+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

대전지방법원 2006.11.29 선고 2006구합271 판결

부당행위계산부인의 적정성 여부[국패] 당해 임차료가 경제적합리성을 갖추지 않았다거나 시가보다 현저히 높은 가액에 임차하였다는 사실을 입증하여야 하나 이 사건 임대 사실이 경제적으로 부자연스러운 행위라고 보기 어려워 부당행위계산부인함은 부당함

【주 문】 1. 피고가 2004. 8. 10. 원고에 대하여 별지 부과처분 내역표 기재와 같이 한 각 부과처분 중 ‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 부가처분의 경위 가. 원고는 1997. 12. 30. 설립된 법인으로 설립 후 줄곧 언더 후드 정션 박스(Under Hood Junction Box, 이하 ‘Under Hood Junction Box’라 한다). 및 관련 하네스(Harness)를 제조하여 ○○자동차 주식회사(이하 ‘○○자동차’라 한다.)에 납품하여 왔다. 나. 원고는 1998. 1. 17. 그 대표이사가 원고 대표이사의 장모로서 원고와 법인세법 소정의 특수관계에 있는 ○○공업 주식회사(이하 ‘○○공업’이라 한다.)와 사이에 Under Hood Junction Box 및 관련하네스(이하, ‘이 사건 각 부품’이라 한다.)의 제조 장비인 유 셀 라인(U-CELL LINE) 1식과 자절기(KOMAX CNC-FULL AUTOMATIC CRIMPING MACHINE, 이하 ‘자절기’라 한다.)9대(이하, 위 유 셀 라인과 자절기를 ‘이 사건 각 기계장치’라 한다.)를 임차하는 계약(‘이하 이 사건 임대차계약’이라 한다.)을 체결하였다. 이 사건 임대차계약의 주요내용은 다음과 같다. ■ 임대차기간 : 1998. 1. 7 - 2004. 1. 6(72개월) ■ 임대차금액 :

구 분	원금(취득가액, 원)	이 자(원)	합 계(원)
자 절 기	1,100,410,215	469,107,940	1,569,518,155
U-CELL LINE	4,271,418,024	1,821,640,032	6,093,058,056
합 계	5,371,828,239	2,290,747,972	7,662,576,211

■ 매회차 임차료 산정방법 : 원금 및 이자 상환방식으로 구체적인 산정방법은 아래와 같다.

※ 매회차 임차료 = (○○공업이 차입금으로 지급한 취득가액 ÷ 60회)+(매월 취득가액 중 미상환잔액 X 국세청이 고시하는 당좌대출이자율 X 경과일수)

■ 임차료 지급방법 : 1998년 : 이자만 지급, 1999년 이후 : 5년간 균등상환 ■ 임차료 지급일 : 매 2개월차 후불 ■ 재임대약정 : 기간 만료시 취득가액의 5% 기준 ■ 특약사항 : - 기계가동율 40% 이하시 임차료 징수 면제 - 기준 금리는 13%로 하되, 금리변경시 합의 조정 다. 한편, 위 임대차계약에 의하여 당초 산정된 임차료는 아래 표 중 ‘계약서상 임차료’란 기재와 같은데, 원고의 사업 초기 이 사건 각 기계장치의 가동률이 40%에 미달한 기간에 대하여 임대료 지급을 유예하여 다음 연도로 이월하고, 2001년 6월 이후 기준금리를 13%에서 11%로 인하하기로 합의하여 임대료를 조정하였으며, 원고가 2002. 8. 14. 자절기를 3억 7,000만 원에 매입함으로써 자절기에 대한 임대차관계를 종료하게 됨에 따라 실제 지급한 임차료의 액수는 아래 표중 ‘실제 지급한 임차료’란 기재와 같게 되었다. 원고는 이 사건 임대차계약에 따라 ○○공업에 실제 지급한 임차료를 손금에 산입하여 1999 사업연도부터 2003 사업연도까지의 기간 중 법인세를 신고 · 납부하였다.

사업연도	계약서상 임차료(원)	실제지급 임차료(원)	차 이(원)	비 고
1998	698,337,680	463,007,450	235,330,230	1차년도 중 기계가동률 40% 미달기간에 대하여 임대료 징수를 유예
1999	1,657,883,720	1,893,213,950	△235,330,230	위 임대료 징수 유예액을 이월하여 징수함에 따른 차액
2000	1,525,199,540	1,525,199,540	-
2001	1,392,515,400	1,361,444,820	31,070,580	2001. 6.경 기준금리 합의 인하(13%→11%로 인한 임차료 조정에 따른 차액임.
2002	1,259,831,250	1,115,710,120	144,121,130	위 기준금리 인하로 인한 임차료 조정 및 2002. 8. 원고의 자절기 매입에 따른 차액임
2003	1,128,808,621	870,196,320	258,612,301	상동
합계	7,662,576,211	7,228,772,200	433,804,011

라. 피고는 ○○지방국세청장으로터 원고 회사에 대한 1999년 사업연도부터 2003사업연도까지의 법인세에 대한 세무조사결과를 통보받고, 원고가 ○○공업에게 지급한 임차료가 특수관계자 사이에서 시가에 비하여 부당하게 고가로 지급된 것이라면서 원고가 지급한 임차료와 그 법인세법 시행령 제89조 제4항의 규정에 의하여 산정한 적정임차료(1999 및 2000사업연도에 대해서는 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 법인세법 시행령을 적용하고, 2001 내지 2003 사업연도에 대하여는 위와 같이 개정된 구 법인세법 시행령을 적용)와의 차액을 손금부인하며, 증빙불비가산세 합계금 140,191,567(2000년 97,205,020원, 2001년 21,651,159원, 2002년 21,335,388원)를 추가하여 2004. 8. 10. 원고에 대하여 아래 표 중 ‘최초 법인세 부과액’란 기재와 같이 합계 2,066,908,530원의 법인세 부과처분을 하였다.

사업연도	지급임차료(원)	적정 임차료(원) (국세심판결정 전 피고주장)	손금부인액(원) (국세심판결정 전)	최초 법인세 부과액(원) (가산세 포함)
1999	1,893,213,950	1,406,410,457	251,473,263 (임차료의 귀속사업연도 차이에 따른 손금부인액 235,330,230원은 원고가 다투지 않는 부분으로 제외함)	264,912,880
2000	1,525,199,540	1,100,105,730	425,093,810	406,104,890
2001	1,361,444,820	167,291,977	1,194,152,843	651,410,160
2002	1,115,710,120	120,841,780	994,868,340	394,797,470
2003	870,196,320	91,736,176	778,460,144	349,683,130
합계	6,765,764,750	2,886,386,120	3,644,048,400	2,066,908,530

마. 그 후 원고가 제기한 국세심판 절차에서 국세심판원은 2005. 11. 1 피고의 위 부과처분 중 증빙불비 가산세 합계 금 140,191,567원(2000년 97,205,020원, 2001년 21,651,159원, 2002년 21,335,388원)의 적용을 배제하는 한편, 원고와 ○○공업 사이의 지급임차료가 과다하여 부당행위계산 부인 대상이 된다고 판단하면서도 다만, 그 기준이 적정임차료를 1999사업연도부터 2003사업연도까지 전체에 대하여 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정 되기 전의 것, 이하, ‘구 시행령’이라 한다.)을 적용하여 산정한 후 그 금액을 기준으로 부당행위계산 부인하여 과세표준 및 세액을 경정한다는 결정을 하였고, 이에 피고는 구 시행령에 따라 적정임차료를 재산정한 후 원고에게 부과된 법인세를 아래 표 ‘감액 경정 후 법인세 부과액’란 기재와 같이 감액경정하였다.(이하, 감액된 2004. 8. 10.자 각 부과처분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다.).

사업연도	지급임차료(원)	적정 임차료(원) (국세심판결정 전 피고주장)	손금부인액(원) (국세심판결정 전)	최초 법인세 부과액(원) (가산세 포함)
1999	1,893,213,950	1,406,410,457	251,473,263 (임차료의 귀속사업연도 차이에 따른 손금부인액 235,330,230원은 원고가 다투지 않는 부분으로 제외함)	264,912,880
2000	1,525,199,540	1,100,105,730	425,093,810	308,664,110
2001	1,361,444,820	763,938,325	597,506,495	357,618,030
2002	1,115,710,120	450,118,087	665,592,033	253,586,140
2003	870,196,320	333,537,502	536,658,818	268,819,040
합계	6,765,764,750	4,054,110,100	2,476,324,420	1,453,600,200

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 11~5, 갑2-1,2, 갑 3-1~4,을 1-1~7,을 2-1~7,을 3-1~8,을 4-1~9, 을 5-1~9, 을 5-1~9, 을 6-1~6, 을 7의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 인정사실 가. 자동차부품 제조업체인 ○○공업은 ○○자동차의 오랜 협력업체로서 소형 및 대형차량에 장착되는 부품을 제조하여 ○○자동차에 납품하여 왔다. 나. 한편, ○○자동차는 1994년 초경부터 ○○소나타 및 그랜저○○ 모델의 생산을 계획하면서, Under Hood Junction Box의 기술을 보유하고 있는 미국 델파이 팩카드 일렉트릭 시스템스 사업부(Delphi Packard Electric Systems Division (이하, ‘Delphi사’라 한다.)의 제안에 따라 이전 모델에 적용되던 분리형 방식 (자동차부품 중 콘트롤 박스를 실외에 설치하고 퓨즈박스는 실내에 설치하는 적용하는 방식)이 아닌 퓨즈 박스와 콘트롤 박스를 통합하여 전부 실외에 설치하는 통합형 방식을 위 차종에 처음으로 도입하기로 하고, 여러 협력업체 중의 하나인 ○○공업으로 하여금 Delphi사와 접촉하여 기술을 이전받은 후 위 통합형 방식에 사용되는 이 사건 각 부품을 납품하도록 하였다. 다. 이에 ○○공업은 Delphi사와 사이에 국내 합작법인을 설립하여 합작법인이 새로운 부품인 이 사건 각 부품을 납품하는 것으로 계획하고 Delphi사와 합작법인 설립을 추진함과 아울러 ○○자동차의 관여 하에 ○○자동차의 새로운 모델 ○○ 소나타와 그랜저○○에 적용될 이 사건 각 부품의 개발을 시작하였는데, 이를 위하여 ○○공업과 Delphi사는 각자 ○○자동차에 기술자를 파견하기도 하였다. 라. 그러나 위 합작을 위한 협상과정에서 합작조건에 대한 의견차이로 ○○ 공업과 Delphi사 사이의 합작법인 설립계획이 무산되기에 이르렀는데, 이 사건 각 부품의 개발 단계부터 관여한 ○○공업은 이 사건 각 부품의 신규생산 및 납품이라는 사업기회가 거의 보장되는 상황에서 좋은 사업기회를 포기할 수 없었다. 이에 ○○공업은 이 사건 각 부품의 제작을 위해 1997. 4. 16.경 Delphi사와 사이에 Delphi사의 특정기술정보를 이용할 수 있는 비독점적 라이센스(license) 부여에 관한 기술협약(Technical Information & Assitance Agreement : TIAA)을 맺고 이 사건 각 기계장치를 사용하여 제조한 제품판매액의 4%에 해당하는 기술료(royalty)를 지급하기로 약정하였으며, 1997. 10. 14 Delphi사와 사이에 위 기술이 적용되는 이 사건 각 기계장치의 주문제작 및 판매계약을 체결하였고, 이에 따라 이 사건 각 기계장치는 1997년 말경에 국내에 설치되었다. 마. 한편, ○○공업은 차후 합작법인 설립가능성을 열어둘 필요가 있었고, 당시 외환위기 상황에서 경영상의 위험을 분산할 필요가 있었으며, ○○공업의 공장입지가 포화상태에서 새로운 공장의 설치가 불가피하다는 경영상의 판단 하에 다른 관계회사를 설립하여 ○○ 소나타 및 그랜저○○ 전용 이 사건 각 부품의 생산 및 ○○자동차에 대한 납품사업을 영위하도록 하기로 결정하였고, 이에 20%의 지분을 출자하여 1997. 12. 30. 원고를 설립하였다. 바. 원고는 설립 이후 이 사건 각 기계장치를 이용하여 이 사건 각 부품을 제조, ○○자동차에 납품하여 왔고, 1998. 12. 31. 이 사건 각 기계장치를 사용하여 제조한 제품판매액의 4%로 계산된 기술료(royalty)를 지급할 의무 등 ○○공업과 미국 Delphi사와의 기술협약상의 모든 권리와 의무를 승계받기로 하였으며, 이에 따라 Delphi사에 기술료를 직접 지급하여 왔는데, 2003년에는 382,599,990원을, 2004년에는 184,837,820원을 기술료로 지급하였다. 한편, 원고가 설립되기 전에는 ○○공업이 Delphi사로부터 이 사건 각 기계장치가 설치된 이후에는 원고가 이 사건 각 기계장치를 이용하여 이 사건 각 부품을 생산, 납품한 바는 없다. 사. ○○공업은 이 사건 각 기계장치를 구입하면서 1997. 12. 2. 이사건 각 기계장치를 담보로 제공하고 ○○은행의 전신인 구 ○○은행으로부터 1년 거치 5년 분할 상환 조건으로 미화 2,180,000달러의 외화시설자금대출을 받았고(당시 이자율은 외화대출기준금리(Libor) + 1.5%였으나, 1998. 1. 1.부터 Libor + 4%로 변경되었다.}, 1999. 3. 2.부터 2003. 12. 2.까지 위 대출금을 환율에 따라 원화로 상환하였는데, 상환한 원금총액은 2,746,800,000원이고, 지급한 이자 총액은 922,945,215원이다. 아. 원고가 이 사건 각 부품을 제조, ○○자동차에 납품하게 됨에 따라 ○○ 공업은 이 사건 각 기계장치를 원고에게 양도하고자 하였으나, 시설자금대출은행인 구 ○○은행이 이 사건 각 기계장치를 양도하려면 차입원금을 전액 상환하고 담보권을 해제하여야 한다는 입장을 취하는 바람에 ○○공업으로서는 위 차입금을 일시 상환하지 아니하고는 이 사건 각 기계장치를 양도할 수 없었으나 자금사정상 일시 상환이 불가능하였다. 한편, 원고가 은행으로부터 신규로 대출받아 위 ○○은행의 시설자금대출을 상환하고 이 사건 각 기계장치를 ○○공업으로부터 매수하려는 방법을 고려해 보았지만 원고는 신설법인으로서 신용도가 낮아 이와 같은 방법을 사용하는 것도 불가능하였다. 자. 이에 원고와 ○○공업은 1998. 1. 7. 임대차기간은 6년으로 하되, 생산준비기간인 최초 1년 동안에는 이자만 지급하고, 양산체제에 들어가는 2년차 이후부터 5년간 이 사건 각 기계장치의 취득가액 5,371,828,239원(미화 3,124,150 달러)의 95%인 5,103,236,827원을 매월 균등상환하고, 잔존 취득가액 부분에 대하여 국세청 고시 당좌대출이자율(당시 13%)을 적용한 이자를 임차료에 포함하는 내용의 이 사건 임대차계약을 체결하였다. 그런데 이 사건 임대차계약에는 계약해제 조항이 존재하지 아니하고, 물건의, 사용, 보관 및 유지에 대하여 임차인인 원고에게 부담을 지우며(계약조건 제5조),물건의 하자로 인하여 제작자 또는 공급자를 상대로 손해배상을 청구하거나 기타 필요한 조치를 취할 경우 임대인인 ○○공업과 협의하여 원고가 비용부담과 주관하에 이행하여야 하고, 원고가 부담한 모든 비용은 ○○공업에 청구하지 못하며(계약조건 제4조 제2항), 임대 기간 종료 후에 잔존가액(취득가액의 5% 상당)을 기준금액으로 하여 물건을 재임대하되, 원고가 매입을 희망하는 경우 쌍방 합의하에 재임대원금을 매매대금 으로 하여 매입할 수 있도록 규정하고 있다(계약조건 제11조). 차. 원고와 ○○공업이 이 사건 각 기계장치의 임대차기간을 6년으로 한 이유는, 이 사건 각 기계장치가 ○○ 소나타 및 그랜저○○에 새롭게 적용되는 이 사건 각 부품을 생산, 납품하기 위한 것으로서, 당시 위 모델 이후 다음 모델에도 이러한 기술이 적용되리라 예상할 수 없었고, ○○ 소나타 및 그랜저○○의 양산 기간이 5년 정도로 예상되었기 때문에 이 사건 각 기계장치의 경제적 가치 유지 예상기간인 5년에 맞추기 위한 것이었다. 임대차기간을 정함에 있어서 1년 거치 5년 분할상환이라는 위 시설자금대출금의 상환일정도 고려되었다. 카. 보통 자동차모델의 경우 그 양산기간은 짧게는 4년, 길게는 6년 정도로 예상되고, ○○공업이 Delphi사와의 합작법인설립과정에서 주고받은 의향서와 Delphi사가 ○○공업으로 보낸 공문에도 차종(○○ 소나타 및 그랜저○○)의 생산 계획기간(Planned Program Life of this platform)이 5년으로 기재되어 있으며, ○○자동차는 ○○ 소나타 및 그랜저○○의 4 내지 6년의 생산계획이 표시된 문서를 원고에게 교부한 적이 있다. 타. 그런데 ○○ 소나타 및 그랜저○○는 오랜 기간 호평을 받아 ○○ 소나타는 1998. 3.부터 2004. 8.까지. 그랜저○○는 1998. 10.부터 2005. 3.까지 각 6년 6개월가량 생산되어 모두 당초 계획보다 그 양산기간이 다소 길어지게 되었다. 파. 한편, 정부 및 정부투자기관에 ① 리스금액 21억, 적용금리 22%(전 기간 고정금리), 리스기간 42개월, ② 리스금액 6억, 적용금리 25%(3년 고정, 이후 금리조정), 리스기간 60개월의 각 조건으로 리스계약을 체결, 실행한 바 있는 ○○ 캐피탈 주식회사는 이 사건 각 기계장치를 리스할 경우 보증금 없이 리스료납입은 2개월 후불로 하고, 리스기간 72개월로 하면 계약 종료시 리스금액의 5%로 양도 또는 재리스하고, 적용이자율을 27.5%(=기준금리(3년 만기 회사채 이자율 23.5% + 4%인}로 할 경우 매 2개월 리스료가 307,464,352원으로 리스료 합계가 11,068,716,672원에 이른다는 의견을 제시하였다. 하. 원고는 이 사건 임대차계약 기간 만료 후 ,계약기간 도중에 구입한 자절기를 제외한 이 사건 각 기계장치를 ○○공업의 장부상 마상각잔액을 기준으로 2007. 12. 31.까지 4년간 재임차하였고, 이에 2004년부터 2007년까지 매년 169,520,000원을 ○○공업에 지급하도록 되어 있다. 거. 원고의 2003년까지의 사업은 이 사건 각 기계장치를 이용하여 이 사건 각 부품을 제조, ○○자동차에 납품 · 판매하는 것이 전부였다. 한편, 원고는 이 사건 임대차계약이 종료된 2003년 이후에도 ○○자동차의 요청에 의하여 AS나 중국 등 현지 공장에서 생산되는 차량에의 장착을 위해 이 사건 각 부품을 생산, 납품하고 있기는 하나 그로 인하여 얻는 이익은 별로 없는 실정이다. 너. ○○ 소나타 및 그랜저○○ 이후의 모델인 ○○ 소나타 및 그랜저○○에는 새로 적용된 전기 · 전자 기술과 차량 엔진룸의 구조상 이 사건 각 부품의 사용이 불가능하여 다른 제품을 채택, 사용하고 있다. 이에 원고는 ○○ 소나타 및 그랜저○○와 관련하여 ○○자동차에 이 사건 각 부품이 아닌 배선부분의 부품을 납품 하고 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 4, 갑 5-1,2, 갑 6-1~4 갑8~1, 갑 12-1,2, 갑 13-12, 갑 14-1,2, 갑16-1~3, 갑17-1,2, 갑 18, 갑 19-1,2, 을 6-1~6, 을 10~13, 을 15, 을 16, 을 17의 각 기재, 증인 ○○○, ○○○의 각 증언, 이 법원의 ○○기아자동차에 대한 사실조회 결과, 별론 전체의 취지 3. 관계법령과 그 해석 및 이 사건에 있어서의 적용방법 가. 관계법령 ▶ 법인세법◀ 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세자 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와는 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위 계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 · 이자율 · 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다.)을 기준으로 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▶ 법인세법시행령(2000. 12. 29 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) ◀ 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율 · 요율이나 임차료로 차용 하거나 제공 받은 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다. 2. 상속세및증여세법 제38조 동법 · 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다.)을 시가로 한다. 다만, 당해 법인에게 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금(법인 또는 사업을 영위하는 개인에게 대여한 경우로서 상환기간을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 경우의 그 대여금을 제외한다.)에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다. ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다.)또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액 가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 나. 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도 중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다.) 및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로써 발생하는 비용의 합계액 ▶ 법인세법시행령(2000. 12. 29 대통령령 제17033호로 개정된 것) ◀ 제89조(시가의 범위 등) ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다.) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공 받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 나. 관계법령의 해석 및 이 사건에 있어서의 적용방법 (1) 부당행위계산의 부인이라 함은 납세가가 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법과 소득세법에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 납세자와 특수관계자의 거래가 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를ㄹ 방지하고자 하는 것이며, 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001누7268 판결 등 참조). 한편, 법인세법 시행령 제88조는 제1항 제7호는 부당행위계산 부인대상의 하나로 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우를 들고 있고, 구시행령 제89조 제1항, 제2항에 의하면, 부당행위계산의 부인과 관련하여 시가는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간의 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고, 시가가 불분명한 경우에는 보충적으로 ① 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액과 ② 상속세및증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차로 적용하도록 규정하고 있으며, 구시행령 제89조 제4항에서는 유형 또는 무형의 자산의 제공에 있어서 구시행령 89조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 ① 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(제1호 가목)과 ② 당해 재산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도 중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다.) 및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(제1호 나목) 중 큰 금액을 적용하여 적정임대료를 산정하도록 하고 있다. 그렇다면, 유형자산의 임차에 있어서 그에 관한 가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보아 임차료를 평가 하여야 하고, 그와 같은 실례가 없거나 실례가 있더라도 그 거래가액이 일반적이고도 정상적인 가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 없는 경우로서 달리 시가를 산정할 방법이 없는 경우에는 구시행령 제89조 제4항에서 정한 보충적 평가방법에 의하여 적정임차료를 평가하여야 하며, 한편, 시가나 보충적 평가방법에 의한 가액을 초과하는 임차료를 하였다 하더라도 그 거래가 경제적 합리성을 결한 것이 아니면, 부당행위계산 부인을 할 수 없다 할 것이다. 그런데 조세소송에 있어서 과세관청이 과세처분의 적법성을 입증하여야 하고 과세처분을 하기 위해서는 과세요건 사실의 인정이 필요하므로 과세요건사실의 존부 또는 과세 표준에 관하여 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담한다 할 것인바, 부당행위계산 부인에 있어서도 원칙적으로 과세관청이 납세의무자의 행위가 부당행위계산에 해당한다는 점을 입증하여야 하고, 시가와의 비교를 필요로 하는 부당행위 계산유형에 있어서는 시가를 과세관청이 입증하여야 할 것이나, 과세관청으로서는 법인세법 시행령 제88조 제1항 등에서 정하여진 유형의 행위에 해당하는 것만 입증하는 것으로 족하고, 부당행위계산 부인 규정의 적용을 피하기 위해서는 납세의무자가 조세의 감소가 없다거나 거래가 경제적 합리성이 있어 조세를 부당하게 감소한 것이 아니라는 점을 입증하여야 한다. (2) 이 사건의 경우, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 각 기계장치는 이 사건 임대차계약 체결 당시 ○○자동차가 생산을 계획하던 ○○ 소나타 및 그랜저○○에 사용될 이 사건 각 부품을 제조하기 위하여 특별 주문 생산된 것으로서, 이 사건 각 기계장치의 임대사례가 전혀 없고, 임차료에 관한 감정가액이 있다는 점에 관하여도 아무런 자료가 없어 달리 적정임대료를 산정할 방법이 없으므로 보충적 평가방법을 택할 수밖에 없다고 할 것이다. 그런데 피고가 구시행령 제89조 제4항에서 정한 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 각 기계장치의 적정임대료를 산정한 사실은 위 인정과 같고, 원고가 ○○공업에 지급한 임차료는 위 평가액을 초과하므로, 원고의 이 사건 각 기계장치에 관한 임차료 지급은 일응 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호 소정의 ‘특수관계에 있는 자로부터 자산을 시가보다 높은 임차료로 제공 받은 경우’에 해당한다. 그러므로 이사건의 쟁점은 결국 이 사건 각 기계장치에 관하여 원고가 ○○ 공업에게 지급한 임차료가 거래의 경제적 실질을 반영한 적정임차료로서 경제적 합리성을 갖춘 것인지 여부에 있다고 할 것이다. 4. 원고의 주장 및 이에 대한 판단 가. 원고의 주장 ○○공업은 당초에 외국회사와 합작법인을 만들어 이 사건 각 부품을 제조한 후 ○○자동차에 납품하기 위하여 이 사건 각 부품의 제조장치인 이 사건 각 기계장치를 수입하였는데, 합작법인의 설립이 무산되고, ○○공업이 이 사건 각 부품을 직접 제조·납품하기도 여의치 않게 되자 자회사인 원고를 설립하여 원고로 하여금 이 사건 각 부품을 제조, ○○자동차에 납품하도록 하였다. 이에 원고는 ○○공업으로부터 이사건 각 기계장치를 양도받으려 하였으나 이 사건 각 기계장치가 ○○공업의 시설자금대출에 대한 담보로 제공되어 있는 등 여러 사정에 의하여 그 양수가 어렵게 되자 이를 임차하여 사용하되 ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 취득하기 위하여 투하한 자본을 회수 할 수 있는 수준의 임차료를 지급하기로 하였다. 따라서 원고가 ○○공업에게 이 사건 각 기계장치에 관하여 지급한 임차료는 거래의 경제적 실질을 반영한 적정 임차료로서 경제적 합리성을 갖추고 있다 할 것이므로 부당행위계산 부인의 대상이 될 수 없고, 결국 이 사건 각 부과처분 중 이와 전제를 달리한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다. 나. 판단 그러므로 과연 원고가 이 사건 각 기계장치를 임차하여 사용하면서 지급한 임차료가 거래의 경제적 실질을 반영한 적정 임차료로서 경제적 합리성을 갖추고 있는 것인지 여부에 관하여 본다. 위 인정사실에 의하면, ○○자동차가 1994년 초경부터 ○○ 소나타 및 그랜저○○의 생산을 계획하면서 위 모델에 신기술이 적용된 이 사건 각 부품을 적용 하기로 하였고, ○○공업과 ○○자동차 및 이 사건 각 부품의 제조기술의 보유자인 Delphi사가 공동으로 이 사건 각 부품의 개발에 참여하였으며, ○○공업이 Delphi사와의 합작법인을 통하여 이 사건 각 부품을 제조, 납품하려 하였으나 위 합작이 무산되자 여러 가지 경영상의 이유로 자회사인 원고를 설립하여 이 사건 각 부품의 제조, 납품을 하도록 하기로 결정하였고, 이에 원고와 ○○공업과 Delphi사 사이에 체결된 기술협약상 지위를 승계함과 아울러 이 사건 각 부품의 제조를 위해 Delphi사로부터 주문제작·수입한 이 사건 각 기계장치를 양도받으려 하였는데, ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 은행에 담보로 제공하고 시설자금대출을 받은 관계로 위 대출금을 일시에 상환하지 않는 한 양도를 할 수 없는 상황이었고, 신설 법인으로서 신용도가 낮은 원고가 위 대출금채무를 승계하고 이를 양수하기도 어려운 상황에서 원고가 이 사건 각 기계장치를 사실상 양도받는 것과 마찬가지의 경제적 효과를 얻을 목적으로 이 사건 임대차계약을 체결 하였고, 임차료와 임차료 지급방법을 정함에 있어서 ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 취득하기 위하여 투하한 자금을 회수하는 수준, 즉 이 사건 기계장치의 취득가액에 이에 대한 이자를 더한 금액을 임차료로 지급하기로 하되, 이 사건 각 부품을 사용하는 ○○ 소나타 및 그랜저○○의 양산기간이 5년으로 예상되므로 이 사건 각 부품의 제조를 위한 이 사건 각 기계장치의 경제적 가치의 유지 기간 또한 5년 정도가 될것이라고 판단함과 아울러 ○○공업의 시설자금대출조건이 1년 거치 5년 상환이라는 점을 감안하여 임대차기간을 6년으로 정하며, 생산준비기간인 최초 1년동안에는 이자만 지급하고 양산체제에 들어가는 2년차 이후부터 5년간은 이 사건 각 기계장치의 취득가액의 95%인 5,103,236,827원을 매월균등상환함과 아울러 잔존 취득가액 부분에 대한 이자를 임차료에 포함하여 지급하기로 하였고, 그 이자율은 국세청장이 고시하는 당좌대월이자율을 적용하기로 하였으며, 아울러 임대차기간이 종료한 이후 이 사건 각 기계장치를 취득가액의 5% 선에서 원고에게 재임대하거나 매도하기로 하였음을 알 수 있다. 앞서 본 법리 및 이 사건 임대차계약의 체결 경위와 내용에다가 위 인정사실과 이 사건 변론 과정을 통해 나타난 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 각 기계장치의 효용은 오직 이 사건 각 부품을 제조, ○○자동차에 납품하게 된 원고에게만 있었고, ○○공업은 이 사건 임대차계약 체결 당시 애초에 이 사건 각 기계장치를 장차 반환받을 계획조차 없었던 것으로 보이는바, 이와 같이 임대임인 ○○공업이 임대물건인 이 사건 각 기계장치를 직접 사용·수익할 것으로 전혀 전제하지 않고, 임대차기간이 이 사건 각 기계장치의 경제적 내용연수의 대부분을 차지하고 있을 뿐만 아니라, 임대기간 종료 후 원고가 이 사건 각 기계장치를 재임차 하거나 매입할 수 있도록 규정함으로써 종국적으로 임차인인 원고가 이 사건 각 기계장치의 영구적 사용·수익권 또는 소유권을 취득할 것으로 예정하고 있고, 임차료지급 방법도 임대물건의 취득가액을 기초로 원리금상환방식으로 약정한 점에 비추어 볼 때 이 사건 임대차계약의 본질은 통상의 임대차계약이라기보다는 리스계약으로서 물적 금융에 가깝다고 할 것인 점, ② 원고가 ○○공업으로부터 이 사건 각 기계장치를 임차함으로써 사실상 이 사건 각 기계장치의 구매대금을 차용한 것과 같은 결과가 발생하였으므로 원고가 지급할 임차료에는 대출금의 이자 상당액을 포함하는 것은 지극히 타당해 보이고, 그 이자율을 정함에 있어서 특수관계자 사이의 금전 대여시 시가로 판단되는 구시행령 제89조 제3항 소정의 국세청 고시 당좌대월이자율을 적용하기로 한 것은 원고와 ○○공업이 특수관계에 있음을 고려할 때 일응 합리적이라 할 것인 점, ③ 이 사건 임대차계약의 실질을 물적 금융이라고 보지 않는다 하여도, 동산은 상대적으로 내구 연수가 짧아 임대기간이 내구 연수에 차지하는 비중이 매우 높으며, 임대기간 중 임대목적물의 가치상승은 기대할 수 없는 반면, 그 사용에 따른 실질가치 하락분은 매우 크고 더구나 이 사건 각 기계장치와 같이 범용성이 없고 그 효용이 짧은 경우에는 임대기간 이후 그 가치가 없게 되는 일까지 예상할 수 있으므로, 임대목적물의 가액은 대부분 임대료로 전환되어 임대인이 임대목적물의 취득을 위해 지출한 자금을 회수하는 것이 사회통념이나 상관행에 가깝다고 할 것인 점, ④ 만약 원고가 이 사건 각 기계장치를 ○○공업으로부터 임차하는 것이 아니라 동일한 조건으로 리스 회사를 통해 리스하였을 경우 리스료부담은 이 사건 임대차계약상의 임차료보다 훨씬 고액이 될 가능성이 큰 것으로 보이는 점, ⑤ 이 사건 각 부품을 적용한 차종의 양산기간을 반영한 이 사건 각 기계장치의 실질적 내용 연수 및 이 사건 각 기계장치의 모든 효용을 원고가 누리는 사정 등을 고려할 때 임대차기간 종료 이후 이 사건 각 기계장치의 잔존가액을 취득가액의 5%로 정하는 것이 불합리한 것으로 보이지 않는 점 들을 종합하여 볼 때, 원고가 ○○공업으로부터 이 사건 각 기계장치를 임대기간 6년으로 정하여 임차하면서 ○○공업에게 이 사건 각 각 기계장치의 취득원가에 당좌대출이자율을 적용하여 산정한 이자를 포함한 임차료를 지급한 행위를 두고 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니한 부자연스럽고 불합리한 행위라거나 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 행위하고는 볼 수 없을 것이고, 오히려 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의한 행위라고 봄이 상당하다 할 것이다. 5. 피고의 주장 및 이에 대한 판단 가. 피고의 주장 피고는 다음과 같은 사정을 들어 이 사건 임대차계약 및 그에 따라 임차료를 지급한 행위가 경제적 합리성을 결여한 것이라고 주장한다. (1) ○○공업이 이 사건 각 부품 사업을 하지 않기로 한 ○○공업에 있어서 제조설비로 사용할 수 없게 된 이 사건 각 기계장치는 유휴설비에 불과함에도 이를 임대자산으로 사용하면서 원고로부터 취득원금은 물론 이자까지 포함된 고율의 임대료를 지급 받은 것은 ○○공업이 유휴설비인 이 사건 각 기계장치를 보유함에 따라 입게 되는 손실을 원고의 비용으로 보전하는 것은 사회통념상 타당하지 않다. (2) 원고가 ○○공업이 은행으로부터 시설자금 대출시 적용했던 이자율보다 높은 당좌대출이자율을 적용하여 임차율을 산정하고 있고, 실제 ○○ 소나타와 그랜저○○의 양산기간이 당초 예상과 달리 다소 길어진 점, 원고와 Delphi사 사이의 기술협약에 따르면 기술정보의 기밀성을 12년간으로 약정한 점 등에 비추어, 이 사건 각 기계장치의 내구연한이 5년을 훨씬 초과함에도 합리적 근거 없이 이 사건 각 기계장치의 내용연수를 5년으로 보아 5년 만에 이 사건 각 기계장치의 취득가액의 95%를 상환하도록 한 것은 고액의 임차료를 비용처리하는 방식으로 회계처리함으로써 원고의 법인소득을 부당히 감소시키려 할 것이다. (3) 이 사건 임대차계약이 실질이 물적 금융이고 ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 사실상 보유하지 않았다고 하면서도 회계처리상 ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 자산으로 계상하여 감가상각비의 비용처리에 따른 조세의 절감효과, 담보제공에 따른 장기 처리대출 등 이 사건 각 기계장치의 보유에 따른 효익을 향유하도록 한 것은 부당하다. 나. 판단 (1) 유휴설비에 불과하다는 주장에 대하여 앞서 본 바와 같이 이 사건 임대차계약 체결 당시 ○○자동차는 이 사건 각 부품을 채택한 ○○ 소나타 및 그랜저○○의 양산을 앞두고 있었으므로 이 사건 각 기계장치의 보유는 사실상 ○○자동차에 대하여 이 사건 각 부품을 납품하는 사업기회의 확보로서의 의미가 있는 것이고, 만약 ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 원고에게 임대하지 않았다면 ○○공업의 직접 ○○자동차에 이 사건 각 부품을 납품하였을 것이므로 이 사건 임대차계약은 사실상 사업기회의 이전까지도 의미한다 할 것이서, 이 사건 각 기계장치는 ○○공업에 있어서도 유휴설비로 평가될 수 없다. 따라서, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. (2) 이 사건 임대차계약의 기간, 임차료 산정 및 지급 방식의 부당성 주장에 대하여 (가) 먼저, 임차료 산정에 적용한 이자율에 관하여 보건대, 구시행령 제89조 제3항은 구시행령 제 88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이하 한다.)을 시가로 한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행규칙(2004. 3. 5. 부령 제356호로 개정되기 전의 것) 제43조 1항은 구시행령 제89조 제3항 본문에서 “재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율”이라 함은 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하는 이자율을 말한다고 규정하고 있는 바, 원고가 ○○공업으로부터 이 사건 각 기계장치의 구매대금을 차용한 것과 같은 결과가 발생하였음을 고려할 때 원고와 ○○공업이 이 사건 각 기계장치의 잔존 취득가액에 대한 이자를 산정함에 있어 국세청 고시 당좌대출이자율을 적용하기로 한 것은 위 규정에 의한 이자울에 따른 것으로 일응 합리적이라 할 것이고, 비록 위 이자율이 ○○공업의 시설자금대출 당시 적용된 이자율보다 높다 하더라도 원고와 ○○공업 사이의 임대료 산정에 적용된 이자율이 적정한 지 여부는 그 이자율이 특수관계 없는 제3자 사이에서 적용될 이자율인지 여부에 따라 결정되는 것이지 자금을 제공하는 자의 자금조달에 적용된 이자율이 얼마인지에 따라 결정되는 것이 아니므로 이를 고려할 것은 아닌바, 이 사건 임대차계약의 실질 및 관계법령의 취지에다가 이 사건 임대차계약 체결 당시 원고는 신설 법인으로서 은행으로부터 고액의 대출을 받기가 어려웠고, 만약 대출을 받을 수 있다 하더라도 ○○공업의 경우와 같이 저리로 대출받을 수 없었을 것으로 보이는 반면, ○○공업이 원고가 아닌 제3자에게 대출을 하였다면 이 사건 임대차계약에 반영된 당좌대월 이자율보다 높은 이자를 받을 수도 있을 가능성도 없지 않으며, 만약 이 사건 임대차계약에 ○○공업이 받은 저리의 이자율을 반영하여 임대료를 산정하였다면 오히려 ○○공업이 원고에 대하여 낮은 이율로 자금을 제공한 것에 해당하는 것으로 보일 가능성도 있다 할 것이므로, 피고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다. (나) 다음으로 임대료 지급방식의 불합리성 주장에 관하여 본다. 피고는 이 사건 임대료 지급 방식의 불합리성에 대한 근거로 실제 ○○ 소나타와 그랜저 ○○의 양산기간이 당초 예상과 달리 다소 길어졌다는 사정을 들고 있으나 원고와 ○○공업이 임대료를 정한 방식에 합리성이 있는지 여부는 계약 당시의 사정을 기준으로 판단하여야 하는바, 임대차계약 체결 당시 ○○ 소나타와 그랜저○○이전의 다른 자동차모델의 경우 양산기간이 4년에서 6년 사이였으므로 위 ○○ 소나타와 그랜저○○의 양산기간 또한 누구나 그 정도로 예상하였을 것으로 보이고, ○○공업이 Delphi사와의 합작법인 설립과정에서 주고받은 의향서 등 문서에도 차종의 생산계획기간이 5년으로 기재되어 있었으며, ○○자동차가 원고에게 위 차종의 양산기간을 4년에서 6년으로 기재한 문서를 교부하기도 한 점은 위 인정과 같은바, 원고와 ○○공업이 이 사건 각 기계장치의 실질적인 내용연수를 위 차량의 양산기간에 맞춰 평가한 것은 충분히 합리적이라 할 것이고, 결과적으로 ○○ 소타나와 그랜저○○의 경우 당초 예상보다 양산기간이 길어진 것은 사실이나, 이는 위 모델들에 대한 반응이 좋아 당초 예상치 못한 수요가 발생하였기 때문일 뿐으로 임대차계약 체결 당시 고려될 수 없는 사정이므로 이와 같은 사정만으로 이를 불합리하다고 볼 수는 없다. 또한, 피고는 원고와 Delphi사 사이의 기술협약에 따르면 기술정보의 기밀성을 12년간으로 약정하고 있어 이 사건 각 기계장치의 예상 내용연수와 다르다는 점도 지적하고 있으나, 일반적으로 기술도입계약에서 기밀보장의무는 계약기간보다도 휠씬 오랜 기간 부과되는 것이 사례이고, 갑 제6호증의 1,2의 각 기재에 의하면, 오히려 위 기술협약에서 기술료 지급기간을 기술도입자가 계약제품의 상용생산 시작일로부터 5년간으로 정하고 있는바 이를 Delphi사가 이 사건 각 기계장치의 실질적 내용연수를 5년으로 파악하고 있었던 것으로 볼 수 있으므로 피고의 위 지적도 이유 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다. (3) ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 자산으로 계상하여 얻는 이익에 관한 주장에 대하여 이 사건 임대차계약의 경제적 실질이 물적 금융이고, 이 사건 각 기계장치의 실질적인 소유자는 원고라 볼 수 있으므로, 이러한 경제적 실질을 고려하면 이 사건 각 기계장치를 원고의 자산으로 계상하여 감가상각하는 것이 회계처리상 타당하다 할 수 있을 것이나, ○○공업이 법인세법상 국내 시설대여업자가 아닌 이상 이와 같은 회계처리는 애초에 불가능하다. 다만, ○○공업이 감가상각비의 비용처리에 따른 조세의 절감 효과, 담보제공에 따른 장기 저리대출 등 이 사건 가각 기계장치의 보유에 따른 효익을 향유하는 측면이 존재하므로 원고와 ○○공업이 이 사건 임차료를 산정함에 있어서 이와 같은 ○○공업의 이익을 반영하는 것이 합리적이라 할 것이다. 그러나 원고와 ○○공업이 이 사건 임차료를 산정함에 있어 앞서 본 바와 같이 여러 요소를 고려하였고, ○○공업이 이 사건 각 기계장치를 회계처리상 자산으로 보유함에 따라 얻게 되는 이익은 이 사건 임차료 산정에 있어서 중요하고 결정적인 사항은 아니라 할 것이므로 ○○공업의 위와 같은 이익을 임차료에 반영하지 않은 것만으로는 원고가 ○○공업에 지급한 임차료가 경제적 합리성을 결여한 것이라고 단정하기는 부족하다. 따라서, 피고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다. 다. 소결론 결국, 피고가 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 원고가 ○○공업에 지급한 임차료에서 피고가 구시행령 제89조 제4항의 규정에 의하여 산정한 적정임차료를 공제한 금원을 손금 부인한 것은 위법하고, 이 사건 각 처분 중 별지 부과처분 내역표 ‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분은 위법한 손금 부인에 기초한 것으로서 취소되어야 할 것이다. 6. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 부과처분 내역표

과세연 도	①부과세액		다투는 세무조정 내역 : 손금불산입(임차료 부당행위부인)	②다투는 세액	③정당한 세액(①-②)
1999	본세	132,826,776원	251,473,263원	70,245,969원	62,579,807원
1999	가산세	132,086,112원		69,062,803원	63,023,309원
2000	본세	172,695,764원	425,093,810원	109,711,067원	62,984,697원
2000	가산세	136,024,115원		89,740,671원	46,463,444원
2001	본세	224,029,224원	597,506,495원	195,803,930원	28,225,293원
2001	가산세	133,588,812원		117,216,897원	16,371,915원
2002	본세	188,294,959원	665,592,033원	178,989,197원	9,305,762원
2002	가산세	65,291,182원		62,572,087원	2,719,095원
2003	본세	154,677,766원	536,658,818원	144,592,984원	10,084,782원
2003	가산세	114,141,280원		34,538,110원	79,603,170원