대구지방법원 2008.01.09 선고 2006구합1632 판결

횡령금액에 대한 특별부가세 면제수정신고 및 증여가산세 부과처분의 적법 여부[국승] 공익법인의 이사장이 횡령한 토지양도대금에 대한 특별부가세 면제수정신고를 인정하지 않고 면제신청세액을 추징한 것은 정당하며, 공익법인 등의 이사 현원 초과에 대한 증여가산세 부과처분은 정당함

【주문】 1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【청구취지】 피고가 2003. 9. 15. 원고에 대하여 한 2001사업연도(2000. 3. 1.부터 2001. 2. 28.까지) 귀속 법인세 160,189,990원 중 117,111,960원을 초과하는 부분, 2002사업연도(2001. 3. 1.부터 2002. 2. 28.까지) 귀속 법인세 99,231,790원 중 28,366,650원을 초과하는 부분, 2001사업연도 귀속 증여가산세 35,953,180원, 2002사업연도 귀속 증여가산세 39,785,800원 및 2003사업연도(2002. 3. 1.부터 2003. 2. 28.까지) 귀속 증여가산세 46,100,900원의 각 부과처분을 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1 내지 17, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제6호증, 갑 제7, 8호증의 각 1, 2, 3, 갑 제9호증의 1 내지 4, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2, 3, 4호증의 각 1, 2, 3, 을 제5호증의 1 내지 6, 을 제6호증의 1 내지 4, 을 제7, 8, 9호증의 각 1, 2, 을 제10호증의 1, 2, 3, 을 제11, 12호증의 각 1, 2, 을 제13호증, 을 제14호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다. 가. 원고의 설립 및 그 운영 (1) 원고는 1964. 3. 13. ○○○가 출연하여 설립한 학교법인인데, 그 산하에 ○○중학교, ○○○○고등학교를 운영하고 있다. (2) ○○○가 원고의 설립자로 그 설립 당시부터 원고의 이사장으로 재직하다가 2002. 1. 3. 사망하였는데, ○○○이 2002. 4. 4. 원고의 이사장으로 취임하여 현재까지 재직하여 오고 있다. (3) ○○○는 원고의 설립자 ○○○의 아들로서 1982. 3.경부터 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로 재직하면서 원고를 실질적으로 운영하다가 2004. 4. 9. 해임되었는데, 그 재직기간 동안 원고의 설립자 겸 그 이사장인 ○○○는 고령이었기 때문에 원고의 업무를 직접 수행하지 못하고 그의 아들 ○○○에게 이를 전적으로 맡겨 두었다. 나. 특별부가세의 추징 (1) ○○○는 원고의 실질적 운영자로서 실질적으로 원고를 대표하여 1999. 11 .10. ○○○에게 원고 소유의 ○○시 ○동 산 ○○-○(변경후 지번: ○○○-○) 토지 약 972평(이하 ‘제1토지’라 한다.)을 1,263,600,000원에 매도하고 그 때부터 2000. 9.경까지 사이에 그 대금 1,263,600,000원을 모두 지급받았음에도 불구하고, 그 무렵 그 토지를 1,094,625,000원에 매도한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 차액 168,975,000원을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. (2) ○○○는 원고의 실질적 운영자로서 실질적으로 원고를 대표하여 2000. 10. 26. ○○○에게 원고 소유의 ○○시 ○동 산 ○○(변경후 지번: ○○○-○) 토지 약 285평(이하 ‘제2토지’라 한다.)을 272,000,000원에 매도하고 그 때부터 그 해 11. 28.까지 사이에 그 대금 272,000,000원을 모두 지급받았음에도 불구하고, 그 무렵 그 토지를 136,285,000원에 매도한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 차액 135,715,000원을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. (3) ○○○는 원고의 실질적 운영자로서 실질적으로 원고를 대표하여 2001. 1. 10. ○○○에게 원고 소유의 ○○시 ○동 산 ○○-○(변경후 지번 : ○○○-○) 토지 약 324평(이하 ‘제3토지’라 한다.)을 502,200,000원에 매도하고 그 때부터 그해 3. 하순경까지 사이에 그 대금 502,200,000원을 모두 지급받았음에도 불구하고, 그 무렵 그 토지를 402,000,000원에 매도한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 차액 100,200,000원을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. (4) ○○○는 원고의 실질적 운영자로서 실질적으로 원고를 대표하여 2000. 12. 30. ○○○으로부터 ○○시 ○○읍 ○○리 산 ○○○-○ 등 토지 10필지 합계 약 40,000평(이하 ‘제4토지’라 한다.)을 920,000,000원에 매수하였음에도 불구하고, 제4토지를 1,270,000,000원에 매수한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 때부터 2001. 6. 11.까지 사이에 원고로부터 제1, 2토지의 양도대금 중에서 1,270,000,000원을 교부받아서 권기형에게 그 중 920,000,000원을 지급하고 그 차액 350,000,000원에 상당하는 제1, 2토지의 양도대금을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. (5) 원고는 개정 전후 각 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것과 위 법률 제6297호로 개정된 후 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘신구특례법’이라 한다.)의 각 제81조 제1항 제1호, 제2호, 제4항, 개정 전후 각 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것과 위 대통령 제17034호로 개정된 후 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘신구시행령’이라 한다.)의 각 제76조 제1항 제2호, 제3호, 제4항의 각 규정에 따라 2001. 5. 1. 피고에게 제1토지를 1,094,625,000원에, 제2토지를 136,285,000원에, 제3토지를 402,000,000원에 각 매도한 것처럼 가장하여 제1, 2, 3토지의 각 양도에 관한 특별부가세면제신고를 하였다가 2003. 6. 13. ○○○가 제1, 2토지의 양도대금 중 654,690,000원(168,975,000원 + 135,715,000원 + 350,000,000원), 제3토지의 양도대금 100,200,000원 합계 754,890,000원(654,690,000원 + 100,200,000원)을 횡령한 사실이 발각되어 형사피의자로 조사를 받게 되자 2003. 8. 1. 사실 그대로 제1토지를 1,263,600,000원에, 제2토지를 272,000,000원에, 제3토지를 502,200,000원에 각 매도한 것으로 하여 제1, 2, 3토지의 각 양도에 관한 특별부가세면제수정신고를 하였는데, 제1, 2토지의 각 양도에 관한 특별부가세의 최종면제세액이 217,107,982원이고, 제3토지의 양도에 관한 특별부가세의 최종 면제세액이 70,951,297원이다. (6) 한편 ○○○가 원고의 실질적 운영자로서 앞서 본 바와 같이 2001사업연도(2000. 3. 1.부터 2001. 2. 28.까지)에 제1, 2토지의 각 양도대금 중 304,690,000원, 2002사업연도(2001. 3. 1.부터 2002. 2. 28.까지)에 제1, 2토지의 각 양도대금 중 350,000,000원과 제3토지의 양도대금 중 100,200,000원 합계 754,890,000원을 원고의 교육사업 또는 원고의 수익용재산을 취득하는 데에 사용하지 않고 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등의 사적 용도로 사용하여 이를 횡령하였는데, 피고는 ○○○가 제1, 2, 3토지의 양도대금 중 754,890,000원을 사적 용도로 사용한 것은 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호, 제3호, 제3항 소정의 특별부가세의 추징사유에 해당한다는 이유로 위 각 규정에 따라 제1, 2, 3토지의 각 양도에 관하여 면제된 특별부가세 합계 288,059,279원(217,107,982원 + 70,951,297원) 중 횡령액 754,890,000원에 해당하는 금액을 추징하기로 하였다. 그런데 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제3항의 각 규정에 따르면, 제1, 2토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액은 2001사업연도분 43,078,035원{217,107,982원(제1, 2토지의 양도에 관한 특별부가세 면제금액) X 304,690,000원(제1, 2토지의 양도금액 중 2001사업연도 횡령금액) ÷ 1,535,600,000원(제1, 2토지의 양도금액)}과 2002사업연도분 56,708,785원[49,484,106원{217,107,982원(제1, 2토지의 양도에 관한 특별부가세 면제금액) X 350,000,000원(제1, 2토지의 양도금액 중 2002사업연도 횡령금액) ÷ 1,535,600,000원(제1, 2토지의 양도금액)} + 7,224,679원(49,484,106원 X 4/10,000일 X 365일, 이자 상당 가산액]이고, 제3토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액은 2002사업연도분 14,156,351원{70,951,297원(제3토지의 양도에 관한 특별부가세 면제금액) X 100,200,000원(제3토지의 양도금액 중 2002사업연도 횡령금액) ÷ 502,200,000원(제3토지의 양도금액)}이다. (7) 이에 피고는 2003. 9. 15. 원고의 2001사업연도 및 2002사업연도의 각 법인세 본세에 전항의 각 특별부가세의 각 추징금액을 합산하여 부과하기로 한 다음, 원고에게 2001사업연도 법인세 본세 117,111,960원 및 특별부가세의 추징금액 43,078,030원 합계 160,189,990원, 2002사업연도 법인세 본세 28,366,650원 및 특별부가세의 추징금액 70,865,130{56,708,785원(제1, 2토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액 ) + 14,156,351원(제3토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액)} 합계 99,231,790원을 부과하기로 하는 결정(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다. 단, 위 각 세액은 감액경정결정에 의하여 감액되고 남은 최후의 결정세액이다.)을 하고, 그 무렵 원고에 이를 고지하였다. 다. 증여가산세의 부과 (1) ○○○은 원고의 설립자 ○○○의 조카로서 1978년경 원고에게 채용되어 원고산하 ○○○○고등학교 행정실의 직원으로 근무하던 중 행정실장으로 승진하여 현재에 이르고 있다. (2) 구 상속세 및 증여세법은 1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되면서 제48조 제8항에서 “출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 … … 당해 공익법인 등의 임·직원(이사를 제외한다. 이하 같다.)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다.”는 규정을, 제78조 제6항에서 “세무서장 등은 제48조 제8항의 규정에 의한 … … 임·직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접 경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.”는 규정을 각 신설하였다(이하 위와 같이 개정된 상속세 및 증여세법을 ‘개정 상속세 및 증여세법’이라 한다.). (3) 원고는 전항과 같이 구 상속세 및 증여세법이 개정된 이후에도 계속하여 ○○○을 고용하고 있었는데, ○○○에게 2000. 3. 1.부터 2001. 2. 28.까지(2001사업연도) 사이에 급료 합계 35,953,180원, 2001. 3. 1부터 2002. 2. 28.까지(2002사업연도) 사이에 급료 합계 39,785,800원, 2002. 3. 1.부터 2003. 2. 28.까지(2003사업연도) 사이에 급료 합계 46,100,900원 총계 121,839,880원을 지급하였다. (4) 피고는 2003. 9. 15. 원고에게 개정 상속세 및 증여세법 제48조 제8항, 제78조 제6항(이하 ‘이 사건 증여세법의 관련조항’이라 한다.)의 각 규정에 따라 2001사업연도분 증여세 35,953,180원, 2002사업연도분 증여세 39,785,800원, 2003사업연도분 증여세 46,100,900원을 각 부과하기로 하는 내용의 결정(이하 ‘이 사건 증여가산세 부과처분’이라 한다. 단, 위 각 세액은 감액경정결정에 의하여 감액되고 남은 최후의 결정세액이다.)을 하고, 그 무렵 원고에게 이를 고지하였다. 2. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 피고는 이 사건 법인세 부과처분이 관련 법령에 따른 처분으로서 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는, “○○○가 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고의 설립자 ○○○의 아들이자 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로서 원고를 실질적으로 운영하면서 원고 몰래 제1, 2, 3토지의 양도대금 중 754,890,000원을 횡령하여 임의로 이를 사적 용도로 사용하였다. 그러나 원고는 뒤늦게 ○○○가 제1, 2, 3토지의 양도대금 중 754,890,000원을 횡령한 사실을 발견하고 즉시 이를 회수하여 원고의 목적사업에 사용하였다. 그렇다면 ○○○가 제1, 2, 3토지의 양도대금 중 754,890,000원을 횡령하여 이를 사적 용도에 사용한 것은 원고의 의사에 반하는 것으로서 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호, 제3호, 제3항 소정의 특별부가세의 추징사유에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 특별부가세의 추징금액에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.”라고 주장하고 있다. 나. 관계법령 (1) 특별부가세의 면제에 관한 규정 (가) 개정 전의 규정 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제81조는, 제1항에서 “학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득(제1호) 또는 학교법인이 1985. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득으로서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 2000. 12. 31. 이전에 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득(제2호)에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.”라고, 제4항에서 “제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다.”라고 각 규정하고 있다. 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제76조는, 제1항에서 “법 제81조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 ① 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우(제1호), ② 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우(제2호), ③ 법 제81조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 … … 수익용 재산의 취득에 사용하는 경우(제3호) 중 1에 해당하는 경우로 한다.”라고, 제4항에서 “법 제81조 제4항의 규정에 의하여 세액감면신청을 하고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 … … 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”라고 각 규정하고 있다. (나) 개정 후의 규정 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제81조는, 제1항에서 “학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득(제1호) 또는 학교법인이 1985. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득으로서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 2003. 12. 31. 이전에 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득(제2호)에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.”라고, 제4항에서 “제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다.”라고 각 규정하고 있다. 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되어 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제76조는, 제1항에서 “법 제81조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 ① 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우(제1호), ② 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우(제2호), ③ 법 제81조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 … … 수익용 재산의 취득에 사용하는 경우(제3호) 중 1에 해당하는 경우로 한다.”라고, 제4항에서 “법 제81조 제4항의 규정에 의하여 세액감면신청을 하고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 … … 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”라고 각 규정하고 있다. (2) 특별부가세의 추징에 관한 규정 (가) 개정 전의 규정 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항은 “제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용 재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.”라고 규정하고 있다. 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제76조는, 제2항에서 “법 제81조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우는 ① 제1항 제1호의 규정에 의하여 기본재산인 토지 등을 양도하지 아니하는 경우(제1호), ② 양도대금을 교육사업 외의 목적에 사용하거나 제1항 제2호의 규정에 의하여 교육사업에 사용하지 아니한 경우(제2호 본문), ③ 양도대금을 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익용 재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용 재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우(제3호 본문)와 같다.”라고, 제3항에서 “법 제81조 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액은 면제세액에 제2항 각호 본문에 해당하는 금액이 토지 등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”라고 각 규정하고 있다. (나) 개정 후의 규정 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항은 “제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용 재산을 취득하지 아니한 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 특별부가세로 납부하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되어 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제76조는, 제2항에서 “법 제81조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 납부하여야 하는 경우는 ① 제1항 제1호의 규정에 의하여 기본재산인 토지 등을 양도하지 아니하는 경우(제1호), ② 양도대금을 교육사업 외의 목적에 사용하거나 제1항 제2호의 규정에 의하여 교육사업에 사용하지 아니한 경우(제2호 본문), ③ 양도대금을 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익용 재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용 재산을 그 취득일로부터 3년 이내에 처분한 경우(제3호 본문)와 같다.”라고, 제3항에서 “법 제81조 제2항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 면제세액에 제2항 각호 본문에 해당하는 금액이 토지 등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”라고 각 규정하고 있다. 다. 판단 살펴보건대, 앞서 처분의 경위에서 인정한 사실에 의하면, ○○○가 원고의 설립자겸 그 이사장인 ○○○의 아들이자 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로서 원고를 실질적으로 운영하면서 실질적으로 원고를 대표하여 제1, 2, 3토지를 양도하고 그 양도대금[합계 20억 3,780만 원{12억 6,360만 원(제1토지) + 2억 7,200만 원(제2토지) +5억 220만 원(제3토지)}] 중 754,890,000원을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등 사적 용도로 사용하여 이를 횡령하였고, 원고의 설립자 겸 그 이사장인 ○○○는 ○○○의 위 횡령행위 당시 고령이었기 때문에 원고의 업무를 직접 수행하지 못하고 그의 아들 ○○○에게 이를 전적으로 맡겨 두었다. 그렇다면 ○○○가 자신의 위 횡령행위 당시 원고의 설립자 겸 그 이사장인 ○○○의 아들이자 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로서 원고를 실질적으로 운영하였던 점, ○○○가 실질적으로 원고를 대표하여 제1, 2, 3토지를 양도한 점 및 원고의 설립자 겸 그 이사장인 ○○○는 ○○○의 위 횡령행위 당시 고령이었기 때문에 원고의 업무를 직접 수행하지 못하고 그의 아들 ○○○에게 이를 전적으로 맡겨 두었던 점 등에 비추어 볼 때, ○○○가 앞서 본 바와 같이 제1, 2, 3토지의 양도대금 중 754,890,000원을 사적 용도로 사용한 행위는 원고 자신의 행위로서 원고가 사후에 ○○○로부터 위 754,890,000원을 회수하여 그 목적사업에 사용하였는지의 여부와 관계없이 ○○○가 이를 사적 용도로 사용하는 순간 앞서 본 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호, 제3호, 제3항 소정의 특별부가세의 추징사유에 해당하게 되었다고 할 것이다. 따라서 제1, 2, 3토지의 각 양도에 관하여 면제된 특별부가세 288,059,279원 중 ○○○가 사적 용도로 사용한 754,890,000원에 해당하는 특별부가세액을 추징하기로 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 모두 적법하고, 이에 반하는 원고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다. 3. 이 사건 증여가산세 부과처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 피고는 이 사건 증여가산세 부과처분이 관련 법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장 한다. 이에 대하여 원고는 이 사건 증여가산세 부과처분이 아래에서 보는 바와 같이 무효인 이 사건 증여세법의 관련조항에 기한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다. (1) 사유재산제도의 본질적 내용 침해 이 사건 증여세법의 관련조항은 앞서 본 바와 같이 구 상속세 및 증여세법이 1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되면서 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 의사결정권한이 있는 이사 등으로 취임하거나 고용되는 것을 제한함으로써 공익법인에 대한 출연자 등의 사적 지배를 방지하기 위하여 신설된 규정이다. 그런데 이 사건 증여세법의 관련조항에 의하면, 그러한 입법취지를 넘어서 원고와 같은 학교법인이 공익법인이라는 이유로 그 설립자 또는 출연자의 친인척은 교원자격이 없으면 원천적으로 학교법인의 경영에 참여하거나 일반 행정직원으로 근무할 수도 없게 되어 결과적으로 국가가 사학법인의 운영권을 빼앗는 결과가 된다. 이는 헌법이 보장하는 사유재산제도 내지 재산권의 본질적 내용을 침해하는 것이 되므로, 이 사건 증여세법의 관련조항은 재산권 보장 등에 관한 헌법 제23조, 제37조 제2항에 반하여 무효이다. (2) 신뢰의 원칙 등 위반 이 사건 증여세법의 관련조항은 앞서 본 바와 같이 1999. 12. 28. 신설되면서 그에 해당하는 임직원이 퇴직하고 재취업하는 데에는 상당한 기간이 소요될 것임에도 불구하고 일체의 경과규정을 두지 않고, 공익법인에 대하여 그 임직원에게 지급된 급료 등 직접 또는 간접 경비 전액에 해당하는 증여가산세를 부과하도록 규정하고 있는바, 이는 이 사건 증여세법의 관련조항 신설 이전에 개인재산을 출연하여 공익법인을 설립 · 운영하는 출연자 등의 신뢰이익 및 약속법익을 침해할 뿐만 아니라 해당 임직원의 행복추구권과 직업선택의 자유를 침해하는 결과가 된다. 따라서 이 사건 증여세법의 관련조항은 소급입법금지의 원칙 및 그를 통한 신뢰보호의 원칙에 관한 헌법 제13조 제2항, 행복추구권에 관한 헌법 제10조와 직업선택의 자유에 관한 헌법 제15조의 각 규정에 반하여 무효이다. (3) 평등의 원칙 위반 이 사건 증여세법의 관련조항은 공익법인의 최초 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자에 해당하지 아니한 제3자에게 인수되어 운영되고 있는 공익법인과 원고와 같이 최초 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자에 의하여 운용되고 있는 공익법인을 합리적인 이유도 없이 차별함으로써 헌법 제11조 소정의 평등의 원칙에 반하여 무효이다. (4) 과잉금지원칙의 위반 이 사건 증여세법의 관련조항은 앞서 본 바와 같이 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 의사결정권한이 있는 이사 등으로 취임하거나 고용되는 것을 제한함으로써 공익법인에 대한 출연자 등의 사적 지배를 방지하기 위한 규정임에도 불구하고, 공익법인의 의사결정권한이 없는 단순한 피고용인에 불과한 일반 행정직원의 경우에도 그와 관련한 증여가산세를 부과하도록 함으로써 헌법 제37조 제2항 소정의 과잉금지원칙에 반하여 무효이다. 나. 관계 법령 (1) 구 상속세 및 증여세법(2005. 7. 13. 법률 제7580호로 개정되기 전의 것) 제48조 (공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등) ⑧ 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 당해 공익법인 등의 임 · 직원(이사를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 제78조 (가산세 등) ⑥ 세무서장등은 제48조 제8항의 규정에 의한 이사수를 초과하는 이사가 있거나 임 · 직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접 경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 부칙 (제6048호, 1999. 12. 28) 제1조(시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제78조 제4항의 개정규정은 공포일부터 시행하고, 제61조 제1항 제2호의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행한다. 제3조 (공익법인 등의 적정 이사수를 초과하는 경우 등에 있어서의 가산세에 관한 적용례) 제 48조 제8항 내지 제10항 및 제78조 제6항 내지 제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. (2) 구 상속세 및 증여세법 시행령 (가) 2005. 8. 5. 대통령령 제18989호로 개정되기 전의 것 제80조 (가산세 등) ⑩ 법 제78조 제6항에서 ‘대통령령이 정하는 직접 또는 간접 경비’라 함은 당해이사 또는 임͎·직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등(의사, 학교의 교사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서, 사회복지법인 등의 사회복지사와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. (나) 1999. 12. 31. 대통령령 제16682호로 개정되어 2002. 12. 30. 대통령령 제17828호로 개정되기 전의 것 제80조 (가산세 등) ⑦ 법 제78조 제6항에서 ‘대통령령이 정하는 직접 또는 간접 경비’라 함은 당해이사 또는 임·직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비등(의사, 학교의 교사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. 다. 판단 (1) 사유재산제도의 본질적 내용 침해 여부 헌법은, 제23조 제1항에서 “모든 국민의 재산권은 보장된다. 그 내용과 한계는 법률로 정한다.”라고, 제37조 제2항에서 “국민의 모든 자유와 권리는 ... ... 그 본질적인 내용을 침해할 수 없다.”라고 각 규정하고 있다. 그런데 “이 법은 사립학교의 특수성에 비추어 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모함을 목적으로 한다.”는 입법목적에 관한 사립학교법 제1조, 학교법인의 자산, 사업 및 권리능력에 관한 사립학교법 제5조, 제6조 및 제9조, 학교법인의 임원의 직무, 선임과 임기, 임원취임의 승인취소, 임원선임의 제한, 임원의 결격사유 등에 관한 사립학교법 제19조, 제20조, 제20조의 2, 제21조, 제22조, 학교법인의 재산의 관리 및 보호에 관한 제28조 등의 관련규정에 의하면, 학교법인은 각급 사립학교를 설치·운영하는 독립된 권리·의무의 주체가 되는 공익법인으로서 그 자체의 고유한 설립 목적과 취지를 달성할 수 있도록 그 역할과 기능을 보장하고 있고, 그 운영권 또한 공익법인인 학교법인을 위하여 학교법인을 위와 같은 취지에 맞게 운영할 수 있도록 하는 학교법인의 이사장, 이사 등 임원의 공적인 권한에 불과할 뿐 학교법인 자체 또는 그 운영권을 출연자 등의 사적인 재산권으로 보호하거나 보장하고 있는 것이 아니므로, 학교법인에 대하여 그 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자에 지급된 급료 등 직접 또는 간접 경비 상당액을 증여가산세로 부과하도록 한 이 사건 증여세법의 관련조항은 재산권과 직접적인 관련이 없어서 재산권보장에 관한 헌법 제23조, 제37조 제2항의 각 규정에 반한다고 할 수 없다. 뿐만 아니라 이 사건 증여세법의 관련조항에 의하더라도 학교법인의 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자는 그 학교법인의 이사 현원의 5분의 1범위 내에서 이사로 취임하여 학교법인의 운영에 참여할 수 있으므로, 이 사건 증여세법의 관련조항이 학교법인의 출연자 등의 학교법인에 관한 운영권의 본질적인 내용을 침해하는 것이라고 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 증여세법의 관련조항이 재산권보장에 관한 헌법 제23조, 제37조 제2항의 각 규정에 반하여 무효이므로, 이 사건 증여가산세 부과처분은 무효인 이 사건 증여세법의 관련조항에 기한 것이어서 위법하다는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다. (2) 신뢰의 원칙 등 위반 여부 먼저 앞서 본 바와 같이 이 사건 증여세법의 관련조항에 의하더라도 공익법인의 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자는 그 공익법인의 이사 현원의 5분의 1 범위 내에서 이사로 취임하여 공익법인의 운영에 참여할 수 있다. 한편 개정 상속세 및 증여세법의 부칙 제1조, 제3조의 각 규정에 의하면 이 사건 증여세법의 관련조항에 따른 가산세 납세의무는 이 법 시행일인 2000. 1. 1.부터 최초로 시행하는 사업연도분부터 적용된다. 그런데 원고와 같은 학교법인은 그 사업연도가 그해 3. 1.부터 시작된다. 따라서 설령 ○○○이 이 법 시행일 이전에 원고의 직원으로 고용되었다고 하더라도 원고는 이 사건 증여세법의 관련조항의 시행 이후인 2000. 3. 1.에 시작되는 사업연도부터 이 사건 증여세법의 관련조항에 따라 ○○○에게 지급한 급료 등 직접 또는 간접 경비 상당의 증여가산세 납부의무를 부담하게 된다. 뿐만 아니라 이 사건 증여세법의 관련조항은 여러모로 많은 세제상 혜택 및 국가재정상 국고지원을 받는 공익법인에 대한 출연자 등의 사적 지배를 방지하여 공익법인의 공익성을 강화하고자 하는 데 그 입법취지가 있다. 다른 한편으로 앞서 본 바와 같이 개정 상속세 및 증여세법 부칙 제1조, 제3조의 각 규정에 따르면 이 사건 증여세법의 관련조항은 원고와 같은 학교법인의 경우 2000. 3. 1.부터 적용되는 것이어서 개정 상속세 및 증여세법 시행일은 2000. 1. 1.부터 이 사건 증여세법의 관련조항의 적용일인 그 해 3. 1.까지 2개월 가량의 시간적 간격이 있어 출연자와 특수관계가 있는 ○○○에게는 이직이나 전직을 위한 필요최소한도의 준비시간이 주어져 있었던 것으로 볼 수 있고, 원고로서는 이 사건 증여세법의 관련조항에 따른 가산세의 부담을 감내하고서라도 출연자와 특수관계가 있는 ○○○을 계속 고용하는 것이 법에 의해 원천적으로 금지되어 있는 것은 아니다. 또 구 상속세 및 증여세법 시행령의 관련규정에 의하면 원고와 같은 학교법인의 경우 출연자 또는 그와 특수관계가 있는 자에 해당한다고 하더라도 교사로 고용되는 경우에는 이사건 증여세법의 관련조항에 따른 가산세를 부과하지 않는다. 이러한 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 증여세법의 관련조항이 소급입법금지의 원칙 및 그를 통한 신뢰보호의 원칙에 관한 헌법 제13조 제2항, 행복추구권에 관한 헌법 제10조와 직업선택의 자유에 관한 헌법 제15조의 각 규정에 반한다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 증여세법의 관련조항이 소급입법금지의 원칙 및 그를 통한 신뢰보호의 원칙에 관한 헌법 제13조 제2항, 행복추구권에 관한 헌법 제10조와 직업선택의 자유에 관한 헌법 제15조의 각 규정에 반하여 무효이므로, 이 사건 증여가산세 부과처분은 무효인 이 사건 증여세법의 관련조항에 기한 것이어서 위법하다는 원고의 주장도 이를 받아들일 수 없다. (3) 평등원칙 위반 여부 이 사건 증여세법의 관련조항은 앞서 본 바와 같이 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인 등의 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 당해 공익법인 등의 임·직원으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다고 규정함으로써 공익법인의 모든 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자를 그 적용대상으로 삼고 있고, 특별히 최초 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자만을 적용대상으로 삼고 있지 않다. 또한 공익법인의 출연자는 공익법인에 상당한 재산을 출연하여 공익법인의 설립 또는 그 운영에 기여하였다는 지위의 특수성에 기하여 공익법인의 운영에 강한 영향력을 미칠 수 있기 때문에 이 사건 증여세법의 관련조항에 의하여 공익법인의 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 그 임·직원이 되는 것을 금지하거나 제한하였다고 하더라도 이를 두고 합리적인 이유가 없는 차별로서 헌법 제11조에서 보장하고 있는 평등의 원칙에 반한다고 할 수도 없다. 그러므로 이 사건 증여세법의 관련조항은 평등의 원칙에 관한 헌법 제11조의 규정에 반한다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 증여세법의 관련조항이 평등의 원칙에 관한 헌법 제11조의 규정에 반하여 무효이므로, 이 사건 증여가산세 부과처분은 무효인 이 사건 증여세법의 관련 조항에 기한 것이어서 위법하다는 원고의 주장도 또한 이를 받아들일 수 없다. (4) 과잉금지원칙의 위반 여부 살피건대, 공익법인의 일반 행정직원이라고 하여 반드시 공익법인의 운영이나 의사결정에 영향을 미치지 않는다고 할 수 없을 뿐만 아니라 비록 공익법인의 일반 행정직원이 직접적으로 공익법인의 운영이나 의사결정에 영향을 미치지 않는다고 하더라도 공익법인의 출연자는 그 지위의 특수성상 자신과 특수관계에 있는 일반 행정직원을 통하여 공익법인의 운영이나 의사결정에 관한 영향력을 확장하거나 강화하여 공익법인에 대한 사적 지배를 강화할 수 있는 것이므로, 이 사건 증여세법의 관련조항이 공익법인의 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자를 일반 직원으로 채용한 경우 그에게 지급된 급료 등 직접 및 간접 경비 상당의 증여가산세를 부과하도록 하였다고 하더라도 이를 두고 과잉금지원칙에 관한 헌법 제37조 제2항의 규정에 반한다고 할 수 없다. 그러므로 이 사건 증여세법의 관련조항은 과잉금지원칙에 관한 헌법 제37조 제2항의 규정에 반한다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 증여세법의 관련조항이 과잉금지원칙에 관한 헌법 제37조 제2항의 규정에 반하여 무효이므로, 이 사건 증여가산세 부과처분은 무효인 이 사건 증여세법의 관련조항에 기한 것이어서 위법하다는 원고의 주장도 역시 이를 받아들일 수 없다. 4. 결 론 그렇다면 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여가산세 부과처분은 적법하므로, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여가산세 부과처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유가 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 【대구고등법원2008누267 (2008.08.22)】【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 제1심 판결 중 법인세 부과처분 취소청구 부분을 취소한다. 피고가 2003.9.15. 원고에 대하여 한 2001사업연도(2000.3.1.부터 2001.2.28.까지) 귀속 법인세 160,189,990원 중 117,111,960원을 초과하는 부분, 2002사업연도(2001.3.1.부터 2002.2.28.까지)귀속 법인세 99,231,790원 중 28,366,650원을 초과하는 부분의 각 부과처분을 취소한다 (원고는 당심에서 증여가산세 부과처분 취소청구 부분의 소를 취하하였다) 【이유】 1.처분의 경위 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1,2호증, 갑 제3호증의 1 내지17, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1,2,3, 갑 제9호증의 1 내지 4, 을 제 1호증의 1, 2, 을 제2,3,4,호증의 각 1,2,3,을 제5호증의 1 내지 6, 을 제6호증의 1 내지 4, 을 제7,8,9,호증의 각 1,2,3,을 제10호증의 1,2,3, 을 제11, 12호증의 각 1,2, 을 제13호증, 을 제14호증의 1,2의 각 기재 및 제1심 증인 우○동의 증언에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다. 가. 원고는 1964.3.13. 우○수가 출연하여 설립한 학교법인으로, ○덕중학교, ○○○○고등학교를 운영하고 있다. 나. 우○수가 원고의 설립 당시부터 원고의 이사장으로 재직하다가 2002.1.3.사망 하였고, 우○준이 2002.4.4.원고의 이사장으로 취임하여 현재까지 재직하여 오고 있다. 다. 우○휘는 우○수의 아들로서 1982.3.경부터 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로 재직하면서 원고를 실질적으로 운영하다가 2004.4.9. 해임되었는데, 그 재직기간 동안 우○수는 고령으로 원고의 업무를 직접 수행하지 못하고 아들인 우○휘에게 이를 전적으로 맡겨 두었다. 라. 우○휘는 실질적으로 원고를 대표하여 1999.11.10 송○익에게 원고 소유의 ㅇ○시 ○동 산 29-2(변경후 지번 : 609-1) 토지 약 972평(이하‘제1토지’라 한다)을 1,263,600,000원에 매도하고 그 때부터 2000.9. 경까지 사이에 그 대금 1,263,600,000원을 모두 지급받았음에도 불구하고, 그 무렵 그 토지를 1,094,625,000원에 매도한 것 처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 차액 168,975,000원을 자신의 해외여행경비, 사회봘동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. 마. 우○휘는 실질적으로 원고를 대표하여 2000.10.26. 이○희에세 원고 소유의 ○○시 ○동 산 29(변경후 지번 : 745-2) 토지 약 285평 (이하‘제2토지’라 한다)을 272,000,000원에 매도하고 그 때부터 그 해 11.28. 까지 사이에 그 대금 272,000,000원을 모두 지급받았음에도 불구하고, 그 무렵 그 토지를 136,285,000원에 매도한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 차액 135,715,000원을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. 바. 우○휘는 실질적으로 원고를 대표하여 2001.1.10. 김○화에게 원고 소유의 ○○시 ○동 산 29-4(변경후 지번:613-1) 토지 약 324평(이하‘제3토지’라 한다)을 502,200,000원에 매도하고 그 때부터 그 해 3. 하○경까지 사이에 그 대금 502,200,000원을 모두 지급받았음에도 불구하고, 그 무렵 그 토지를 402,000,000원에 매도한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 차액 100,200,000원을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. 사. 우○휘는 실질적으로 원고를 대표하여 2000.12.30. 권○형으로부터 ○○시 ○산읍 ○○리 산 103-1 등 토지 10필지 합계 약 40,000평(이하 ‘제4토지’라 한다)을 920,000,000원에 매수하였음에도 불구하고, 제4토지를 1,270,000,000원에 매수한 것처럼 감독관청 제출용 매매계약서를 허위로 작성한 후 그 때부터 2001.6.11.까지 사이에 원고로부터 제1,2토지의 양도대금 중에서 1,270,000,000원을 교부받아서 권○형에게 그 중 920,000,000원을 지급하고 그 차액 350,000,000원에 상당하는 제1,2토지의 양도대금을 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등으로 사용하여 이를 횡령하였다. 아. 원고는 개정 전후 각 조세특례제한법 (2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것과 법률 제6297호로 개정된 후 2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하‘신구특례법’이라 한다)의 각 제81조 제1항 제1호, 제2호, 제4항, 개정 전후 각 조세특례제한법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것, 이하‘신구시행령’이라 한다)의 각 제76조 제1항 제2호, 제3호, 제4항의 각 규정에 따라 2001.5.1. 피고에게 제1토지를 1,094,625,000원에, 제2토지를 136,285,000원에, 제3토지를 402,000,000원에 각 매도한 것처럼 가장하여 제1,2,3토의 각 양도에 관한 특별부가세면제신고를 하였다가 2003.6.13. 우○휘가 제1,2토지의 양도대금 중 654,690,000원(168,975,000원 + 135,715,000원+ 350,000,000원), 제3토지의 양도대금 100,200,000원 합계 754,890,000원(654,690,000원+ 100,200,000원)을 횡령한 사실이 발각되어 형사피의자로 조사를 받게 되자 2003.8.1. 사실 그대로 제1토지를 1,263,600,000원에, 제2토지를 272,000,000원에 , 제3토지를 502,200,000원에 각 매도한 것으로 하여 제1,2,3토지의 각 양도에 관한 특별부가세면제수정신고를 하였는데, 제1,2토지의 각 양도에 관한 특별부가세의 최종 면제세액이 217,107,982원이고, 제3토지의 양도에 관한 특별부가세의 최종 면제세액이 70,951,297원이다. 자. 한편 우○휘가 원고의 실질적 운영자로서 앞서 본 바와 같이 2001사업연도 (2000.3.1.부터 2001.2.28.까지)에 제1,2토지의 각 양도대금 중 304,690,000원, 2002사업연도 2001.3.1.부터 2002.2.28.까지)에 제1,2토지의 각 양도대금 중 350,000,000원과 제3토지의 양도대금 중 100,200,000원 합계 754,890,000원을 원고의 교육사업 또는 원고의 수익용재산을 취득하는 데에 사용하지 않고 자신의 해외여행경비, 사회활동비, 자녀 유학자금 등의 사적 용도로 사용하여 이를 횡령하였는데, 피고는 우○휘가 제1,2,3토지의 양도대금 중 754,890,000원을 사적 용도로 사용한 것은 신구특례법 각 81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호, 제3호, 제3항 소정의 특별부가세의 추징사유에 해당한다는 이유로 위 각 규정에 따라 제1,2,3 토지의 각 양도에 관하여 면제된 특별부가세 합계 288,059,279원(217,107,982원 + 70,951,297원) 중 횡령액 754,890,000원에 해당하는 금액을 추징하기로 하였다. 차. 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제3항의 각 규정에 따르면, 제1,2토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액은 2001사업연도분 43,078,035원{217,107,982원(제1,2토지의 양도에 관한 특별부가세 면제금액)X 304,690,000원(제1,2토지의 양도금액 중 2001사업연도 횡령금액)÷ 1,535,600,000원(제1,2토지의 양도금액)}과 2002사업연도분 56,708,785원[49,484,106원{217,107,982원(제1,2토지의 양도에 관한 특별부가세 면제금액)X 350,000,000원(제1,2토지의 양도금액 중 2002사업연도 횡령금액)÷ 1,535,600,000원(제1,2토지의 양도금액)} + 7,224,679원(49,484,106원X 4/10,000일 X 365일, 이자 상당 가산액]이고, 제3토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액은 2002사업연도분 14,156,351원{70,951,297원(제3토지의 양도에 관한 특별부가세 면제금액)X 100,200,000원 (제3토지의 양도금액 중 2002사업연도 횡령금액)÷ 502,200,000원(제3토지의 양도금액)}이다. 카. 이에 피고는 2003.9.15. 원고의 2001사업연도 및 2002사업연도의 각 법인세 본세에 전항의 각 특별부가세의 각 추징금액을 합산하여 부과하기로 한 다음, 원고에게 2001사업연도 법인세 본세 117,111,960원 및 특별부가세의 추징금액 43,078,030원 합계 160,189,990원, 2002사업연도 법인세 본세 28,366,650원 및 특별부가세의 추징금액 70,865,130{56,708,785원(제1,2토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액) + 14,156,351원(제3토지의 양도에 관한 특별부가세의 추징금액)} 합계 99,231,790원을 부과하기로 하는 결정(이하‘이 사건 부과처분’이라 한다. 단, 위 각 세액은 감액경정결정에 의하여 감액되고 남은 최후의 결정세액이다.)을 하고, 그 무렵 원고에 이를 고지하였다 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 피고는 이 사건 부과처분이 관련 법령에 따른 처분으로서 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는 우○휘가 원고의 설립자 우○수의 아들이자 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로서 원고를 실질적으로 운영하면서 원고 몰래 제1,2,3 토지의 양도대금 중 754,890,000원을 횡령하여 임의로 이를 사적 용도에 사용하였으나, 우○휘의 위와 같은 불법행위는 원고의 의사에 반하는 것으로서 이를 법인인 원고의 행위로 볼 수 없고, 원고가 우○휘의 횡령 사실을 알고 즉시 이를 회수하여 원고의 목적사업에 사용함으로써 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호, 제3호. 제3항 소정의 특별부가세의 추징사유에 해당하지 않게 되었으므로 이 사건 부과처분 중 특별부가세의 추징금액에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다. 나. 관계법령 구 조세특례제한법 제81조 (학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제) 구 조세특례제한법 시행령 제76조(학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제) 다. 판단 살피건대, 우○휘가 원고의 설립자 겸 그 이 사장인 우○수의 아들이자 원고의 상임이사 겸 그 산하의 ○○○○고등학교의 교장으로서 원고를 실질적으로 운영하였던 점, 우○휘가 실질적으로 원고를 대표하여 제1,2,3 토지를 양도한 점, 원고의 설립자 겸 그 이사장인 우○수는 우○휘의 위 횡령행위 당시 고령이었기 때문에 원고의 업무를 직접 수행하지 못하고 그의 아들 우○휘에게 이를 전적으로 맡겨 두었던 점 등에 비추어 보면, 우○휘는 위 ㅎ횡령 행위 당시 원고의 실질적인 대표로 원고를 대표하는 행위를 하여 왔다고 보여지고, 우○휘가 원고를 대표하여 제1,2,3 토지를 양도하고 그 양도대금 중 754,890,000원을 사적 용도로 사용하여 이를 횡령한 행위는 원고 자신의 행위로서 원고가 ‘양도대금을 교육사업 외의 목적에 사용한 경우’에 해당하여 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호에서 정한 특별부가세의 추징사유에 해당하게 되었다고 할 것이고, 우○휘의 위 횡령행위가 우○휘 자신의 사적인 이익을 위한 것이고, 형사상 처벌이 따르는 범죄행위이며, 원고에게 피해를 주는 행위라고 하더라도 그 이유만으로 우○휘의 위 양도대금 사용행위가 원고의 행위로 되지 않는 것은 아니므로, 우○휘의 횡령행위가 원고의 행위가 아님을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다. 또한 원고가 위 양도대금 중 일부를 교육사업 외의 목적에 사용하는 경우 그 사용 으로써 신구특례법 각 제81조 제2항, 신구시행령 각 제76조 제2항 제2호에서 정한 특별부가세의 추징사유는 발생하게 되는 것이고, 그 이후 원고가 우○휘로부터 횡령금액을 회수하여 목적 사업에 사용하였다고 하더라도 이미 발생한 위 추징사유가 소멸하거나 추징을 할 수 없게 되는 것은 아니므로, 횡령대금을 회수하여 제1,2,3토지를 양도한 날부터 3년 이내에 목적사업에 사용하였으므로 특별부가세를 추징할 수 없다는 원고의 주장도 이유 없어, 이 사건 부과처분은 적법하다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006구합1632

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제81조

행복추구권에 관한 헌법 제10조

등에 관한 헌법 제23조

재산권보장에 관한 헌법 제23조

입법목적에 관한 사립학교법 제1조

등에 관한 사립학교법 제19조