+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

전주지방법원 2007.06.07 선고 2006구합2456 판결

특별부가세의 취득가액 산정[국패] 법인세법 전면개정 전에 취득한 재고자산의 차입금이자는 특별부가세의 과세표준계산에서 취득가액에 산입하여야 함

【주 문】 1. 피고가 2004. 12. 1. 원고에게 한 법인세특별부가세 1,381,858,536원의 부과처분을 취소한다 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○-○, ○○○호를 영업소로 하여 건축공사업, 주택건설업 등을 목적으로 하는 회사인데, 1994년경부터 1998. 6. 27. 까지 주택건설 용지로 사용할 목적으로 ○○시 ○○읍 ○○리 산○ 외 29필지의 토지 81,534㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 15,840,920,268원에 취득하였다가, 2000. 3. 7. ○○○○공사에게 이 사건 토지를 공공용지 협의취득 절차를 통하여 28,274,972,370원에 매도하였고, 위 양도가액에서 취득금액과 원고가 이 사건 토지를 취득하기 위하여 사용한 차입금의 지급이자 4,925,095,025원(이하 ‘이 사건 건설이자’라 한다)을 공제하여 법인세 특별부가세(이하 ‘특별부가세’라고만 한다)의 과세표준을 7,508,957,077원으로 산출한 후 그 세액을 1,126,343,561원으로 하여 2000년 사업연도 특별부가세 과세표준 및 세액을 신고 · 납부하였다. 나. ○○○○국세청장은 원고가 신고 · 납부한 위 특별부가세를 조사한 후, 피고에게, 이 사건 토지가 주택건설용지로 사업용 고정자산이 아닌 매매용 재고자산에 해당하고, 법인세법 시행령 제140조 제2항, 제72조 제2항 제2호, 제52조 제2항과 부칙 제2조에 의하여 이 사건 건설이자는 특별부가세를 산정함에 있어 취득가액에 포함되지 아니한다는 이유로 원고에 대한 특별부가세를 경정하도록 통보하였고, 이에 피고는 2004. 12. 1. 원고에게, 이 사건 건설이자를 취득가액에서 제외하여 특별부가세 과세표준과 세액(1,865,107,815원)을 다시 산출하고, 이에 부당과소신고가산세 147,752,850원, 납부불성실가산세 495,341,432원을 더한 다음, 원고가 이미 신고 · 납부한 1,126,343,561원을 공제하여 계산한 특별부가세 1,381,858,536원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다. 이에 대하여 원고는 2005. 2. 18. 국세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2006. 9. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다. 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑제1(가지번호 포함) 내지 6호증, 을제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자들의 주장 (1) 원고의 주장 ① 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정 되고, 2000. 12. 29. 대통령령 17033호로 개정되기 전의 것, 이하 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정 되기 전의 법인세법과 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 법인세법 시행령을 각 ‘구법, 구법시행령’이라 하고, 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정 되고, 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 법인세법과 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정 되고, 2000. 12. 29. 대통령령 17033호로 개정되기 전의 법인세법시행령을 각 ‘신법, 신법시행령’이라 한다) 제140조 제2항의 규정에 의하여 준용되는 신법시행령 제72조는 특별부가세 과세표준 산정에서 취득가액 계산의 핵심이 되는 규정이라고 할 것인데, 신법시행령 부칙 제2조는 신법의 특별부가세 규정의 적용시기에 대한 일반규정에 해당하고, 신법시행령 부칙 제8조는 특별규정에 해당하므로 특별규정 우선 원칙에 의하여 신법시행령 부칙 제8조가 부칙 제2조에 우선하여 적용된다고 보아야 하고, ② 구법과 구법시행령에서는 이미 ‘법인세’의 과세표준 계산에서 사업용 고정자산에 대하여만 건설자금 이자를 취득가액에 산입한다고 규정하고 있었고, 신법시행령 제72조 제2항 제2호의 규정도 같은 내용이므로 신법시행령 제8조 제3항이 “제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하여 그 적용대상을 한정할 실익이 없는 점에 비추어 보면, 신법시행령 제8조 제3항은 ‘법인세’에 한정하여 적용하기 위한 규정이라고 볼 수 없고, 구법과 구법시행령에서 ‘특별부가세’ 산정에 있어 취득가액에 포함되는 것으로 해석되던 재고자산에 대한 건설이자가 신법시행령에서는 제외됨으로 인하여 발생하는 부진정소급입법으로 인한 혼란과 다툼을 방지하기 위하여 그 적용대상을 한정한 것으로 해석하는 것이 타당하며, ③ 이와 반대로 해석할 경우, 신법의 개정 취지가 특별부가세의 부담을 경감하기 위한 것임에도 오히려 신법시행령은 재고자산에 대한 건설이자를 취득가액에서 제외하여 특별부가세의 부담을 강화함으로써 위 개정취지에 반하고, ④ 구법과 구법시행령에서는 재고자산에 대한 건설이자를 특별부가세의 과세표준 산정에 있어 취득가액에 포함하여 왔음에도 합리적 이유나 필요 없이 유예기간도 주지 않고 재고자산에 대한 건설이자를 취득가액에서 제외하는 것은 매우 부당하며, ⑤ 특별부가세와 관련하여, 법 개정의 핵심은 그 세율의 인하에 있었고, 신법 부칙 제2조는 그 인하된 세율을 신법 시행 후 양도분 부터 즉시 적용하기 위하여 마련된 규정이며, 신법시행령 부칙 제2조는 신법 부칙 제2조와 같은 내용에 불과하여, 신법시행령 부칙 제2조는 이를 재차 확인한 것에 불과하고, 신법시행령 부칙 제8조 제3항이 특별규정으로서 재고자산의 특별부가세 취득가액 산정과 관련된 개정규정의 적용 법위를 규정하고 있는 입법적 배려로 보아야 하며, ⑥ 신법시행령 제140조 제2항 제2호, 제3호의 규정은, IMF 이후 기업의 재무구조를 개선하고, 주택건설업체의 분양난을 해소하고자 ○○○○공사와 ○○○○공사로 하여금 기업 보유 부동산과 미분양 주택을 취득하게 하고, 이들에게 보유 부동산과 미분양 주택을 매각하는 기업에 대하여는 이러한 부동산 매각분에 대하여 조세감면규제법으로 특별부가세를 면제하여 주는 등의 방법으로 기업의 재무구조 개선을 지원할 목적으로 “○○○○공사와 ○○○○공사가 기업의 재무구조 개선 목적으로 1999. 12. 31. 이전까지 부동산과 미분양 주택을 취득하기 위하여 발행하는 토지개발채권, 주택채권의 이자를 취득가액에 포함”하고 있는데, 위와 같은 채권의 이자도 성질상 재고자산의 건설자금 이자에 해당하고, 위 규정은 신법시행령 부칙 제8조 제3항에 의하여 1999. 1. 1. 이후에 ○○○○공사나 ○○○○공사 외의 다른 기업이 취득하는 재고자산의 건설이자가 취득가액에서 제외되는 것을 전제로 하여, ○○○○공사와 ○○○○공사에 대하여는 1년을 더 연장하여 특별부가세 경감의 혜택을 주기 위한 규정이라고 할 것이고, 따라서 위 신법시행령 제140조 제2항 제2호, 제3호의 규정은 신법시행령 부칙 제8조 제3항이 특별부가세와 관련하여 적용되는 것을 전제로 한 것이므로 원고에 대한 특별부가세를 산정함에 있어서는 부칙 제8조 제3항이 적용되어 구법시행령 제124조의2 제2항을 적용하여 특별부가세의 취득가액에 이 사건 건설이자를 포함하는 것이 타당하다 할 것임에도, 이 사건 건설이자를 취득가액에서 제외한 이 사건 처분은 위법하다. 설령 특별부가세 과세표준을 산정함에 있어 취득가액에 이 사건 건설이자가 제외된다고 하더라도, 특별부가세 제도는 그 위헌성, 실효성 등의 문제로 인하여 2001. 12. 31. 폐지된 제도인데, 폐지된 이후 3년이 지나 이 사건 처분을 한 것은 원고의 신뢰를 침해한 것으로서 위법하다. (2) 피고의 주장 ① 특별부가세는 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 별개의 과세단위를 이루고 있는 만큼 법인세의 일반규정의 원리를 그대로 적용할 수 없고, ② 신법시행령 제140조 제2항 제1호는 특별부가세의 양도차익을 계산하기 위한 항목인 취득가액의 계산을 위하여 신법시행령 제72조의 규정을 준용한 것에 불과하며, ③ 신법시행령 부칙에서는 제2조에서 특별부가세에 대한 적용시기를 규정하고 있을 뿐, 제140조 제2항에 대하여는 별도의 적용시기를 규정하는 특별한 규정을 두고 있지 아니하고, ④ 신법시행령은 전문개정으로서, 전문개정의 특성상 부칙에서는 각 조문의 시행과 관련한 확인적 문구를 기재한 것에 불과하고, 이는 신법시행령 부칙 제8조 제3호의 규정도 마찬가지로 보아야 하며, ⑤ 신법시행령 부칙 제17조는 종전의 규정을 적용할 사항을 규정하고 있으나, 특별부가세에 대하여는 종전의 규정을 적용한다는 명문의 규정이 없고, ⑥ 신법시행령 제72조는 신법시행령 제5관 손익의 귀속시기 등과 관련된 조문이고, 신법시행령 부칙 제8조는 조문의 제목을 “손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례”라고 하고 있으며, ⑦ 신법시행령 제140조 제2항 제2호, 제3호의 규정은 특별부가세가 양도할 당시의 규정에 따라 부과될 뿐이어서, 취득을 유인하는 효과를 기대하기 어려운 특징이 있어, ○○○○공사와 ○○○○공사로 하여금 미분양토지와 주택을 취득하도록 유인하고, 그 유인의 효과를 양도시까지 유지하도록 하기 위한 예외규정이지, 취득가액에 대한 적용시기를 1년 늦추기 위한 것으로 볼 수 없는 점에 비추어 신법시행령 부칙 제8조 제3항에서 정하고 있는 제72조의 적용시기는 “법인세”에 한정하여 적용할 시기를 규정한 것이라고 보아야 하고, 특별부가세에 대하여는 적용되지 아니한다고 보아야 하고, 특별부가세의 적용대상에 대하여는 신법시행령 부칙 제2조를 적용하여야 할 것이므로 이 사건 처분은 적법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 (1) 특별부가세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 법인세의 일종으로서 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2001. 7. 27. 선고 99두8268 판결 등 참조). 따라서 재고자산을 구법과 구법시행령하에서 취득하고, 이를 신법과 신법시행령하에서 양도한 이 사건에 있어서 양도 당시에 유효한 법령인 신법과 신법시행령이 적용되어야 함이 원칙이라 할 것이다. (2) 그런데 신법시행령 제140조 제2항 제1호는 특별부가세 과세표준과 관련하여 구법 시행령 제124조의2 제2항의 “건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액”이라는 문구를 삭제하고, 신법시행령 제72조 제1항 내지 제3항, 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산하도록 하고 있어(다만, 제72조 제2항 제1호의 익금산입 금액을 제외하고, 제72조 제3항에서는 자산의 취득가액에 포함하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 같은 조 제1호의 현재가치할인차금을 포함하도록 규정하고 있다), 신법시행령 제72조는 특별부가세의 과세표준 산정에 있어 핵심조문이라고 할 것인데, 신법시행령 부칙 제8조는 제72조의 개정규정을 신법시행령 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있을 뿐, 다른 조문에 의하여 준용되는 경우에도 그 적용대상을 신법시행령 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용할 것인지에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니한바, 신법시행령 부칙 제8조는 신법시행령 제72조의 개정규정을 신법시행령 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용하도록 명문으로 정하고 있는 반면, 위 부칙 제2조는 특별부가세의 개정규정의 적용례에 관한 일반규정에 해당할 뿐만 아니라, 자산의 양도시기에 대하여만 규정하고 있을 뿐, 그 취득시기에 관하여 달리 규정하고 있는 것이 아니어서, 위 부칙 제8조의 적용을 배제할 근거가 된다고 볼 수 없고, 조세법률주의의 원칙상 세법의 해석은 엄격하여야 하고, 합리적인 근거가 없는 한, 납세자에게 이익이 되는 규정을 축소하여 해석하는 것은 허용될 수 없는 것이므로 위 부칙 제8조의 규정을 배제할 다른 특별한 명문의 규정이 없는 한, 위 부칙 제8조에 의하여, 신법 시행령 제72조는 신법시행령 제140조 제2항 제1호에 의하여 준용되는 경우에도 그 적용대상이 신법시행령 시행 후 최초로 취득한 분부터로 한정된다고 할 것이다. 결국, 특별부가세와 관련하여도, 신법시행령 제72조가 적용되는 범위는 신법시행령 시행 후 최초로 취득하여, 이를 양도하는 분부터 적용된다고 할 것이다. (3) 한편, 신법시행령에서 특별부가세의 과세표준을 산정함에 있어 적용될 규정은 신법시행령 제140조라고 할 것인데, 신법시행령 부칙에서는 신법시행령 제140조의 적용대상이나 시기를 한정하는 별도의 규정이 없고, 다만, 제2조에서 특별부가세에 관한 개정규정을 신법시행령 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있을 뿐이므로 신법시행령 시행 후 양도하는 자산에 대한 특별부가세의 과세표준 산정에 있어서는 그 취득시기와 관계없이 신법시행령 제140조의 규정에 의하여야 할 것으로 보이기는 하나, 위에서 본 바와 같이 신법시행령 부칙 제8조에 의하여, 신법시행령 제72조는 신법시행령 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용하여야 할 것이고, 신법시행령 시행 전에 취득한 분에 대하여는 적용할 수 없으므로 신법시행령 시행 전에 취득하여 신법시행령 시행 후에 양도한 자산에 관하여 신법시행령 제140조 제2항 제1호를 적용하되, 다만, 양도자산의 취득가액을 산정함에 있어서는 신법시행령 제72조를 적용할 수 없고, 구법시행령 제124조의2 제2항을 적용할 수밖에 없다고 할 것이다. (4) 따라서 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액에 포함되는 “건설자금에 충당한 금액의 이자”를 특별히 “법인의 사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자”로 제한하고 있지 아니하고 있고, 비록 구법 제16조 제11호, 구법시행령 제33조 제1항, 제2항이 법인의 고정자산 건설자금에 소요된 차입금의 이자에 대하여 당해 사업연도의 손금으로 전액 산입되는 것을 부인하고 이를 자본적 지출로 하여 취득원가에 산입하여 감가상각의 방법으로 손금 처리하도록 규정하고 있어 법인세의 과세표준 계산에 있어서 고정자산에 대해서만 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 취득원가에 산입하도록 되어 있지만, 특별부가세는 토지 등의 자산의 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세의 일반규정의 원리가 그대로 적용될 수는 없는 것이므로 위 규정들이 특별부가세의 과세표준(양도차익)의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 “건설자금에 충당한 금액의 이자”를 “사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자”로 축소해석 할 근거는 되지 못한다 할 것이며, 오히려 사업용 고정자산의 양도의 경우에 있어서 구법 시행령 제48조 제2항의 규정에 의한 취득가액과 구법 시행령 제33조 제2항, 제1항에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자가 그 중 일부는 구법 시행령 제12조 제2항 제5호 소정의 감가상각비로서, 나머지는 같은 제1호 소정의 양도 당시의 장부가액으로서 이미 법인세의 과세표준 계산에 있어서 전액손금에 산입되었음에도 구법 시행령 제124조의2 제2항이 특별부가세의 과세표준의 계산에 있어서도 그 전액을 양도가액에서 공제하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 매매용 재고자산의 양도의 경우에도 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 과세표준계산에 있어서 양도가액에서 공제되어야 할 것이므로(대법원 1990. 11. 27. 선고 90누3607 판결 참조) 특별부가세의 취득가액에 이 사건 건설이자를 포함하여 양도가액에서 공제하여야 할 것임에도, 이 사건 건설이자를 취득가액에서 제외하고 한 피고의 이 사건 처분은 위법이다 3. 결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 관 계 법 령 ■ 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제16조 (손금불산입) 다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다. 11. 다음 각목의 1에 해당하는 차입금의 이자 가. 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자 제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다. ③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다. ④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제59조의2 (과세표준) ① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분 (이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. ③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 장부가액 을 각각 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 장부가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 장부가액으로 한다. 1. 취득가액. (단서생략) 2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 ■ 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제33조 (손금불산입되는 차입금의 이자 등) ① 법 제16조 제11호 가목에서 “대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자”라 함은 그 명목여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입·제작·건설(이하 이 조에서 “건설”이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다. ② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 사업에 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다. ③ 차입한 건설자금의 일부를 운영자금에 전용한 경우에는 그 부분에 상당하는 지급이자는 손금으로 한다. ④ 차입한 건설자금의 연체로 인하여 생긴 이자를 원본에 가산한 경우에 그 가산한 금액은 이를 당해 사업년도의 자본적 지출로 하고, 그 원본에 가산한 금액에 대한 지급이자는 이를 손금으로 한다. ⑤ 건설자금의 명목으로 차입한 것으로서 그 건설이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 사업년도의 손금으로 한다. 이 경우에 건설의 준공일은 당해 건설의 목적물이 전부 준공된 날로 한다. 제37조 (자산의 취득가액 등) ① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세 · 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조 · 생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비 · 노무비 · 운임 · 하역비 · 보험료 · 수수료 · 공과금(취득세와 등록세를 포함한다) · 설치비 기타 부대비용의 합계액 3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 정상가액 ② 법 제17조 제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 제36조 제1항 제5호의 규정에 의하여 장기할부조건 등으로 자산을 취득하는 경우에 발생한 채무를 현재가치로 평가하여 계상한 현재가치 할인차금의 상각액 및 재정경제부령이 정하는 연지급수입의 경우에 제1항의 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액에 대하여는 법 제18조의3 · 법 제39조 · 법 제59조 및 법 제63조의 규정을 적용하지 아니한다. ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 제12조 제1항 제10호의 규정에 의하여 수익으로 보는 금액을 포함하며, 자산의 평가차익 중 제12조 제1항 제5호의 규정에 의하여 수익으로 보지 아니하는 금액과 제46조 제2항 제4호의 규정에 의한 시가초과액은 포함하지 아니한다. 제124조의2 (특별부가세의 과세표준계산) ① 법인이 각 사업연도에 2이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제59조의2 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제59조의2 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제59조의2 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다. ② 법 제59조의2 제3항에서 “취득가액”이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다. ■ 신 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되어 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제19조 (손금의 법위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제28조 (지급이자의 손금불산입) ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 3. 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자 제41조 (자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액 ② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제99조 (과세표준) ① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. ② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. ③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. 1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. 2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 ■ 신 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되어 2000. 12. 29. 대통령령 17033호로 개정되기 전의 것) 제52조 (건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위) ① 법 제28조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자”라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입 · 제작 또는 건설(이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다. ② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다. ③ 차입한 건설자금의 일부를 운영자금에 전용한 경우에는 그 부분에 상당하는 지급이자는 이를 손금으로 한다. ④ 차입한 건설자금의 연체로 인하여 생긴 이자를 원본에 가산한 경우 그 가산한 금액은 이를 당해 사업연도의 자본적 지출로 하고, 그 원본에 가산한 금액에 대한 지급이자는 이를 손금으로 한다. ⑤ 건설자금의 명목으로 차입한 것으로서 그 건설 등이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 사업연도의 손금으로 한다. 이 경우 건설 등의 준공일은 당해 건설 등의 목적물이 전부 준공된 날로 한다. 제72조 (자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세 · 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다. 1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 2. 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자 제140조 (특별부가세의 과세표준계산)① 법인이 각 사업연도에 2이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다. ② 법 제99조 제3항에서 “취득가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합계한 금액을 말한다. 1. 제72조 제1항(동항 제3호 및 제4호의 규정은 현물출자의 경우에 한한다) 내지 제3항 및 동조 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액. 다만, 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 익금산입금액을 제외하고 동조 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함한다. 2. 한국토지공사법에 의한 한국토지공사가 부동산을 취득(기업의 재무구조개선을 지원하기 위하여 1999년 12월 31일 이전에 취득하는 것에 한한다)하기 위하여 발행하는 토지개발채권의 이자 3. 대한주택공사법에 의한 대한주택공사가 주택건설사업자의 미분양주택을 취득(1999년 12월 31일 이전에 취득하는 것에 한한다)하기 위하여 발행하는 주택채권의 이자 부 칙 제1조 (시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조, 제9조, 제12조 내지 제15조, 제72조, 제82조 내지 제85조, 제88조, 제96조, 제97조, 제116조, 제120조, 제123조, 제124조의 개정규정(분할에 관한 부분에 한한다) 및 제36조 제2항, 제56조 제1항 및 제62조 제1항 제5호 · 제14호의 개정규정과 부칙 제13조 제1항의 규정은 공포한 날부터, 제54조 및 제120조 제2항 내지 제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 청산소득에 관한 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 해산 또는 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용하고, 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제8조 (손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례) ③ 제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다. 제15조 (일반적 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 법인세에 관하여는 종전의 규정에 의한다. 제17조 (손익의 귀속사업연도 등에 관한 경과조치) ① 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업년도의 개시일 전에 자산 등의 판매 · 양도 · 임대 · 용역제공 등을 개시한 것에 대한 손익의 귀속사업연도에 관하여는 종전의 제36조 및 제37조의2의 규정에 의한다. ② 이 영 시행 당시 종전의 38조의2 제1항 및 제7항의 규정에 의한 환율조정계정의 잔액 및 재평가적립금과 상계처리한 금액에 대하여는 종전의 규정에 의한다. ③ 이 영 시행 당시 종전의 제38조의 규정에 의한 이연자산의 미상각잔액에 대하여는 종전의 규정에 의한다. 끝.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006구합2456

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[ 참조조문 ]

구법시행령 제33조 제124조

신법 시행령 제72조

법인세법 시행령 제140조

신법시행령 제8조 제72조 제140조

구법 시행령 제12조 제33조 제48조 제124조

구법 제16조