이에 위 투자주식 감액손실을 손금산입한 원고의 계산을 부인하고, AAAAA에 대한 이익분여액을 101억 8,080만 원[= (인수가액 5천 원 - 증자대금 납입 직후 주당 가액 3,182원) x 560만 주]으로, CCCCCC에 대한 이익분여액을 67억 5,830만 원[= (인수가액 5,000원 - 증자대금 납입 직후 주당 가액 1,443원) x 190만 주]으로 각 평가하여 이를 손금불산입한 다음 2006. 9. 29. 원고에 대하여 2002 사업년도 귀속 법인세(가산세 포함) 7,496,688,040원의 부과처분을 하였다. 다. 전심 절차와 이 사건 처분 (1) [조세심판원의 일부 인용결정] 원고는 위 과세처분에 불복하여 2006. 12. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2008. 5. 14. 이익분여액 산정 기준이 되는 자산의 평가액에 관한 원고의 주장을 일부 받아들여 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였다. (2) [피고의 감액경정] 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 AAAAA에 대한 이익분여액을 77억 1,120만 원[= (인수가액 5천 원 - 증자대금 납입 직후 주당 가액 3,623원) x 560만 주]으로, CCCCCC에 대한 이익분여액을 34억 1,050만 원[= (인수가액 5천 원 - 증자대금 납입 직후 주당 가액 3,205원) x 190만 주]으로 각 평가하여 이를 손금불산입한 다음 원고의 2002 사업년도 귀속 법인세(가산세 포함)를 7,496,688,040원에서 4,808,089,010원으로 감경 하고 그 차액 2,688,599,030원을 환급하였다[2006. 9. 29.자 2002 사업년도 귀속 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 이와 같이 감경된 나머지 부분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다]. [인정 근거 : 갑 1, 2, 8, 11호증, 을 1, 2, 6, 7호증 가지번호 포함] 2. 관계 법령 [별지 1] 관계 법령과 같다. 3. 인정사실 가. AAAAA 신주의 인수경위 (1) 원고는 1996. 7. 19. 네덜란드법인인 XXXX XXXXX XXXX(・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 이하 'XXXX'라 한다)로부터 고체 폴리머 전해질 기술을 이전받아 라미네이트(laminate)를 이용하여 소형 2차 전지의 제조 ・ 판매엽 등을 영위할 목적으로 합작투자회사인 AAAAA을 설립하였고, AAAAA은 1997. 7. 8. 자본금을 80억 원 으로 증자하였는데, 원고는 AAAAA의 금융기관에 대한 차입금에 관하여 지급보증을 하였다. (2) AAAAA은 2000. 9.경부터 개발을 시도하던 소형 2차 전지 제품의 품질불량, 가격경쟁력 상실로 인한 상용화 실패와 계속된 결손 및 향후 불투명한 사업전망으로 인하여 차입금 상환능력을 상실하였다. (3) 이에 원고가 ZZ회계법인에 AAAAA 처리방안에 대한 자문을 의뢰하여 2001. 5. 2. 제출받은 보고서에서는, 과세위험 회피를 위해 AAAAA을 조기청산하는 방법이 아닌 일정기간 영업 후 청산하는 방법 등이 권고되었다. (4) AAAAA은 2001. 6. 22. 영업을 중단하였고, 원고는 같은 날 XXXX로 부터 기술 라이센스 및 지원은 계속 받되, 합작투자계약은 해지하기로 하고, 2001. 6. 27. XXXX 소유의 AAAAA 주식 203,000주를 1천주당 1원에 인수하여 406,000 주를 소유하게 되었다. (5) 원고는 2001. 7. 12. AAAAA을 제3자에게 매각하되, 다른 주주의 지분을 전부 양수하고 유상증자를 하여 원고의 지급보증채무를 해결하는 방침을 정한 후 2001. 9. 14. YY건설 주식회사 등 계열사 및 사주 일가 보유주식 1,176,000주를 주당 1원에 매수하여 개인 주주 보유분 18,000주(0.25%)를 제외하고 AAAAA의 총 주식 160만 주의 98.87%인 1,582,000주를 보유하게 되었다. (6) 원고는 AAAAA의 장기차입금 상환 184억 원, 고금리 단기차입금 상환 85억 원, 지급이자 및 장기차입금 조기상환에 따른 페널티, 급여 등의 운영자금 9억 원, 기타 2억 원 등 유상증자 금액을 280억 원으로 정하여 AAAAA으로 하여금 신주발행을 하게 한 후 2001. 10. 8. 단독으로 유상증자에 참여하여 신주 560만 주를 280억 원(주당 5천 원)에 인수하였다. (7) AAAAA은 2001. 10. 전직원 34명 중 장비매각과 청산진행을 위한 최소 한도의 직원 4명을 제외한 나머지 직원 30명을 모두 퇴사시킨 후 2001. 12. 26. 산업 기반기술개발사업 과제와 관련된 유 ・ 무형자산을 □□테크놀러지 주식회사에 모두 이전하는 등 2002. 5. 30.까지 AAAAA의 토지 ・ 건물 등 자산을 모두 매각한 다음 2002. 9. 9. 해산하고 2002. 12. 11. 청산종결하였다. (8) AAAAA은 운영자금 명목으로 11억 원만 남긴 채 원고로부터 지급받은 유상증자대금 280억 원으로 장기차입금 184억 원과 단기차입금 85억 원을 상환하는 등 위 유상증자대금과 보유자금으로 금융기관에 대한 404억 700만 원의 채무를 상환 하였고, 원고는 2002. 12. 10. AAAAA의 금융기관의 채무 50억 7,100만 원을 대위 변제하였다. 나. CCCCCC 신주의 인수경위 (1) 원고는 1993. 2. 1. 통합정보시스템과 네트워크의 구축, 업무용 패키지의 개발, 정보시스템 관리, 유지 등의 사업을 영위할 목적으로 CCCCCC을 설립하였는데, 원고는 CCCCCC의 금융기관에 대한 차입금에 관하여 지급보증을 하였다. (2) 그 후 CCCCCC이 차입금 지급이자 및 고임금 등으로 결손금이 누적되고 수익성 확보가 어려워져 차입금을 상환하지 못할 지경에 이르게 되자, 원고는 2001. 3.경 ZZ회계법인으로부터 'CCCCCC이 영엽을 지속하여도 기왕에 발생한 손실부분을 회복할 수 없고 계속적으로 적자가 예상된다면 청산이 불가피하나, 부채 등을 정리하기 위하여 부족한 자금을 신주발행으로 지원한 후 청산하는 것이 바람직할 것'이라는 자문을 받았다. (3) 원고는 2001. 5. 4. CCCCCC의 주식 175,000주를 매수하고, 2001. 6. 20. 허UU 등 사주 일가 개인 주식 194,000주를 1주당 7,500원에 유상감자하여 한일 정보통신의 총발행주식 906,000주 전부를 확보한 후 2001. 6. 21. CCCCCC으로 하여금 신주 190만 주를 발행하도록 하여 그 전부를 95억 원(주당 5,000원)에 인수하였다. (4) CCCCCC은 2001. 6. 22. 위 유상증자대금 합계 95억 원과 보유자금으로 금융기관에 대한 채무 100억 3백만 원을 변제하였다. (5) 원고는 2002. 6. 29. CCCCCC의 종업원이던 박SS에게 그 주식 2,806,000주(= 906,000주 + 190만 주) 전부를 1억 8천만 원(1주당 64원)에 양도하였다. 다. 피고의 부당행위계산부인액 산정방법과 산정액 (1) 피고는 원고의 자회사들에 대한 신주인수가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호, 제9호에 규정된 주식의 고가매입에 해당한다는 이유로 부당행위계산부인의 적용 대상으로 판단한 후 자회사들의 신주 1주당 액면가액과 주식인수대금 납입 직 의 주식가액의 차액에 원고가 인수한 주식 수를 곱하는 방법으로 부당행위계산 부인액을 산정하였다. (2) 그런데 주식인수대금 납입 직후의 주식가액은 시가, 즉 거래실례가격으로 평가하는 것이 원칙이지만, 피고는 그 시가가 불분명하다는 이유로 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제2항, 구 법인세법 시 행령 제89조 제2항 제2호, 구 상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속증여세법'이라 한다) 제63조 제1항 제l호 다목, 제3항, 그 시 행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17459호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조, 제55 조에 규정한 비상장주식에 대한 보충적 평가방법에 따라 아래 표 기재와 같이 1주당 순자산가치를 AAAAA은 3,623원으로, CCCCCC은 3,205원으로 평가하였다. 4. 처분의 적법 여부 가. 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부 (1) 원고의 주장 원고의 신주인수행위는 아래와 같은 이유로 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호, 제9호에 정한 부당행위계산에 해당하지 않는다. (가) 위 시행령 규정의 부당행위계산은 법인의 이익분여를 전제로 하는 것이므로 손익거래에 한정된다 할 것인데, 원고의 신주인수행위는 무상의 출자행위로서 유상의 매매거래로 볼 수 없다. 가사 유상의 매매거래로 본다고 하더라도, 모든 기존주주가 신주인수행위에 참여할 경우 유상증자액 만큼 기존주주의 주식가치가 증가할 뿐이고, 원고가 신주를 인수하였다고 하더라도 증자대금만큼 유가증권(투자자산)을 증가시키는 것이어서 손금에 산입할 것이 없으며, 자회사들이 원고로부터 증자대금을 받았다고 하더라도 이는 자본 또는 출자의 납입으로서 과세소득을 구성하지 아니하여 법인의 손익에 아무런 영향을 마치지 않는다. (나) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 신설로 신주인수행위와 같은 자본거래는 주주간에 이익분여가 있는 경우에만 부당행위계산에 해당할 뿐 이 사건과 같이 주주간의 이익분여가 없는 경우에는 부당행위계산에 해당하지 않는다. (다) 원고의 신주인수행위는 발행주식 수와 가액의 조정에 따라 고가매입에 해당되지 않으면서도 동일한 경제적 효과를 거둘 수 있음에도 주당 발행가격으로만 고가매입 여부를 판단하는 것은 실질과세원칙에 위배된다. (라) 상법에 따라 신주의 액면미달 발행이 엄격하게 제한되어 그 액면가액대로 신주를 인수할 수밖에 없는 현실에서 신주인수행위를 부당행위계산의 부인대상으로 해석하는 경우에는 특수관계자인 주주는 항상 주식 발행 당시의 시가대로 주식을 인수하여야 하는데, 이때 시가가 액면가보다 낮을 경우에는 신주인수인이 고가매입으로서, 액면가보다 높을 경우에는 신주발행 회사가 저가양도로서 부당행위계산 부인규정의 적용을 받게 되는 부당한 결과가 발생한다. (마) 원고가 자회사들의 신주(이하 '이 사건 신주'라 한다)를 인수한 것은 그 유상증자대금으로 과도한 부채를 해소시켜 자회사들을 정상화한 다음 AAAAA은 인수합병을 시키고 CCCCCC은 계속기업으로 존속을 추진하기 위한 목적이었을 뿐만 아니라, 원고가 자회사들의 차입금 상환불능 상태를 방치할 경우 원고의 기업이미지를 훼손시키고, 그 차입금 지급보증 채무를 이행할 경우에 그 금액이 손금불산입 됨으로써 원고의 세금부담을 가중시키며, 신주발행은 주식회사의 대표적인 자본조달 수단에 해당하는 이상, 원고가 유상증자 방식을 선택한 것은 경제적 합리성이 있는 행위에 해당한다고 볼 수 있을 뿐 청산을 전제로 회생불능 상태인 회사들에 추가 출자를 한 것이 라고 볼 수 없으므로 원고의 이러한 신주인수행위는 경제적 합리성을 결한 비정상적 행위에 해당하지 않는다. (2) 부당행위계산부인 제도의 취지와 판단기준 법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것이다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조). 또한 신주인수의 법률적 성질이 상법상으로는 사원관계의 발생을 목적으로 하는 입사계약으로 인정되고, 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면 미달발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면가액대로 인수할 수밖에 없다고 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수는 투자자산의 매입에 해당하므로 신주 발행 당시 발행회사의 자산상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수 가액과의 차액을 비교하여 부당행위계산 부인의 대상이 되는 고가매입 여부를 따져 보아야 한다. 또한 신주인수행위는 취득당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과 달리 당해 주식대금의 납입 자체로 인하여 바로 발행법인의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때는 이미 그 가치가 변동한 상태인 점을 감안하면, 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산 부인액 산정의 기준이 되는 주식의 시가도 증자 대금 납입 직후의 주식가액이라고 보아야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두 7005 판결 등 참조). (3) 원고의 신주인수행위가 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는지 여부 위 인정사실 및 아래와 같은 법리와 제반 사정에 비추어 볼 때, 원고가 자회사들 발행의 신주인수대금을 납입한 직후 그 주식의 정당한 평가액이 액면가액에 미달함에도 그 가액으로 인수한 것은 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호, 제9호에 규정한 부당행위계산부인의 대상이 된다 할 것이다. (가) 원고는 자회사들의 대주주로서 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호가 정한 특수관계자에 해당한다. 또한 자회사들의 차입금 채무에 대하여 지급보증을 한 원고는 자회사들의 결손금 누적과 향후 영업전망의 불투명으로 인하여 자회사들에 대한 유상증자 대금을 납입하기 직전 무렵에는 그 지급보증 채무를 곧 이행하여야 할 처지에 놓여있었다. (나) 소득금액에 영향을 미치는 한, 부당행위계산 부인의 대상으로서의 행위계산에는 자본거래나 손익계산에 포함되지 않는 비경상적 손익거래도 포함된다 할 것이고, 자본거래의 결과 거래상대방에게 분여된 이익이 과세소득을 구성하는지 여부를 불문하고 당해 법인의 행위계산이 위 시행령에 정한 거래형태를 남용하여 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되면 부당행위계산으로서 법인세법상 부인의 대상이 된다고 할 것이다. (다) 1998. 12. 28. 대통령령 제15790호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (나)목에서 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우를 부당행위계산의 구체적인 유형에 추가하였으나, 종전의 구 법인세법 시행 당시에도 특수관계자인 주주간의 자본거래가 아닌 주주와 신주발행법인 사이의 자본거래로서 위 시행령에 규정한 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또 는 계산으로서 법인의 이익을 분여하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정 되는 경우라면 부당행위계산으로서의 부인대상에 해당하는 것으로 해석되어 왔다. (라) 유상증자시 발행주식 수를 늘리고 그 주당 가액을 액면가 미만으로 정하여 주식을 발행한 경우와 발행주식 수를 줄이고 그 주당 가액을 액면가로 정하여 주식을 발행한 경우는 그 경제적 효과가 동일하고, 신주의 액면 미달 발행은 상법 제417조의 규정에 따라 엄격하게 제한되어 있다고 하더라도, 회사의 자금조달 방법이 오로지 신주발행 뿐인 것도 아니고 주식의 액면가를 변경하는 것이 불가능한 것도 아닌 바에야 위와 같은 방식으로 실질가치가 액면가에 미달하는 주식을 액면가로 인수하는 것이 법률상 불가피한 것이어서 그 매수가격의 적정성 여부를 평가할 수 없는 것이라고 할 수는 없다. (4) 원고의 신주인수행위의 경제적 합리성 유무 위 인정사실에 나타난 아래와 같은 제반 사정에 비추어 볼 때, 원고가 자회사들 발행의 신주를 액면가로 인수한 것은 증자 명목으로 액면가와 정당한 시가의 차액만큼 특수관계자에게 자금을 무상 지원한 것과 다름없는 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 할 것이다. (가) 자회사들은 설립된 후 이 사건 신주발행 당시까지 계속된 결손으로 인하여 자본잠식 상태에 있었을 뿐 아니라, 그 사업전망도 유망하다고 볼 수 없어 유상증자를 하더라도 지급보증으로 인하여 그 차입금에 대한 변제의무를 부담하고 있던 원고 이외의 다른 투자자들이 그 유상증자에 참여하였을 것으로는 보이지 않는다. (나) 원고 역시 증자에 따른 자회사들의 신주를 인수한 당해 사업년도에 이미 그 가치가 취득원가인 액면가로 회복될 가능성이 사실상 전혀 없다고 보고 그 주식의 가치를 0원으로 평가하여 신주인수가액 전액을 투자주식 감액손실로 회계처리하였다가 그 이듬해 곧바로 청산하거나 제3자에게 양도하여 위 투자주식 감액손실액을 모두 손금산입하였다. (다) 원고는 금융기관에 대하여 자회사들 관련 지급보증채무를 이행할 위험에 처하자, 금융기관에 대하여 대위변제를 할 경우에는 구 법인세법 제34조 제3항 제1호에 따라 그 금액이 손금으로 산입되지 아니하여 법인세를 감면받지 못하게 되므로 유상증자를 통하여 그 증자대금으로 차입금을 변제하는 것이 바람직할 것이라는 회계법인의 자문을 받아 사전에 자회사들이 추진할 유상증자의 규모를 원고 스스로 결정하여 자회사들에 지시하는 등으로 그 신주발행을 계획 ・ 추진하였고, 결국 원고가 자회사들에 지급한 신주인수자금은 원고의 계획대로 원고가 부담하고 있는 지급보증채무를 면하게 하는 데에 사용되었다. (라) 자회사들은 위 유상증자대금의 납입 직후 그 대부분 금액을 차입금 채무의 상환에 사용한 점, 청산을 위한 최소한도의 직원을 제외한 나머지 직원들을 퇴사시킨 점, 계속기업으로 존속하는 데 필수적인 산업기반기술 개발사업과제를 타회사에 양도한 점, AAAAA은 위 유상증자 이전에 XXXX와의 합작투자계약을 해지하고 영업을 중단함으로써 사실상 기존 사업을 포기한 점 등 유상증자를 전후한 자회사들의 위와 같은 행태는 인수합병이나 계속기엽으로서의 존속을 전제로 한 것으로 보기는 어렵다. (마) 원고가 자회사들에 대한 지급보증채무를 면하는 방편으로 유상증자방식을 선택한 것 자체를 경제적 합리성이 없다고 평가할 수는 없으나, 부당하게 고가로 신주를 인수한 것은 경제적 합리성이 있는 행위로 평가할 수 없다. 한편 원고는 유상 증자방식을 선택함으로써 자회사들 채무의 직접 변제 또는 보증채무 이행을 통한 변제 방식을 선택한 것보다 신주인수대금 납입 직후 주식의 시가상당액에 상응한 만큼은 절세의 효과를 누렸다고 볼 수 있다. (5) 원고의 신주인수행위에 대한 부당행위계산 부인 따라서 원고의 자회사들에 대한 신주인수행위 중 그 인수대금과 시가의 차액 발생 부분은 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위에 해당하므로 구 법인세 법 시행령 제88조 제1항 제1호에 규정한 부당행위계산 부인의 대상이 된다 할 것이다. 나. 비상장주식에 대한 평가의 기준 (1) 정당한 주식가액 산정방법 부당행위계산 부인 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수 관계자 간의 거래에 대하여 이를 적용하게 되므로(구 법인세법 시행령 제88조 제2항), 이 사건과 같이 부당행위계산 부인의 대상이 된 자회사들의 신주발행 당시 그 자산상태 등에 의한 비상장주식의 정당한 평가가액은 앞서 본 바와 같이 원고가 유상증자대금을 납입한 직후의 주식 평가액을 적용하여야 한다. 한편 비상장주식의 정당한 평가가액은 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격, 즉 시가가 있는 경우에는 그 가격에 의하는 것이 원칙이고(구 법인세법 제52 조 제2항 및 그 시행령 제89조 제1항), 시가가 불분명한 경우에는 구 상속증여세법 제 63조 제1항 제1호 다목, 그 시행령 제54조 제l항, 제2항에 따라 보충적 평가방법으로서 순손익가치(1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율) 또는 순자산가치(1주당 가액 = 당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식 총수) 중 큰 것으로 정할 수 있다 (구 법인세법 시행령 제89조 제2항). 만일 최대주주가 보유한 비상장주식이라면 여기에 30%를 가산한 가액으로 하여야 한다(상속증여세법 제63조 제3항). 그런데 이 사건 신주는 부당행위계산부인행위 당시인 2001. 6. 21.(CCCCCC) 및 2001. 10. 8.(AAAAA)까지 특수관계자가 아닌 제3자에게 처분된 사례가 없으므로 그 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당하고 달리 반증이 없다. 따라서 이 사건 신주는 상속증여세법과 그 시행령에 따라 보충적 평가방법을 적용하여 그 가액을 평가하여야 할 것인바(대법원 2001. 9. 14. 선고 2000두406 판결 등 참조), 자회사들은 결손법인으로서 그 주식의 순손익가치는 0원이므로 순자산가치에 따라 그 주식의 가액을 결정할 수밖에 없다. 한편 상속증여세법 시행령 제55조 제1항은 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 이연자산 ・ 준비금 ・ 충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다고 규정하고 있다. 따라서 자회사들 발행의 신주에 대한 순자산가치는 자회사들이 보유하고 있던 각 자산과 부채를 상속증여세법 제60조 내지 제66조가 정한 평가방법에 따라 평가하여 결정하여야 하는데, 상속증여세법 제60조는 평가의 원칙으로서 시가에 의한다고 규정하고 있고(제1항), 그 시가를 산정하기 어려운 경우에는 보충적 평가방법으로서 당해 재산의 종류 ・ 규모 ・ 거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 의한다고 규정하고 있으며(제2항), 제61조는 부동산의 경우 토지는 개별공시지가로, 건물은 국세청장이 산정 ・ 고시하는 가액(이른바 기준시가)으로 각 평가한다고 규정하고 있으며, 제62조 제 2항은 상품 ・ 제품, 기타 유형재산에 대하여는 당해 재산의 종류 ・ 규모 ・ 거래상황 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있고, 그 시행령 제52조 제2항 제1호는 상품 ・ 제품 ・ 반제품 ・ 제공품 ・ 원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액에 의한다고 규정하고 있으며, 제3호는 이 영에서 따로 평가방법을 규정하지 아니한 기타 유형재산의 평가는 제1호의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있다. (2) 구주식의 가치 상승분의 공제 여부 원고는, 신주인수대금의 납입으로 인하여 원고가 기존에 보유하고 있던 구주식(AAAAA 1,582,000주, CCCCCC 906,000주)의 가치도 상승하였으므로, 이러한 가치증가분은 신주인수 후 1주당 가액에 포함시켜 이익분여액을 산정할 때에 인수가액에서 공제하여야 한다고 주장한다. 그러나 순자산가치에 따라 자회사들의 주식가액을 평가하기 위해서는 유상증자대금 납입 직후의 자회사들의 자산상태를 발행주식 총수로 나누어야 하는데, 그 경우 유상증자대금 납입 직후의 구주식의 가치증가분은 포함된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 이를 포함시키는 것은 조세법규에 있어서 확장해석이나 유추해석을 허용하지 않는 헌법상의 조세법률주의 원칙에도 어긋난다 할 것이다(대법원 1987. 9. 22. 선고 86누694 판결 등 참조). 특히 자회사들의 유상증자대금 납입 직후 구주식의 가치증가액은 부당행위계산으로 부인대상이 되는 가치증가분 그 자체로 봄이 상당하다(오히려 구주식의 가치증가액은 부당행위계산 부인대상에 포함되어야 할 것이나, 관계 법령 및 조세법률주의의 원칙에 따라 부득이 제외된 것으로 봄이 상당하다). 따라서 원고의 자회사들에 대한 신주인수행위로 인한 이익분여액을 판단함에 있어 원고가 보유한 구주식의 가치 상승분을 포함시켜서는 안된다 할 것이므로, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다. 다. AAAAA의 이익분여액 (1) 원고의 주장 이 사건 처분은 AAAAA에 대한 이익분여액(인수가액과 신주인수 후 1주당 가액의 차액)을 산정함에 있어 아래와 같은 위법이 있다. (가) AAAAA의 신주인수 후 1주당 가액을 산정함에 있어 토지 및 건물의 가액은 주식인수일인 2001. 10. 8.을 가격시점으로 한 객관적 평가액을 기준으로 하여야 하는데도 개별공시지가와 기준시가를 적용하여 산정한 것은 부당하다. (나) 재고자산과 기타 유형자산의 경우 재취득가액으로 산정되어야 하는바, 2000. 12. 31.자 대차대조표에 따라 원재료는 1,129,517,401원, 보조재료는 68,930,731원, 기타 유형자산은 676,967,764원으로 평가되어야 한다. (2) 토지 ・ 건물의 펑가 AAAAA이 발행한 이 사건 신주에 대하여 적정한 시가가 존재하지 아니하므로 법인세법 및 그 시행령에 따라 상속증여세법 및 그 시행령에 정한 보충적 평가방법 중 순자산가치 산정방법에 의하여 평가하여야 하고, 또한 그 순자산가치도 시가 평가를 원칙으로 하나 시가를 산정하기 어려운 경우에는 토지는 개별공시지가로, 건물은 국세청장이 고시한 기준시가로 평가하도록 규정하고 있는 점은 앞서 본 바와 같다. 한편 위 시가에 관하여 상속증여세법 제60조 제2항은 불특정 다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고, 수용 ・ 공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다고 규정하고, 이를 받아 그 시행령 제49조 제l항 제1호 내지 제3호는 시가로 인정되는 매매 ・ 수용 ・ 경매 ・ 감정 또는 공매가액 등을 규정하면서, 특히 감정가액은 2 이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액으로 한다고 규정하고 있다. 그러나 위 시행령 규정은 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시하고 있는 것에 불과하므로 공신력 있는 감정기관이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것으로 인정되는 감정가격이 있다면 비록 위 시행령 규정처럼 2 이상의 감정가격이 없더라도 이를 시가로 볼 수 있다고 할 것이다(대법원 2003. 5. 30. 선고 2001두6029 판결 등 참조). 또한 상속증여세법 시행령 제55조 제1항의 규정 취지도 법인의 비상장주식을 보충적 평가방법에 의하여 순자산가액으로 평가하는 경우 될 수 있는 대로 그 시가를 적정하게 반영하라는 취지이므로, 순자산가액의 평가를 위한 부동산의 가액을 산정하는 경우 위 규정에서 말하는 공신력 있는 감정기관에 의하여 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 시가감정 가액이 있다면 그에 따라 순자산가액을 산정하는 것이 위법하다고 할 수는 없고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여 달라진다고 볼 수 없다(대법원 2006. 9. 22. 선고 2004두4727 판결 등 참조). 이 사건의 경우에는 피고가 AAAAA의 토지 ・ 건물에 관하여 적정한 시가나 감정가액이 없다고 하여 토지는 개별공시지가인 2,323,686,440원으로, 건물은 국세청장 이 산정 ・ 고시하는 가액인 3,332,196,640원으로 평가한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러나 이 법원이 감정인 노RR에게 한 감정촉탁결과에 의하면, 원고가 AAAAA의 신주를 인수한 2001. 10. 8.을 가격시점으로 한 이 사건 토지 및 건물의 가액은 토지는 3,439,456,000원, 건물은 6,063,653,100원으로서 합계 9,503,109,100원으로 평가되는 사실을 인정할 수 있고, 위 감정결과(이하 '법원감정'이라 한다)는 비교표준지의 선정, 품등비교에 의한 조정 등 평가내용이 적정하고 위 신주 인수 직후에 이루어진 거래가격(2002. 5. 30. AAAAA이 PPPP 주식회사에 토지는 35억 원, 건물은 53억 원으로 정하여 합계 88억 원에 매도하였는바, 이 가격은 청산을 앞 둔 시점이었으므로 시가보다 다소 낮은 가격에 매도될 수 있는 상황이었다)에 견주어 보아도 객관성이 있다고 인정되므로 이는 위 시행령 규정에 의한 시가로 봄이 상당하다. 따라서 피고가 AAAAA의 토지 ・ 건물을 위 법원감정 평가액보다 낮은 개별 공시지가와 기준시가를 적용한 것은 위법하다고 할 것이다. (3) 재고자산의 평가 AAAAA은 MM회계법인으로부터 회계감사를 받은 2000. 12. 31.자 대차대조표상 원재료 1,129,517,401원, 보조재료 68,930,731원으로 재고자산을 계상하고, ZZ회계법인으로부터 회계감사를 받은 2001. 12. 31.자 대차대조표에서는 재고자산을 0원, 재고자산 처분손실을 4,285,748,579원으로 계상한 사실, 피고는 AAAAA의 순자산가치를 평가하면서 재고자산을 위 2001. 12. 31.자 대차대조표에 따라 0원으로 평가한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 구 법인세법 제52조 제2항, 그 시행령 제89조 제1항, 제2항 제2호, 구 상속증여 세법 제62조 제2항, 그 시행령 제52조 제2항 제1호에 의하면, 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 되는 고가매입의 판단기준인 '시가'를 산정함에 있어 상품 ・ 제품 등 기타 유형자산은 그 시가가 불분명한 경우에는 당해 재산의 종류 ・ 규모 ・ 거래상황 등을 감안하여 '그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액', 즉 재취득가액으로 평가하도록 규정하고 있는데, 그 재취득가액조차도 확인되지 아니하는 경우에는 예상수익을 배제한 최종 투입원가인 장부가액으로 평가할 수 있다 할 것이다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누2392 판결 등 참조). 이 사건의 경우 AAAAA은 앞서 본 바와 같이 2000년 말 기준으로 재고자산을 1,198,448,132원으로 평가하였다가 1년 사이에 이를 모두 처분하였다고 하여 2001년 말에는 0원으로 계상하였지만, 유상증자 시점인 2001. 10. 8. 당시에도 이미 처분이 된 상태로서 재고자산이 없었다는 점이 인정되어야 이 사건 처분에서 피고가 재고자산 을 0원으로 평가한 것이 정당하다 할 것이고, 그 사실은 과세관청인 피고가 증명할 책임이 있지만, 2001. 10. 8. 현재 재고자산이 존재하지 않는 것으로 볼 만한 상당한 사 정이 밝혀진 경우에는 그와 관련한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자인 원고 측에서 재고자산의 존부 및 규모를 증명할 필요가 있다 할 것 이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조). 그런데 앞서 인정한 사실에 나타난 아래와 같은 여러 사정에 비추어 볼 때, AAAAA의 유상증자일인 2001. 10. 8. 현재 가치 있는 재고자산은 이미 현존하지 않는 것으로 볼 만한 사정이 상당 정도 제시된 반면, 원고가 주장하는 2000년 말의 대차대조표에 계상된 금액 정도로 재고자산이 여전히 남아 있었다는 점은 갑 12호증의 1, 갑 17, 18호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 볼 만한 증거가 없으므로, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다. (가) AAAAA은 2001. 6. 22. XXXX와의 합작투자계약 관계를 정리하면서 영업을 중단한 후 유상증자를 한 2001. 10. 8. 무렵에는 직원들도 4명만 남기고 거의 전원 퇴사시킨 점 등 회사 운영 상황에 비추어, 정상적인 영업을 할 때나 필요한 라미네이트 및 전해질 등 재품생산원료를 중심으로 한 재고자산은 위 증자일 이전에 이미 처분되었거나 가치가 소멸된 상태가 되었을 가능성이 높다. (나) 이에 대하여 원고는 AAAAA의 재고자산은 2001. 10. 8.까지도 상당량이 남아 있었는데, 2001. 12. 26. □□테크놀러지 주식회사에 산업기반기술개발사업 관련 유 ・ 무형자산을 대금 859,496,000원에 모두 양도할 당시 보유하던 재고자산인 코발트 라미네이트 및 전해질 재고 일체도 함께 양도하였기 때문에 연말 재고자산의 가액이 0원으로 계상된 것이라고 주장한다. 그러나 위 양도에 관한 약정서(갑 18호증)를 보면, 양도목적물이 ① 산업기반기술개발사업 과제 관련 자금으로 취득한 연구개발장비 일체, ② 그 이외의 장비로서 약정서에 별지로 첨부한 장비 및 비품 현황 기재 연구개발 장비, ③ 위 기술개발 과제 수행과 관련하여 작성한 문서, ④ 코발트 라미네이트 및 전해질 재고 일체, ⑤ 위 기술개발 과제 수행을 위한 정부출연금 미사용액 66,666,630원, ⑥ 현금 140,000,000원으로 특정되어 있고, 위 ②항 장비에 대해서는 그 품목별 가격을 평가하여 총 859,496,000원으로 가격을 정하였으나, ④항의 재고자산에 대해서는 그 내역과 물량 및 가격이 전혀 기재되어 있지 않다. 또한 위 ① 내지 ⑥항의 양도목적물 전체의 양도가액도 따로 정하지 않고 다만 그 중 3개 항(②,⑤,⑥항)에 대해서만 개별가격이 명시되어 있을 뿐이다. 반면 만약 위 양도약정 당시까지도 위 재고자산이 남아 있었다면 전년도 말의 대차대조표상 가액이 1,198,448,132원(= 원재료 1,129,517,401원 + 보조재료;8,930,731원)으로서 이는 위 ②항의 장비 및 비품 가격보다도 훨씬 많은 금액이어서 전체 양도가액을 크게 좌우할 만한 정도이므로 그 가격 결정에 당연히 고려되어야 하고 그 목록도 제시되어 있어야 마땅할 것인데 그런 기재나 협의의 흔적이 전혀 없다. 이와 같은 제반 정황에 비추어 볼 때, 위 □□테크놀러지에 대한 양도목적물에 특별히 가치 있는 재고자산이 포함되어 있지는 않은 것으로 봄이 상당하다. (다) 원고는 AAAAA의 재고자산에 관하여 그 구입 및 사용 ・ 보관 내역과 관련된 장부를 제출하지도 않고 있다. (4) 기타 유형자산의 평가 AAAAA의 2000. 12. 31. 기준 대차대조표에는 기타 유형자산의 가액이 당초 취득가액 1,212,382,149원에서 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 정액법으로 계산한 감가상각 누계액 535,414,385원을 차감한 676,967,764원으로 계상되어 있고, 2001. 12. 31. 기준 대차대조표상에는 잔존 기타 유형자산의 취득가액 289,132,045원에서 2001. 1. 1.부터 2001. 12. 31.까지 의 감가상각 누계액 188,208,365원을 차감한 100,923,682원으로 계상되어 있는 사실, 피고는 2001. 12. 31.자 대차대조표상의 잔존가액 100,923,682원을 2001. 10. 8.에 AAAAA이 보유한 기타 유형자산의 가액으로 보고 이 사건 처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 12호증, 을 3, 6, 9호증(가지번호 포함)의 기재에 변론 전체의 취지를 더해보면 이를 인정할 수 있다. 살피건대, AAAAA은 위 유상증자 당시 사업을 중단하고 정리하는 단계에 있었던 상황이었으므로 감가상각의 대상인 기타 유형자산을 2001년 중 새로 구입하였을 것으로는 보이지 않으므로, 결국 2001년말 보유 기타 유형자산은 2000년 말 보유 기타 유형자산의 일부이고, 그 차액 387,835,719원(= 676,967,764원 - 289,132,045원) 상당은 2001년 중 어느 시점에선가 처분된 것으로 추정함이 상당하다. 그런데 위 차액 상당의기타 유형자산을 2001. 10. 8. 이전에 처분하였다는 점은 과세관청인 피고가 증명할 책임이 있다 할 것인데 이를 인정할 증거가 없으므로, AAAAA은 유상증자일인 2001. 10. 8. 당시에도 2000년 말에 보유하고 있던 기타 유형자산을 그대로 보유하고 있었다고 볼 수밖에 없다(앞서 본 바와 같이 2001. 12. 26. □□테크놀로지 주식회사에 보유하고 있던 유무형자산 일체를 양도한 것으로 마루어 그때 처분된 것으로 볼 여지가 있다). 다만 기타 유형자산은 감가상각 대상 자산이고, AAAAA은 매년 정액법에 따라 감가상각을 해 왔으므로, 2001. 10. 8. 현재의 자산가액은 2000. 12. 31. 기준의 자산가액 676,967,764원에서 2001. 10. 8.까지 정액법에 따라 일할 계산하여 감가상각한 가액을 기준으로 하여 그 순자산가치를 평가하여야 할 것이다 한편 2000년 말 보유 자산의 2001년 1년간의 감가상각액은 333,441,181원으로 인정되므로(갑 12호증의 1, 을 7호증 및 변론 전체의 취지), 이를 기준으로 위 유상증자일인 2001. 10. 8.까지의 감가상각액을 산정하면 233,865,595원(= 333,441,181원 × 256일/365일)이 된다. 따라서 AAAAA이 2000년 말의 기타 유형자산을 위 유상증자일까지 보유하고 있었을 경우 그 시점의 가액은 420,263,732원(= 676,967,764원 - 233,865,595원)이 되므로, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 그 가액에 못 미치는 100,923,682원으로 평가한 것은 위법이라 할 것이다. 라. CCCCCC의 이익분여액 (1) 원고의 주장 　　 이 사건 처분은 CCCCCC에 대한 이익분여액(인수가액과 신주인수 후 1주당 가액의 차액)을 산정함에 있어 아래와 같은 위법이 있다. (가) CCCCCC의 신주인수 후 1주당 가액을 산정함에 있어 투자유가증권은 구 상속증여세법 시행령 제54조 제3항에 따라 취득가액이자 세법상 장부가액(= 기업회계기준에 의한 대차대조표상의 금액 + 유가증권 감액손실액)인 812,805,000원으로 평가하여야 한다. (나) 재고자산은 재취득가액, 즉 기업회계기준에 의한 대차대조표상의 금액인 합계 19,813,268원(= 상품 13,222,718원 + 정보제품 6,590,550원)에 재고자산 평가손실 항목으로 유보되어 있는 2,435,784,950원을 가산한 세법상의 장부가액 2,455,598,218원으로 평가되어야 한다. (2) 투자유가증권의 평가 CCCCCC은 미국 비상장법인인 ☆☆☆텔레커뮤니케이션(☆☆☆ Telecommunication, Inc., 이하 ☆☆☆ 라 한다)이 발행한 총주식수의 6.93%를 812,805,000원에 취득하여 이를 보유하고 있었는데, 1997. 12. 31.부터 2000. 12. 31.까지 대차대조표를 작성함에 있어 위 주식발행법인인 ☆☆☆의 순자산가액이 하락하여 회복할 가능성이 없는 투자유가증권으로 보아 그 장부가액을 0원으로, 자본금과 적립금 조정명세서에 투자유가증권 감액손실로 812,805,000원을 각 계상한 사실, 피고는 CCCCCC의 유상증자일인 2001. 6. 21. 현재의 위 주식가치를 평가함에 있어 그 시가는 알 수 없는 반면, CCCCCC이 1997. 12. 31.부터 그 가액을 0원으로 평가하여 온 점 등을 고려하여 이를 0원으로 평가한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 13호 증의 3의 기재에 의하여 이를 인정할 수 있다. 그러나 비상장주식에 관하여 시가가 불분명하여 상속증여세법에 따른 보충적 평가방법에 따라 비상장주식을 평가하는 경우 그 산정요소의 하나인 당해 법인의 순자산가액에는 평가 당시 회수불능인 채권은 포함될 수 없는 점(대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두5574 판결 등 참조), CCCCCC도 1997. 12. 31.부터 ☆☆☆의 투자유가증권을 ☆☆☆의 순자산가액이 하락하여 회복할 가능성이 없는 것으로 보고 그 취득가액 전액을 감액하여 평가하여 온 점 등의 사정을 종합하면, 피고가 ☆☆☆의 2001. 6. 21. 주당 가치를 0원으로 평가한 것은 적법하다 할 것이다(상속증여세법 시행령 제54조 제3항에 의하면, 비상장주식의 발행법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식 총수 등의 10% 이하의 주식을 소유하고 있는 경우에 그 비상장주식의 평가는 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있도록 규정하고 있으나, 원고가 위 ☆☆☆의 주식을 계속적으로 수회에 걸쳐 취득한 것이 아니라 1회 취득한 것에 불과하여 위 법인세법 시행령 규정에 의한 이동평균법에 의하여 평가하는 것을 적정한 가액평가라고 하기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 위 규정을 적용하지 않았다고 하여 위법하다고 할 수 없다). 따라서 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다. (3) 재고자산의 평가 CCCCCC은 재고자산의 경우 계속기록법에 의하여 파악하고 매기 말 실지 재고조사에 의하여 이를 조정하여 왔는데, 2000. 12. 31. 대차대조표를 작성함에 있어 재고자산의 내역을 상품 13,222,718원 및 정보제품 6,590,550원으로 기재하였고, 2,435,784,950원을 재고자산 평가손실로 평가하여 이를 유보금액으로 계상한 사실, 피고는 CCCCCC의 2001. 6. 21. 신주발행 당시의 재고자산의 시가를 산정할 수 없다고 보고 2000. 12. 31.자 대차대조표상 재고자산의 합계액인 19,813,268원을 재고자산의 시가로 평가한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 13호증, 을 4, 7호증(가지 번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 한편 재고자산은 그 시가가 불분명한 경우에는 당해 재산의 종류 ・ 규모 ・ 거래 상황 등을 감안하여 재취득가액으로 평가하도록 규정되어 있고, 그 재취득가액도 불명인 때에는 장부가액으로 평가할 수 있다는 점은 앞서 본 바와 같고, 변론 전체의 취지에 의하면 위 유상증자일 현재 CCCCCC의 재고자산의 시가가 불분명하다고 인정 되므로, 피고가 그 가액을 2000. 12. 31. 기준 대차대조표상 재고자산 가액인 19,813,268원을 위 유상증자일 현재의 가액으로 평가한 것은 정당하다 할 것이다. 이에 대하여 원고는 재고자산과 기타 유형자산 등의 순자산가치를 보충적 평가 방법에 따라 산정할 경우에는, 상속증여세법 시행령 제52조 제2항에 따라 재취득가액에 의하여야 하는바, 그 가액도 확인하기 어렵다면 장부가액을 기준으로 하되, 여기에 법인세법상 유보금액을 가산한 금액으로 평가하여야 한다고 주장한다. 그 근거로는 이 사건 신주발행 이후인 2002. 12. 30. 개정된 상속증여세법 시행령(대통령령 제17828호로 개정된 것) 제52조 제1항 본문, 제2항 제1호 단서에 재취득가액이 확인되지 아니하는 경우에는 세법상 장부가액으로 한다는 규정이 신설되었는데, 이는 종전의 확립된 과세관행을 확인하는 것일 뿐이고, 다른 한편 기업회계는 다양한 자산평가방법 중 선택이 가능하므로 세법과 차이가 있을 수 있어서 그 차이를 조정하는 항목인 유보금액을 별도로 관리하고 있으며, 피고가 작성한 순자산가치의 평가서식에도 '법인세법상 유보금액'란이 명기되어 있어 유보금액의 반영을 전제하고 있는 점 등을 제시하고 있다. 그러나 기업회계와 세법의 차이를 조정하기 위한 근거 규정은 상속증여세법 시행령 제55조 제2항이고, 피고가 작성한 순자산가치의 평가서식에 '법인세법상 유보금액'란이 명기된 것도 이 규정에 근거한 것인데, 그 시행규칙(2002. 4. 4. 재정경제부령 제256호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속증여세법 시행규칙'이라 한다) 제17조의2 제1호는 회계항목 중 자산에 가산할 경우로 평가기준일 현재 지급받을 권리가 확정된 가액만을 규정하고 있을 뿐이므로 재고자산, 기타 유형자산 등이라고 하더라도 그 지급 받을 권리가 확정되지 않았다면 이를 자산에 가산하여 계산할 것이라고 보기 어렵다. 또한 순자산가액의 계산방법을 규정한 상속증여세법 시행령 제55조 제1항은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 평가한다고 규정하고 있을 뿐이므로 위 법규정에 따라 그 가액을 평가하면 되고 법에 규정되지 않은 유보금액을 자산에 가산하는 것은 조세법규의 해석에 있어 유추해석 또는 확장해석을 금지한 조세법률주의 원칙에도 어긋난다. 뿐만 아니라 국세청의 서면질의 회신(2004. 11. 16. 서면4팀-1852)은 자본금과 적립금 조정명세서상의 유보금액 중 상속증여세법의 규정에 의하여 평가하는 자산과 관련된 유보금액은 순자산가액에 별도로 가감하지 않는 것으로 보았으므로 장부가액에 유보금액을 가산한다는 확립된 과세관행이 존재한다고 볼 수도 없다. 따라서 상속증여세법과 그 시행령 및 시행규칙에 특히 유보금액으로서 자산에 가산한다고 규정된 항목을 제외한 나머지 자산에 대해서도 유보금액을 가산하여야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다. 5. 정당한 세액의 계산 결국 피고가 AAAAA에 대한 부당행위계산 부인 규정의 적용 기준일인 2001. 10. 8. 그 주식에 대한 순자산가치를 평가하면서 토지와 건물에 대한 법원감정액과 토지에 대한 개별공시지가 및 건물에 대한 기준시가의 차액 3,847,226,020원, 기타 유형 자산 319,340,050원(평가기준일 현재의 감가상각 후 가액 420,263,732원에서 피고가 자산으로 산입한 100,923,682원의 차액)을 제외한 것은 위법하다 할 것이므로, 이를 그 자산에 가산하여 주식의 순자산가치를 평가하면 아래 표 기재와 같다(CCCCCC 주식의 순자산가치 평가는 위법사유가 없다). 따라서 이 사건 처분 중 정당한 세액은 [별지 2] 세액 계산표와 같이 3,007,819,460원이라 할 것이므로(국고금관리법 제47조 제1항에 따라 각 10원 미만 버림), 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이니, 그 부분은 취소되어야 한다. 6. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제l심 판결은 원고 청구 전부를 기각함으로써 이와 결론을 일부 달리하여 부당하다. 이에 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위 취소 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 3,007,819,460원을 초과 한 부분을 취소하되, 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2009누30471

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제74조 제87조 제88조 제89조

세법 제62조

상속증여세법 제60조 제63조

상속세 및 증여세법 제63조

국고금관리법 제47조

상법 제417조