대법원 2008.09.11 선고 2008두8796 판결

거래가 동일 과세기간이 아닌 경우 매입세액공제 여부 및 전심절차 없이 소송가능여부[국승] 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 특별한 사정이 있다고 하더라도, 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없으며, 동일한 내용으로 여러건의 처분이 있는 경우 1건의 행정심판으로 다른 건은 전심절차없이 소송가능함

【주 문】 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 각자가 부담한다. 【이유】 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관이 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【서울고등법원2007누28986 (2008.04.30)】【주 문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007.2.9. 주식회사 ○○○코프에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세에 관한 경정거부처분을 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 주식회사 ○○○코프(2006.2.23. 주식회사 ○○닷컴에서 주식회사 ○○○코프로 상호가 변경되었다. 이하‘○○○코프’라 한다)는 2003.11.20. ○○토피아중앙교육 주식회사(이하‘○○토피아’라 한다)로부터 학원사업(유아, 초등, 중고등, 영어)에 속하는 일체의 자산 (영업권 포함) 및 위 사업부문과 관련된 영업 일체를 야수도기준일을 2003.12.31.로 하여 대금 110억 원에 양수하되, 위 대금 중 54억 원은 2003.12.1.에 19억원은 2003.12.11.에, 나머지 37억은 자산양도일 후 14일 이내에 지급하고, 2003.9.30.부터 자산양도일까지의 재무상황변동은 양도기준일 이후 별도로 정산하기로 하는 내용의 자산양수도일까지의 재무상호아변동은 양도기준일 이후 별도로 정산하기로 하는 내용의 자산양수도계약을 체결하였다(이하‘이 사건 양수도계약’이라 한다). 나. ○○○코프는 이 사건 양수도계약에 따라 ○○토피아에게 2003.12.1. 54억 원, 2003.12.15. 19억 원, 2003.12.30. 14억 원, 2004.1.30. 5억 원 합계 93억 원을 지급한 후 2004.3.3. ○○토피아와 이 사건 양수도계약에 따른 양도대금을 총 93억 원으로 확정하는 내용의 정산합의서를 작성하고, 같은 날 ○○토피아로부터 공급시기가 2003.12.31.로 소급하여 작성된 공급가액 1,735,264,000원, 세액 173,526,400원으로 기재된 세금계산서 1장(이하‘이 사건 세금계산서’라 한다)과 공급가액 7,564,736,000원으로 기재된 부가가치세법 제12조의 규정에 의한 면세부분에 대한 계산서 1장을 교부받았다. 2003.12.31. 이 속한 2003년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 여러 차례이 사건 세금계산서를 교부해 주도록 요구하였음에도, ○○토피아가 양수도대금에 대한 최종 정산이 되지 않았음을 이유로 세금계산서 교부를 거부하는 바람에 어쩔 수 없이 최종 정산합의서를 작성한 2004.3.3.에야 비로소 이 사건 세금계산서를 교부받을 수 있었다. 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2 본문 소정의 “필요적 기재사항의 전부 또는 이일부가 사실과 다르게 기재된” 세금계산서에 해당하여 그와 관련된 매입세액은 매출세액에서 사실과 다르게 기재된“ 세금계산서에 해당하여 그와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는 것이 원칙이지만, 이 사건과 같이 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 그 거래에 따른 부가가치세의 징수도 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제가 이루어져야 할 것이므로, 이와 다른 취지의 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계법령 부가가치세법 12조 부가가치세법 17조 다. 판단 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 신설된 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서에 의하여 매입세액은 공제받을 수 있는 경우를 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 이를 교부받은 경우로 한정하고 있는바, 위 조항이 신설되기 이전의 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호의 해석으로도, 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서의 발급에 의한 상호검증기능을 훼손시키지 않기 위하여, 같은 조항에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우 경우에 한한다고 보아야 하고(대법원 2004.11.18. 선고 2002두 5771 천원합의체 판결 참조), 이러한 범죄는 위 시행령 제60조 제2항 제3호가 신설된 이후에도 마찬가지라고 할 것이다(대법원 2005.6.23. 선고 2004두 10425 판결 등 참조) 그러므로 비록 ○○코프가 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 이 사건 세금계산서를 교부받지 못한 데에 그 주장하는 바와 같은 특별한 사정이 있다고 하더라도, 그와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다. 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 【서울행정법원2007구합12859 (2007.09.19)】【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 피고가 2007.2.9. 주식회사 ○○○코프의 2003년 제2기 경정청구에 대하여 한 경정 거부처분을 취소한다. 【이유】 1.처분의 경위 가. 주식회사 ○○○코프(2006.2.23. 변경 전 상호 주식회사 ○○닷컴, 이하 ‘○○○코프’라 한다)는 2003.11.29. ○○토피아중앙교육 주식회사(이하‘○○토피아’라 한다)로부터 학원사업(유아, 초등, 중고등, 영어)에 속하는 일체의 자산(영업권 포함) 및 사업부문에 관련한 영업 일체(이하‘쟁점 영업’이라고 한다)를 양도기준일 2003.12.31. 양도대금 110억 원을 양수하면서, 양도대금은 2003.12.1.에 54억 원, 2003.12.11.에 19억 원, 자산양도일 후 14일 이내에 37억 원을 지급하기로 하되, 2003,9.30.부터 자산양도일까지의 재무상황의 변동은 양도기준일 이후 별도로 전산하기로 하였다(이하‘이 사건 양도계약’이라 한다) 나. ○○○코프는 위 양도계약에 따라 ○○토피아에 2003.12.1. 54억 원, 2003.12.15. 19억 원, 2003.12.30. 15억 원, 2004.1.30. 5억 원을 각 지급한 후, 2004.3.3. ○○토피아와 쟁점 영업의 양도대금을 총 93억 원으로 확정하기로 하는 정산합의서를 작성하고, 같은 날 ○○토피아로부터 공급가액 1,735,264,000원, 세액 173,526,400원, 공급시기 2003.12.31.로 된 세금계산서(이하‘쟁점 세금계산서’라 한다)를 교부받았다. 다. ○○○코프는 2004.4.7. 피고에게 쟁점 세금계산서의 매입세액을 공제해 달라는 취지의 2003년 제2기분 부가가치세 경정청구를 하였으나, 피고는 ○○○코프가 사업용자산 등 관련 부가가치세 신고를 하지 않았다는 이유로 경정을 거부하였다(이하‘최초 거부처분’이라 한다), 이후 ○○토피아 2005.3.2. 쟁점 세금계산서에 관하여 2003년 제2기분 부가가치세수정신고를 한 다음 ○○○코프는 2005.3.10. 다시 피고에게 쟁점 세금계산서에 관하여 2003년 제2기분 부가가치세 경정청구를 하였는데(이하‘종전 경정청구’라 한다), 피고는 2005.8.31. 쟁점 세금계산서가 2004.3.3.에 공급시기를 2003.12.31.로 소급하여 작성된 것으로서 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 경정을 거부하였고(이하‘종전 거부처분’이라 한다), 이에 ○○○코프가 2005.11.24. 국세청장에게 위 거부처분에 대하여 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2006.3.17.“세금계산서의 실제 작성일이 속한 과세기간과 공급시기가 속한 과세기간이 다른 경우에는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다”는 이유로 기각결정을 하였으며, 이에 ○○○코프가 2006.8.17. 위 거부처분에 대하여 고충청구를 하자, 서초세무서장은 2006.8.29. 같은 이유로 기각결정을 하였다. 라. ○○○코프는 2006.12.8. 또다시 피고에게 쟁점 세금계산서에 관하여 2003년 제2기분 부가가치세 경정청구를 하였고(이하‘이 사건 경정청구’라 한다), 피고는 2007.2.9.“동일한 청구내용으로 이미 경정청구, 심사청구, 고충청구에서 기각결정을 받은 내용이므로 경정청구의 대상이 되지 아니한다”는 ㅟ지로 회신함으로써 경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 각 기재 2. 본안전 항변에 관한 판단 가. 피고의 주장 ○○○코프는 피고의 이 사건 처분에 관하여 심사청구나 심판청구를 제기하지 아니하고 바로 이 사건 소를 제기하였는바, 이 사건 소는 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다. 나. 원고의 주장 ○○○코프는 이 사건 처분에 대하여는 전심절차를 거치지 아니하였으나. 이미 이 사건 처분과 동일한 내용의 종전처분에 대하여 심사청구와 고충청구를 제기하여 기각결정을 받은 바 있어 종전의 기각결정과 다른 결론을 기대할 수 없는 상황이었으므로, 이 사건 소는 적법하다. 다. 판단 조세소송에 있어서는 국세기본법 제56조 제2항 등에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 않는 것으로 해석되나, 행정소송을 제기함에 있어서 행정심판을 먼저 거치도록 한 것은 행정관청으로 하여금 그 행정처분을 다시 검토케 하여 시정할 수 있는 기회를 줌으로써 행정권의자주성을 존중하고 아울러 소송사건의 폭주를 피함으로써 법원의 부담을 줄이고자 하는데 그 취지가 있는 것이므로, 2개 이상의 행정처분이 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 일련의 발전적 과정에서 이루진 것으로 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송이 계속 중에 과세관청이 소송의 대상인 과세처분을 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 해정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되느니 등의 경우에 선행처분에 대하여, 또는 동일한 의무를 부담하게 된 납세의무자들 중 의 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더라 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에 한하여, 납세 의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다(대법원 1988.2.23. 선고 8누704 판결, 1989.11.10. 선고 88누7996 판결, 1990.10.12. 선고 90누2383 판결, 1991.5.24. 선고 91누 247 판결 등 참조) 이 사건에 관련해서는 앞서 인정한 바와 같이, ○○○코프가 이 사건 경정청구에 앞서 동일한 내용으로 종전 경정청구를 하고, 그에 대한 피고의 종전 거부처분에 관하여 심사청구 및 고충청구를 하였다가“실제작성일과 과세기간이 다른 공급시기로 소급하여 작성한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다”는 이유로 기각결정을 받은 바 있고, 이 사건 처분에 기재된 이유도“동일한 청구내용으로 이미 경정청구, 심사청구, 고충청구에서 기각결정을 받은 바 있다”는 것이었던 바, 그렇다면 동일한 내용의 경정청구를 반복하여 신청할 수 있는지에 관하여는 별론으로 하더라도, 이 사건 처분에 관하여는 이미 국세청장으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 판단할 수 있는 기회가 부여된 바 있고, 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 사정이 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 전심절차를 거치지 않아서 부적법하다는 피고의 본안전 항변은 받아들이지 아니한다. 3. 본안에 관한 판단 가. 원고의 주장 ○○○코프가 쟁점 세금계산서를 공급시기를 소급하여 교부받은 것은, 이 사건 양도계약상 쟁점 여업의 양도기준일이 2003.12.31.이었으므로 ○○토피아에 대하여 2003년 제2기 중에 수차례 세금계산서 교부를 요구하였음에도 불구하고 ○○토피아가 최종 정산이 되지 않았음을 이유로 세금계산서 교부를 거부하는 바람에 어쩔 수 없이 최종 전산합의서를 작성한 2004.3.3.에야 세금계산서를 교부받았기 때문으로서, 이는 세금계산서의 기재사항과 같은 실제 거래사실이 이었고 그 거래에 따른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이루어졌으나 단지 납세의무자의 귀책사유로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 거래시가가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 것이므로, 예외적으로 매입세액 공제가 허용되어야 한다. 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 부가가치세법 시행령 제80조 다. 판단 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호는 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라도 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액 공제를 명문으로 허용하고 있는바(이 규정은 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정되면서 신설되었다) 공급시기 이후 당해 공급시기와 과세기간을 달리하는 때 교부받은 세금계산서라도 납세의무자의 귀책사유가 없는 등 특별한 사정이 있는 경우에 이를 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 공제할 수 있는 지가 문제될 수 있다. 그러나, 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우에 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호의 명문의 규정이 없더라도 같은 항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 한다고 해석될 수 있지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(납세의무자의 귀책사유 여부를 묻지 아니한다)에 한한다고 보아야 할 것인바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행· 교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특정상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 장도하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2 본문 소정의‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하므로 이 경우 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다(대법원 2004.11.18. 선고 2002두 5771 전원합의체 판결 참조, 위 판결은 현행 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호가 신설되기 전의 사안에 관한 것이지만, 같은 항 제2호의 해석과 관련해서는 같게 볼 것이다). 따라서 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2008두8796

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

상고심절차에 관한특례법 제4조

부가가치세법 시행령 제60조 제80조

부가가치세법 제12조 제17조

국세기본법 제56조

행정소송법 제18조

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